-
Metagenomické sekvenování -NGS
Metagenom je soubor celkového genetického materiálu smíšeného společenství organismů, jako jsou environmentální a lidské metagenomy. Obsahuje genomy kultivovatelných i nekultivovatelných mikroorganismů. Shotgun metagenomické sekvenování s NGS umožňuje studium těchto složitých genomických krajin vložených do vzorků životního prostředí tím, že poskytuje více než jen taxonomické profilování a poskytuje také podrobné vhledy do druhové diverzity, dynamiky abundance a komplexních populačních struktur. Kromě taxonomických studií nabízí metagenomika brokovnic také funkční perspektivu genomiky, která umožňuje zkoumání kódovaných genů a jejich domnělých rolí v ekologických procesech. Konečně vytvoření korelačních sítí mezi genetickými prvky a faktory životního prostředí přispívá k holistickému pochopení složité souhry mezi mikrobiálními společenstvími a jejich ekologickým pozadím. Závěrem lze říci, že metagenomické sekvenování představuje klíčový nástroj pro odhalování genomických složitostí různých mikrobiálních komunit a osvětluje mnohostranné vztahy mezi genetikou a ekologií v těchto komplexních ekosystémech.
Platformy: Illumina NovaSeq a DNBSEQ-T7
-
Metagenomické sekvenování-TGS
Metagenom je soubor genetického materiálu smíšeného společenství organismů, jako jsou environmentální a lidské metagenomy. Obsahuje genomy kultivovatelných i nekultivovatelných mikroorganismů. Metagenomické sekvenování umožňuje studium těchto složitých genomických krajin zasazených do ekologických vzorků tím, že poskytuje více než jen taxonomické profilování. Nabízí také funkční perspektivu genomiky zkoumáním kódovaných genů a jejich domnělých rolí v environmentálních procesech. Zatímco tradiční brokovnicové přístupy se sekvenováním Illumina byly široce používány v metagenomických studiích, příchod sekvenování s dlouhým čtením Nanopore a PacBio tuto oblast změnil. Technologie Nanopore a PacBio zlepšují následné bioinformatické analýzy, zejména sestavení metagenomu, což zajišťuje kontinuálnější sestavování. Zprávy naznačují, že metagenomika založená na Nanopore a PacBio úspěšně vytvořila kompletní a uzavřené bakteriální genomy z komplexních mikrobiomů (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Integrace čtení Nanopore se čteními Illumina poskytuje strategický přístup pro opravu chyb a zmírňuje inherentní nízkou přesnost Nanopore. Tato synergická kombinace využívá silné stránky každé sekvenační platformy, nabízí robustní řešení k překonání potenciálních omezení a zvyšuje přesnost a spolehlivost metagenomických analýz.
Platforma: Nanopore PromethION 48, Illumia a PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Geny 16S a 18S rRNA spolu s oblastí Internal Transcribed Spacer (ITS) slouží jako klíčové markery molekulárního otisku prstů díky kombinaci vysoce konzervovaných a hypervariabilních oblastí, což z nich dělá neocenitelné nástroje pro charakterizaci prokaryotických a eukaryotických organismů. Amplifikace a sekvenování těchto oblastí nabízí přístup bez izolace pro zkoumání mikrobiálního složení a rozmanitosti napříč různými ekosystémy. Zatímco sekvenování Illumina se typicky zaměřuje na krátké hypervariabilní oblasti jako V3-V4 16S a ITS1, bylo prokázáno, že lepší taxonomické anotace lze dosáhnout sekvenováním celé délky 16S, 18S a ITS. Tento komplexní přístup má za následek vyšší procento přesně klasifikovaných sekvencí, čímž se dosahuje úrovně rozlišení, která se vztahuje na identifikaci druhů. Platforma sekvenování Single-Molecule Real-Time (SMRT) společnosti PacBio vyniká tím, že poskytuje vysoce přesné dlouhé čtení (HiFi), které pokrývají amplikony plné délky, čímž konkuruje přesnosti sekvenování Illumina. Tato schopnost umožňuje výzkumníkům dosáhnout bezkonkurenční výhody – panoramatický pohled na genetickou krajinu. Rozšířené pokrytí výrazně zvyšuje rozlišení v druhové anotaci, zejména v bakteriálních nebo houbových společenstvech, což umožňuje hlubší pochopení složitosti mikrobiálních populací.
