Prokaryotické sekvenování RNA
Funkce
● Zpracování vzorku RNA zahrnovalo vyčerpání rRNA následované přípravou knihovny směrové RNA.
● Bioinformatická analýza založená na zarovnání s referenčním genomem
● Analýza zahrnuje genovou expresi a DEG, ale také strukturu transkriptu a analýzu sRNA
Výhody služeb
●Přísná kontrola kvality: Implementujeme základní kontrolní body ve všech fázích, od přípravy vzorku a knihovny po sekvenování a bioinformatiku. Toto pečlivé monitorování zajišťuje dodávání trvale vysoce kvalitních výsledků.
●Data sekvenování specifických pro řetězec: Vzhledem k tomu, že příprava knihovny RNA je směrová, umožňuje identifikaci anti-sensensových transkriptů.
●Kompletní analýza přizpůsobená prokaryotickým transkripcím: Bioinformatický potrubí zahrnuje nejen analýzu genové exprese, ale také analýzu struktury transkriptu, včetně identifikace operonů, UTR a promotorů. Zahrnuje také analýzu SRNA, jmenovitě anotace a predikci sekundární struktury a cílů.
●Podpora po prodeji: Náš závazek přesahuje dokončení projektu s 3měsíční obdobím servisního období. Během této doby nabízíme sledování projektů, pomoc při řešení problémů a sezení otázek a odpovědí k řešení jakýchkoli dotazů souvisejících s výsledky.
Ukázkové požadavky a doručení
| Knihovna | Sekvenční strategie | Doporučená data | Kontrola kvality |
| RRNA vyčerpaná směrová knihovna | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Ukázkové požadavky:
| Konc. (Ng/μl) | Částka (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,8-2,0 OD260/230 = 1,0-2,5 Omezená nebo žádná kontaminace proteinu nebo DNA na gelu. | Rin≥6,5 |
Doporučené doručení vzorku
Kontejner: 2 ml odstředivé trubice (cínová fólie se nedoporučuje)
Značení vzorků: skupina+replikujte EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásilka:
1. Suchý led: Vzorky musí být zabaleny do pytlů a pohřbeny do suchého ledu.
2. Rnastabilní zkumavky: Vzorky RNA mohou být vysušeny ve stabilizační trubici RNA (např. RNASTABLE®) a dodávány v pokojové teplotě.
Tok servisní práce
Ukázka doručení
Knihovna konstrukce
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Pracovní postup bioinformatické analýzy
Zahrnuje následující analýzu:
● Řízení kvality dat nezpracovaných
● Sladění s referenčním genomem
● Posouzení kvality knihovny: RNA fragmentace náhodnosti, velikost vložení a nasycení sekvencí
● Funkční anotace predikovaných kódovacích genů
● Analýza exprese: Korelace a analýza hlavních složek (PCA)
● Exprese diferenciálního genu (DEGS)
● Funkční anotace a obohacení DEGS
● Analýza sRNA: predikce, anotace, cíl a predikce sekundární struktury
● Analýza struktury přepisu: Operony, počáteční a koncové pozice, nepřekládaná oblast (UTS), promotor a analýza SNP/indelu
Sekvenování nasycení
Funkční anotace kódovacích genů
Korelace mezi vzorky
Analýza diferenciální exprimovaných genů (DEGS)
Funkční analýza obohacení
Anotace sRNA
Prozkoumejte pokroky usnadněné službami sekvenování mRNA nanopore BMKGene v této uvedené publikaci.
Guan, CP et al. (2018) „Změny globálního transkriptomu stafylococcus epidermidis vytvářejícího biofilmy reagující na celkové alkaloidy Sophorea alopecuroides“,Polský žurnál mikrobiologie, 67 (2), str. 223. DOI: 10.21307/PJM-2018-024.
