Trawsgrifiad Gofodol Visium Genomeg 10x
Cynllun Technegol
Nodweddion
● Cydraniad: 100 µM
● Diamedr Sbot: 55 µM
● Nifer y smotiau: 4992
● Ardal dal: 6.5 x 6.5 mm
● Mae pob smotyn â chod bar wedi'i lwytho â paent preimio sy'n cynnwys 4 adran:
- cynffon poly(dT) ar gyfer preimio mRNA a synthesis cDNA
- Dynodydd Moleciwlaidd Unigryw (UMI) i gywiro tuedd ymhelaethu
- Cod bar gofodol
- Dilyniant rhwymol o preimio dilyniannu rhannol darllen 1
● Lliwio H&E o adrannau
Manteision
●Gwasanaeth Un-stop: yn integreiddio'r holl gamau sy'n seiliedig ar brofiad a sgiliau, gan gynnwys torri-doriadau cryo, staenio, optimeiddio meinwe, codio bar gofodol, paratoi llyfrgell, dilyniannu a biowybodeg .
● Tîm Technegol tra medrus: gyda phrofiad mewn dros 250 o fathau o feinwe a 100+ o rywogaethau gan gynnwys dynol, llygoden, mamaliaid, pysgod a phlanhigion.
●Diweddariad amser real ar y Prosiect Cyfan: gyda rheolaeth lawn o gynnydd arbrofol.
●Biowybodeg Safonol Cynhwysfawr:pecyn yn cynnwys 29 o ddadansoddiadau a 100+ ffigurau o ansawdd uchel.
●Dadansoddi Data Personol a Delweddu: ar gael ar gyfer gwahanol geisiadau ymchwil.
●Cyd-ddadansoddiad Dewisol gyda Dilyniannu mRNA Ungell
Manylebau
| Gofynion Sampl | Llyfrgell | Strategaeth ddilyniannu | Argymhellir data | Rheoli Ansawdd |
| Samplau cryo wedi'u hymgorffori yn yr Hydref (Diamedr gorau posibl: tua 6x6x6 mm³) 2 floc y sampl | Llyfrgell cDNA 10X Visium | Illumina PE150 | 50K PE yn darllen fesul smotyn ( 60Gb ) | RIN > 7 |
Am ragor o fanylion am ganllawiau paratoi sampl a llif gwaith gwasanaeth, mae croeso i chi siarad ag aArbenigwr BMKGENE
Llif Gwaith Gwasanaeth
Yn y cyfnod paratoi sampl, cynhelir treial echdynnu RNA swmp cychwynnol i sicrhau y gellir cael RNA o ansawdd uchel. Yn y cam optimeiddio meinwe mae'r adrannau'n cael eu staenio a'u delweddu ac mae'r amodau athreiddo ar gyfer rhyddhau mRNA o feinwe wedi'u hoptimeiddio. Yna cymhwysir y protocol wedi'i optimeiddio yn ystod adeiladu'r llyfrgell, ac yna dilyniannu a dadansoddi data.
Mae'r llif gwaith gwasanaeth cyflawn yn cynnwys diweddariadau amser real a chadarnhad cleientiaid i gynnal dolen adborth ymatebol, gan sicrhau gweithrediad llyfn y prosiect.
Yn cynnwys y dadansoddiad canlynol:
Rheoli Ansawdd Data:
o Allbwn data a dosbarthiad sgôr ansawdd
o Canfod genynnau fesul smotyn
o Cwmpas meinwe
Dadansoddiad sampl mewnol:
o Cyfoeth genynnau
o Clystyru ar hap, gan gynnwys dadansoddi dimensiwn llai
o Dadansoddiad mynegiant gwahaniaethol rhwng clystyrau: adnabod genynnau marcio
o Anodi swyddogaethol a chyfoethogi genynnau marcio
Dadansoddiad Rhyng-grŵp
o Ailgyfuniad o smotiau o'r ddau sampl (ee afiechyd a rheolaeth) ac ail-glwstwr
o Nodi genynnau marcio ar gyfer pob clwstwr
o Anodi swyddogaethol a chyfoethogi genynnau marcio
o Mynegiant Gwahaniaethol o'r un clwstwr rhwng grwpiau
Dadansoddiad mewnol-sampl
Clystyru yn y fan a'r lle
Adnabod genynnau marciwr a dosbarthiad gofodol
Dadansoddiad Rhyng-grŵp
Cyfuniad data o'r ddau grŵp ac ail-glwstwr
Genynnau marcio clystyrau newydd
Archwiliwch y datblygiadau a hwyluswyd gan wasanaeth trawsgrifio gofodol BMKGene gan 10X Visium Yn y cyhoeddiadau dan sylw hyn:
Chen, D. et al. (2023) 'Mae mthl1, homolog Drosophila posibl o GPCRs adlyniad mamalaidd, yn ymwneud ag adweithiau gwrth-diwmor i gelloedd oncogenig wedi'u chwistrellu mewn pryfed',Trafodion Academi Gwyddorau Cenedlaethol Unol Daleithiau America, 120(30), t. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) 'Mae DUR yn galluogi darlunio cydraniad uchel o ddata trawsgrifomig gofodol',Sesiynau briffio mewn Biowybodeg, 24(2), tt 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Mae Liu, C. et al. (2022) 'Atlas spatiotemporal o organogenesis yn natblygiad blodau tegeirian',Ymchwil Asidau Niwcleig, 50(17), tt. 9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al. (2023) 'Integreiddio Trawsgrifiad Gofodol a Dilyniannu RNA Cnewyllyn Sengl yn Datgelu'r Strategaethau Therapiwtig Posibl ar gyfer Leiomyoma Crothol',Cylchgrawn Rhyngwladol y Gwyddorau Biolegol, 19(8), tt. 2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.
