Bisulfitové sekvenování celého genomu (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) představuje metodu zlatého standardu pro hloubkový průzkum methylace DNA, konkrétně páté pozice v cytosinu (5-mC), klíčovém regulátoru genové exprese a buněčné aktivity. Princip WGBS zahrnuje bisulfitové ošetření, indukující konverzi nemethylovaných cytosinů na uracil (C na U), přičemž methylované cytosiny zůstávají nezměněny. Tato technika nabízí rozlišení na jedné bázi, což umožňuje výzkumníkům komplexně prozkoumat methylom a odhalit abnormální metylační vzorce spojené s různými stavy, zejména rakovinou. Využitím WGBS mohou vědci získat bezkonkurenční vhled do methylačních krajin v celém genomu a poskytnout nuancované pochopení epigenetických mechanismů, které jsou základem různých biologických procesů a nemocí.
Funkce služby
● Vyžaduje referenční genom.
● Lambda DNA se přidává za účelem sledování účinnosti konverze bisulfitu.
● Sekvenování na Illumina NovaSeq.
Výhody služby
●Zlatý standard pro výzkum methylace DNA: Tato vyspělá technologie zpracování methylační konverze má vysokou přesnost a dobrou reprodukovatelnost.
●Široké pokrytí a rozlišení jedné báze:detekce methylačních míst na úrovni celého genomu.
●Kompletní platforma:poskytovat vynikající služby na jednom místě od zpracování vzorků, výstavby knihoven, sekvenování až po bioinformatickou analýzu.
●Rozsáhlá odbornost: s úspěšně dokončenými projekty sekvenování WGBS napříč rozmanitým spektrem druhů přináší BMKGENE více než deset let zkušeností, vysoce kvalifikovaný analytický tým, komplexní obsah a vynikající poprodejní podporu.
●Možnost připojit se k analýze transkriptomiky: umožňující integrovanou analýzu WGBS s dalšími omikovými daty, jako je RNA-seq.
Vzorové specifikace
| Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučený výstup dat | Kontrola kvality |
| Zpracováno bisulfitem | Illumina PE150 | 30x hloubka | Q30 ≥ 85 % Konverze bisulfitu > 99 % |
Vzorové požadavky
| Koncentrace (ng/µL) | Celkové množství (µg) | Další požadavky | |
| Genomová DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Omezená degradace nebo kontaminace |
Tok servisní práce
Vzorová dodávka
Extrakce DNA
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Doručování dat
Zahrnuje následující analýzu:
● Kontrola kvality surového sekvenování;
● mapování na referenční genom;
● Detekce 5mC methylovaných bází;
● Analýza distribuce metylace a anotace;
● Analýza diferenciálně methylovaných oblastí (DMR);
● Funkční anotace genů spojených s DMR.
Detekce metylace 5mC: typy metylovaných míst
Methylační mapa. Distribuce 5mC methylace v celém genomu
Anotace vysoce metylovaných oblastí
Diferenciálně methylované oblasti: asociované geny
Diferenciálně methylované oblasti: anotace asociovaných genů (genová ontologie)
Prozkoumejte pokroky ve výzkumu, které usnadňují služby bisulfitového sekvenování celého genomu BMKGene prostřednictvím kurátorské sbírky publikací.
Fan, Y. a kol. (2020) „Analýza profilů methylace DNA během vývoje kosterního svalstva ovcí pomocí bisulfitového sekvenování celého genomu“,BMC Genomics, 21(1), s. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. a kol. (2022) „Nové poruchy methylace deoxyribonukleové kyseliny u pracovníků vystavených vinylchloridu“,Toxikologie a průmyslové zdraví, 38(7), s. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. a kol. (2020) „Vztahy mezi methylací genomu, hladinami nekódujících RNA, mRNA a metabolitů ve zrajícím rajčeti“,Plant Journal, 103(3), s. 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
