Specifické sekvenování fragmentu zesilované specifické lokus (SLAF-seq)
Pracovní postup
Technické schéma
Funkce služby
● Sekvenování na Novaseq s PE150.
● Příprava knihovny s dvojitým čárovým kódem, což umožňuje sdružování více než 1000 vzorků.
● Tuto techniku lze použít s nebo bez referenčního genomu s různými bioinformatickými potrubí pro každý případ:
S referenčním genomem: objev SNP a indelu
Bez referenčního genomu: Shlukování vzorků a objev SNP
● Vv silicoPředběžné návrh kombinace enzymů před návrhem jsou prověřovány, aby se našly ty, které generují rovnoměrné rozdělení značek SLAF podél genomu.
● Během předběžného zacházení jsou testovány tři kombinace enzymů ve 3 vzorcích za účelem generování 9 knihoven SLAF a tyto informace se používají k výběru kombinace optimálního restrikčního enzymu pro projekt.
Výhody služeb
●Objev s vysokým genetickým markerem: Integrace vysoce výkonného systému dvojitého čárového kódu umožňuje současné sekvenování velkých populací a zesílení specifické pro lokus zvyšuje účinnost a zajišťuje, že čísla značek splňuje rozmanité požadavky různých výzkumných otázek.
● Nízká závislost na genomu: Může být aplikován na druhy s referenčním genomem nebo bez ní.
●Flexibilní návrh schématu: Jednoho enzym, duální enzym, trávení více enzymů a různé typy enzymů lze vybrat tak, aby vyhovovaly různým výzkumným cílům nebo druhů. Thev silicoPředběžný návrh se provádí, aby se zajistil optimální konstrukci enzymu.
● Vysoká účinnost enzymatického trávení: Vedenív silicoPředběžný návrh a předběžný experiment zajistil optimální návrh s rovnoměrným rozdělením značek SLAF na chromozomu (1 značka SLAF/4 kB) a sníženou opakovanou sekvencí (<5%).
●Rozsáhlé odborné znalosti: Náš tým přináší do každého projektu bohaté zkušenosti, s výsledkem uzavření více než 5 000 projektů SLAF-seq na stovky druhů, včetně rostlin, savců, ptáků, hmyzu a vodních organismů.
● Samostatný bioinformatický pracovní postup: BMKGENE vyvinul integrovaný bioinformatický pracovní postup pro SLAF-seq, aby zajistil spolehlivost a přesnost konečného výstupu.
Specifikace služeb
| Typ analýzy | Doporučená měřítko populace | Sekvenční strategie | |
| Hloubka sekvenování značek | Číslo značky | ||
| Genetické mapy | 2 rodiče a> 150 potomků | Rodiče: 20x WGS Offsing: 10x | Velikost genomu: <400 MB: Doporučuje se WGS <1GB: 100k značky 1-2GB :: 200K TAGS > 2 GB: 300k Tags Max 500k Tags |
| Studie asociačního asociace v celém genomu (GWAS) | ≥ 200 vzorků | 10x | |
| Genetický vývoj | ≥ 30 vzorků, s> 10 vzorků z každé podskupiny | 10x | |
Požadavky na služby
Koncentrace ≥ 5 ng/µl
Celková částka ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5
Agarózový gel: Ne nebo omezená degradace nebo kontaminace
Doporučené doručení vzorku
Kontejner: 2 ml odstředivé trubice
(Pro většinu vzorků doporučujeme, aby se v ethanolu nezachovalo)
Značení vzorků: Vzorky musí být jasně označeny a totožné s předloženým vzorkovým informačním formulářem.
Zásilka: Suchý led: Vzorky musí být nejprve zabaleny do pytlů a pohřbeny v suchém ledu.
Pracovní postup služeb
Vzorek qc
Pilotní experiment
Experiment SLAF
Příprava knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Zahrnuje následující analýzu:
- Sekvenování dat QC
- Vývoj značek SLAF
Mapování na referenční genom
Bez referenčního genomu: shlukování
- Analýza značek SLAF: Statistiky, distribuce přes genom
- Objev značky: SNP, Indel, SNV, CV volání a anotace
Distribuce značek SLAF na chromozomech:
Distribuce SNP na chromozomech:
Anotace SNP
| Rok | Časopis | IF | Titul | Aplikace |
| 2022 | Přírodní komunikace | 17.694 | Genomický základ giga-chromozomů a giga-genomu stromové pivoňky Paeonia ostii | Slaf-gwas |
| 2015 | Nový fytolog | 7.433 | Domestikační stopy kotevní genomické oblasti agronomického významu v sójové boby | Slaf-gwas |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Umělé introgrese gossypium barbadense do G. Hirsutum Odhalte vynikající lokusy pro současné zlepšení kvality a výnosu z bavlněných vláken rysy | Slaf-evoluční genetika |
| 2019 | Molekulární rostlina | 10.81 | Populační genomická analýza a de novo shromáždění odhalují původ plevely Rýže jako evoluční hra | Slaf-evoluční genetika |
| 2019 | Přírodní genetika | 31.616 | Genomová sekvence a genetická rozmanitost obyčejného kapry, Cyprinus carpio | Mapa Slaf-Linkage |
| 2014 | Přírodní genetika | 25.455 | Genom kultivovaného arašídů poskytuje vhled do luštěninových karyotypů, polyploidu Evoluce a domestikace plodin. | Mapa Slaf-Linkage |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | Identifikace ST1 odhaluje výběr zahrnující stopování morfologie semen a obsah oleje během sójové domestikace | Rozvoj Slaf-Marker |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | Identifikace a vývoj markeru DNA pro pšeničnou amus mollis 2ns (2d) Substituce lisového chromozomu | Rozvoj Slaf-Marker |
| Rok | Časopis | IF | Titul | Aplikace |
| 2023 | Hranice ve vědě o rostlinách | 6,735 | QTL mapování a transkripční analýza obsahu cukru během zrání ovoce Pyrus Pyrifolia | Genetická mapa |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 8.154 | Identifikace ST1 odhaluje výběr zahrnující stopování morfologie semen a obsah oleje během domestikace sóji
| SNP volání |
| 2022 | Hranice ve vědě o rostlinách | 6.623 | Mapování asociace celého genomu sotva fenotypů v prostředí sucha.
| Gwas |