-
16S/18S/ITS Amplikonové sekvenování-NGS
Sekvenování amplikonu s technologií Illumina, konkrétně zaměřené na genetické markery 16S, 18S a ITS, je výkonná metoda pro odhalení fylogeneze, taxonomie a množství druhů v rámci mikrobiálních komunit. Tento přístup zahrnuje sekvenování hypervariabilních oblastí provozních genetických markerů. Původně byl představen jako molekulární otiskWoeses a kolv roce 1977 tato technika způsobila revoluci v profilování mikrobiomů tím, že umožnila analýzy bez izolace. Prostřednictvím sekvenování 16S (bakterie), 18S (houby) a Internal Transcribed Spacer (ITS, houby) mohou výzkumníci identifikovat nejen hojné druhy, ale také vzácné a neidentifikované. Široce přijatý jako klíčový nástroj, amplikonové sekvenování se stalo nástrojem pro rozlišování různých mikrobiálních složení v různých prostředích, včetně lidských úst, střev, stolice a dalších.
-
Resekvenování celého genomu bakterií a hub
Projekty resekvenování celého genomu bakterií a hub jsou klíčové pro pokrok v mikrobiální genomice tím, že umožňují dokončení a srovnání mikrobiálních genomů. To usnadňuje fermentační inženýrství, optimalizaci průmyslových procesů a zkoumání sekundárních metabolických drah. Kromě toho je opětovné sekvenování hub a bakterií zásadní pro pochopení adaptace na životní prostředí, optimalizaci kmenů a odhalení dynamiky genetické evoluce s širokými důsledky v medicíně, zemědělství a vědě o životním prostředí.
-
Sekvenování prokaryotické RNA
Sekvenování RNA umožňuje komplexní profilování všech transkriptů RNA v buňkách za specifických podmínek. Tato špičková technologie slouží jako účinný nástroj, který odhaluje složité profily genové exprese, genové struktury a molekulární mechanismy spojené s různými biologickými procesy. Široce přijaté v základním výzkumu, klinické diagnostice a vývoji léků, sekvenování RNA nabízí vhled do složitosti buněčné dynamiky a genetické regulace. Naše zpracování vzorků prokaryotické RNA je přizpůsobeno pro prokaryotické transkriptomy, včetně deplece rRNA a přímé přípravy knihovny.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Sekvenování metatranskriptomů
S využitím sekvenační technologie Illumina odhaluje služba metatranskriptomového sekvenování BMKGENE dynamickou genovou expresi rozmanité řady mikrobů, od eukaryot po prokaryota a viry, v přirozeném prostředí, jako je půda, voda, moře, stolice a střeva. Naše komplexní služba umožňuje výzkumníkům ponořit se do komplexních profilů genové exprese komplexních mikrobiálních komunit. Kromě taxonomické analýzy naše služba sekvenování metatranskriptomů usnadňuje zkoumání funkčního obohacení a vrhá světlo na odlišně exprimované geny a jejich role. Objevte velké množství biologických poznatků, když se budete pohybovat ve složitých oblastech genové exprese, taxonomické diverzity a funkční dynamiky v těchto rozmanitých environmentálních výklencích.
-
De novo shromáždění genomu hub
BMKGENE nabízí všestranná řešení pro genomy hub, uspokojující různé výzkumné potřeby a požadovanou úplnost genomu. Samotné využití krátkého sekvenování Illumina umožňuje vytvoření návrhu genomu. Krátké čtení a dlouhé čtení sekvenování pomocí Nanopore nebo Pacbio jsou kombinovány pro jemnější genom hub s delšími kontigy. Navíc integrace Hi-C sekvenování dále zvyšuje schopnosti a umožňuje dosažení kompletního genomu na úrovni chromozomů.
-
De novo shromáždění bakteriálního genomu
Poskytujeme kompletní službu sestavení bakteriálního genomu se zárukou 0 mezer. To je možné díky integraci technologií sekvenování dlouhého čtení, jako jsou Nanopore a PacBio pro sestavení a sekvenování krátkého čtení s Illumina pro ověření sestavení a opravu chyb čtení ONT. Naše služba poskytuje kompletní bioinformatický pracovní postup od sestavení, funkční anotace a pokročilé bioinformatické analýzy, splňující specifické výzkumné cíle. Tato služba umožňuje vývoj přesných referenčních genomů pro různé genetické a genomické studie. Kromě toho tvoří základ pro aplikace, jako je optimalizace kmenů, genetické inženýrství a vývoj mikrobiálních technologií, zajišťující spolehlivá genomická data bez mezer, která jsou klíčová pro pokrok vědeckých poznatků a biotechnologické inovace.
