16s/18s/ei amplicon dilyniannu-NGS
Nodweddion gwasanaeth
● Llwyfan dilyniannu: Illumina Novaseq.
● Ymhelaethu ar ranbarthau byr o 16au, 18S a'i ITS, ymhlith targedau ymhelaethu eraill.
● Dewisiadau hyblyg o amplicon.
● Profiad prosiect blaenorol gyda thargedau ymhelaethu lluosog.
Manteision gwasanaeth
●Yn rhydd o ynysu:Nodi cyfansoddiad microbaidd yn gyflym mewn samplau amgylcheddol.
●Cydraniad uchel: Mewn cydrannau digonol isel mewn samplau amgylcheddol.
●Yn eang berthnasol: Astudiaethau cymunedol microbaidd amrywiol.
●Dadansoddiad biowybodegol cynhwysfawr: Y pecyn Qiime2 diweddaraf (mewnwelediad meintiol i ecoleg ficrobaidd) gyda dadansoddiadau amrywiol o ran cronfa ddata, anodi, OTU/ASV.
●Arbenigedd helaeth: Gyda 150 mil o brosiectau dilyniannu amplicon yn cael eu cynnal yn flynyddol, mae BMKGENE yn dod â dros ddegawd o brofiad, tîm dadansoddi medrus iawn, cynnwys cynhwysfawr, a chefnogaeth ragorol ar ôl gwerthu.
Manylebau Gwasanaeth
| Lyfrgell | Strategaeth Dilyniannu | Data a argymhellir |
| Amplicon | Illumina PE250 | Tagiau 50/100/300k (darllenwch barau) |
Gofynion Gwasanaeth
| Crynodiad | Cyfanswm (ng) | Gyfaint |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Pridd/slwtsh: 1-2g
● Cynnwys berfeddol-animal: 0.5-2g
● Cynnwys berfeddol-Sect: 0.1-0.25g
● Arwyneb planhigion (gwaddod wedi'i gyfoethogi): 0.1-0.5g
● gwaddod wedi'i gyfoethogi cawl eplesu): 0.1-0.5g
● Baw (anifeiliaid mawr): 0.5-2g
● Baw (Llygoden): 3-5grwm
● Hylif Lavage alfeolaidd yr ysgyfaint: Papur hidlo
● Swab Vaginal: 5-6 Swabs
● Swab croen/organau cenhedlu/poer/meinwe meddal llafar/swab pharyngeal/swab rhefrol: 2-3 swabiau
● Micro -organebau arwyneb: papur hidlo
● Dŵr/aer/bioffilm: papur hidlo
● endoffytau: 1-2g
● Plac deintyddol: 0.5-1g
Llif Gwaith Gwasanaeth
Dosbarthu Sampl
Adeiladu Llyfrgell
Dilyniant
Dadansoddiad Data
Gwasanaethau ar ôl gwerthu
Yn cynnwys y dadansoddiad canlynol:
- Rheoli Ansawdd Data Amrwd
- Clystyru OTU /DE-Sŵn (ASV)
- Anodi Otu
- Dadansoddiad Amrywiaeth Alpha: Mynegeion lluosog, gan gynnwys Shannon, Simpson ac ACE.
- Dadansoddiad Amrywiaeth Beta
- Dadansoddiad rhyng-grŵp
- Dadansoddiad Cydberthynas: Rhwng ffactorau amgylcheddol a chyfansoddiad ac amrywiaeth allan
- Rhagfynegiad genynnau swyddogaethol 16S
Histogram o ddosbarthiad tacsonomig
map gwres clystyru digonedd tacsonomig
Dadansoddiad Amrywiaeth Alpha: Cromlin Rarefaction
Dadansoddiad Amrywiaeth Beta: NMDS
Dadansoddiad Rhyng -grŵp: Darganfyddiad Biomarcwr Lefse
Archwiliwch y datblygiadau a hwylusir gan wasanaethau dilyniannu amplicon BMKGENE gydag Illumina trwy gasgliad wedi'i guradu o gyhoeddiadau.
Dong, C. et al. (2022) 'Cynulliad, microbiota craidd, a swyddogaeth y pridd rhisosffer a microbiota rhisgl yn Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. DOI: 10.3389/fmicb.2022.855317/llawn.
Li, Y. et al. (2023) 'Trawsblannu consortia bacteriol synthetig ar gyfer trin vaginosis bacteriol a achosir gan Gardnerella vaginalis mewn llygod', microbiome, 11 (1), tt. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. a Liu, H. (2022) 'Microbiomau llwch aer a gasglwyd yn ystod yr arbrawf cynnal bywyd bioregenerative caeedig ar y ddaear “Palas Lunar 365”', microbiomau amgylcheddol, 17 (1), tt. 1–20. doi: 10.1186/s40793-022-00399-0/ffigurau/8.
Yin, S. et al. (2022) 'digonedd o enynnau swyddogaethol sy'n ddibynnol ar borthiant sy'n gysylltiedig â cholli nitrogen a reolir gan drawsnewid nitrogen mewn compostio', technoleg bioresource, 361, t. 127678. Doi: 10.1016/j.biortech.2022.127678.
