Snížená reprezentace sekvenování bisulfitu (RRB)
Snížené reprezentace bisulfitové sekvenování (RRBS) se ukázalo jako nákladově efektivní a efektivní alternativa k celému genomu bisulfitové sekvenování (WGB) ve výzkumu methylace DNA. Zatímco WGBS poskytuje komplexní poznatky zkoumáním celého genomu při rozlišení jedné základní základny, jeho vysoké náklady mohou být omezujícím faktorem. RRBS strategicky zmírňuje tuto výzvu selektivní analýzou reprezentativní části genomu. Tato metodika se spoléhá na obohacení oblastí bohatých na ostrovy CPG pomocí štěpení MSPI, po kterém následuje výběr velikosti 200-500/600 bps fragmentů. V důsledku toho jsou sekvenovány pouze regiony proximálně k CPG ostrovům, zatímco z analýzy jsou vyloučeny regiony s vzdálenými ostrovy CPG. Tento proces, kombinovaný se sekvenováním bisulfitu, umožňuje detekci methylace DNA s vysokým rozlišením a přístup sekvenování, PE150, se zaměřuje konkrétně na koncové vložky spíše než na střed, což zvyšuje účinnost profilování methylace. RRBS je neocenitelný nástroj, který umožňuje nákladově efektivní výzkum methylace DNA a zvyšuje znalosti epigenetických mechanismů.
Funkce služby
● Vyžaduje referenční genom.
● Lambda DNA se používá ke sledování účinnosti přeměny bisulfitu.
● Je také monitorována účinnost trávení MSPI.
● Dvojité enzymové trávení pro vzorky rostlin.
● Sekvenování na Illumina Novaseq.
Výhody služeb
●Nákladově efektivní a efektivní alternativa k WGB: Povolení analýzy, které lze provádět za nižší náklady a s nižšími požadavky na vzorky.
●Kompletní platforma:Poskytněte jednorázovou vynikající službu od zpracování vzorků, konstrukce knihoven a sekvenování do analýzy bioinformatiky.
●Rozsáhlé odborné znalosti: BMKgene přináší projekty sekvenování RRBS úspěšně dokončené v různých druzích, přináší BMKGENE více než desetiletí zkušeností, vysoce kvalifikovaný analytický tým, komplexní obsah a vynikající podporu po prodeji.
Specifikace služeb
| Knihovna | Sekvenční strategie | Doporučený výstup dat | Kontrola kvality |
| MSPI strávená a ošetřená knihovna ošetřená bisulfitem | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Konverze bisulfitu> 99% Účinnost řezání MSPI> 95% |
Vzorkové požadavky
| Koncentrace (ng/µl) | Celková částka (µg) |
| |
| Genomická DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | Omezená degradace nebo kontaminace |
Tok servisní práce
Ukázka doručení
Knihovna konstrukce
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Zahrnuje následující analýzu:
● Řízení kvality sekvenování surového sekvenování;
● mapování na referenční genom;
● Detekce 5MC methylovaných bází a identifikace motivu;
● Analýza distribuce methylace a srovnání vzorků;
● Analýza odlišně methylovaných oblastí (DMR);
● Funkční anotace genů spojených s DMR.
Kontrola kvality: účinnost trávení (v mapování genomu)
Kontrola kvality: Převod bisulfitu (v intrakci informací o methylaci)
Methylační mapa: 5MC methylace distribuce genomu
Porovnání vzorků: analýza hlavních komponent
Analýza odlišně methylovaných oblastí (DMRS): Tepelná mapa
Prozkoumejte výzkumné pokroky usnadněné službami BMKGene celého genomu bisulfitu prostřednictvím kurátorské sbírky publikací.
Li, Z. a kol. (2022) „Přeprogramování vysoce věrnosti do Leydig-podobných buněk aktivací CRISPR a parakrinními faktory“, “,PNAS Nexus, 1 (4). doi: 10.1093/pnasnexus/pGAC179.
Tian, H. a kol. (2023) „Analýza methylace DNA s celostátním genomem složení těla v čínských monozygotických dvojčatech“,Evropský žurnál klinického vyšetřování, 53 (11), str. E14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. a kol. (2022) „Methylace DNA a poměr pasu k kyčli: Asociační studie v celém epigenomu v čínských monozygotických dvojčatech“,Žurnál endokrinologického vyšetřování, 45 (12), str. 2365–2376. doi: 10.1007/s40618-022-01878-4.
