-
BMKMANU S3000_Prostorový přepis
Prostorová transkriptomika stojí v popředí vědeckých inovací a umožňuje výzkumníkům ponořit se do složitých vzorců genové exprese v tkáních při zachování jejich prostorového kontextu. Mezi různými platformami vyvinul BMKGene prostorový transkriptomový čip BMKManu S3000, který se může pochlubit zvýšeným rozlišením 3,5 µm, dosahujícím subcelulárního rozsahu a umožňujícím víceúrovňové nastavení rozlišení. Čip S3000 s přibližně 4 miliony bodů využívá mikrojamky povrstvené kuličkami naplněnými prostorově čárovými snímacími sondami. Z čipu S3000 je připravena cDNA knihovna obohacená o prostorové čárové kódy a následně sekvenována na platformě Illumina NovaSeq. Kombinace prostorově kódovaných vzorků a UMI zajišťuje přesnost a specifičnost generovaných dat. Čip BMKManu S3000 je extrémně všestranný a nabízí víceúrovňové nastavení rozlišení, které lze jemně vyladit pro různé tkáně a požadované úrovně detailů. Tato přizpůsobivost řadí čip jako vynikající volbu pro různé studie prostorové transkriptomiky, což zajišťuje přesné prostorové shlukování s minimálním šumem. Použití technologie buněčné segmentace s BMKManu S3000 umožňuje vymezení transkripčních dat k hranicím buněk, což vede k analýze, která má přímý biologický význam. Kromě toho vylepšené rozlišení S3000 vede k vyššímu počtu genů a UMI detekovaných na buňku, což umožňuje mnohem přesnější analýzu prostorových transkripčních vzorů a shlukování buněk.
-
Jednojaderné sekvenování RNA
Vývoj technik zachycování jedné buňky a vlastní konstrukce knihoven, spojený s vysoce výkonným sekvenováním, způsobil revoluci ve studiích genové exprese na buněčné úrovni. Tento průlom umožňuje hlubší a komplexnější analýzu komplexních buněčných populací, překonání omezení spojených s průměrováním genové exprese ve všech buňkách a zachování skutečné heterogenity v rámci těchto populací. Zatímco jednobuněčné sekvenování RNA (scRNA-seq) má nepopiratelné výhody, naráží na problémy v určitých tkáních, kde se vytvoření jednobuněčné suspenze ukazuje jako obtížné a vyžaduje čerstvé vzorky. V BMKGene řešíme tuto překážku tím, že nabízíme jednojaderné sekvenování RNA (snRNA-seq) pomocí nejmodernější technologie 10X Genomics Chromium. Tento přístup rozšiřuje spektrum vzorků vhodných pro transkriptomovou analýzu na úrovni jedné buňky.
Izolace jader se provádí pomocí inovativního čipu 10X Genomics Chromium, který obsahuje osmikanálový mikrofluidní systém s dvojitým křížením. V rámci tohoto systému jsou gelové kuličky obsahující čárové kódy, primery, enzymy a jediné jádro zapouzdřeny v kapkách oleje o velikosti nanolitrů, čímž se vytvoří gelová kulička v emulzi (GEM). Po vytvoření GEM dochází v každém GEM k lýze buněk a uvolnění čárového kódu. Následně molekuly mRNA podstoupí reverzní transkripci do cDNA, zahrnující 10X čárové kódy a unikátní molekulární identifikátory (UMI). Tyto cDNA jsou poté podrobeny standardní konstrukci sekvenační knihovny, což usnadňuje robustní a komplexní průzkum profilů genové exprese na úrovni jedné buňky.
Platforma: 10× Genomics Chromium a platforma Illumina NovaSeq
-
10x prostorový transkriptom Genomics Visium
Prostorová transkriptomika je špičková technologie, která umožňuje výzkumníkům zkoumat vzorce genové exprese v tkáních při zachování jejich prostorového kontextu. Jednou z výkonných platforem v této doméně je 10x Genomics Visium spojené se sekvenováním Illumina. Princip 10X Visium spočívá na specializovaném čipu s určenou záchytnou oblastí, kam jsou umístěny tkáňové řezy. Tato záchytná oblast obsahuje body s čárovým kódem, z nichž každý odpovídá jedinečnému prostorovému umístění v tkáni. Zachycené molekuly RNA z tkáně jsou pak během procesu reverzní transkripce označeny jedinečnými molekulárními identifikátory (UMI). Tyto čárové kódy a UMI umožňují přesné prostorové mapování a kvantifikaci genové exprese v rozlišení jedné buňky. Kombinace prostorově kódovaných vzorků a UMI zajišťuje přesnost a specifičnost generovaných dat. Pomocí této technologie prostorové transkriptomiky mohou výzkumníci získat hlubší pochopení prostorové organizace buněk a komplexních molekulárních interakcí vyskytujících se v tkáních, což nabízí neocenitelný pohled na mechanismy, které jsou základem biologických procesů v mnoha oblastech, včetně onkologie, neurověd, vývojové biologie, imunologie. a botanické studie.
Platforma: 10X Genomics Visium a Illumina NovaSeq
