-
Analýza asociací v celém genomu
Cílem Genome-Wide Association Studies (GWAS) je identifikovat genetické varianty (genotypy) spojené se specifickými vlastnostmi (fenotypy). Prozkoumáním genetických markerů v celém genomu u velkého počtu jedinců GWAS extrapoluje asociace genotyp-fenotyp prostřednictvím statistických analýz na úrovni populace. Tato metodologie nachází rozsáhlé aplikace při výzkumu lidských nemocí a zkoumání funkčních genů souvisejících s komplexními rysy u zvířat nebo rostlin.
V BMKGENE nabízíme dva způsoby provádění GWAS na velkých populacích: použití sekvenování celého genomu (WGS) nebo volbu metody sekvenování s omezeným zastoupením genomu, interně vyvinutého specifického lokusového amplifikovaného fragmentu (SLAF). Zatímco WGS vyhovuje menším genomům, SLAF se ukazuje jako nákladově efektivní alternativa pro studium větších populací s delšími genomy, účinně minimalizuje náklady na sekvenování a zároveň zaručuje vysokou účinnost objevování genetických markerů.
-
Sekvenování celého genomu rostlin/zvířat
Whole Genome Sequencing (WGS), také známé jako resekvenování, označuje sekvenování celého genomu různých jedinců druhů se známými referenčními genomy. Na tomto základě lze dále identifikovat genomové rozdíly jedinců nebo populací. WGS umožňuje identifikaci polymorfismu jednoho nukleotidu (SNP), delece vložení (InDel), variace struktury (SV) a variace počtu kopií (CNV). SV obsahují větší část variační báze než SNP a mají větší dopad na genom, což podstatně ovlivňuje živé organismy. Zatímco resekvenování pomocí krátkého čtení je účinné při identifikaci SNP a InDels, resekvenování s dlouhým čtením umožňuje přesnější identifikaci velkých fragmentů a komplikovaných variací.
-
Evoluční genetika
Evoluční genetika je komplexní sekvenační služba navržená tak, aby nabízela zasvěcenou interpretaci evoluce v rámci velké skupiny jedinců na základě genetických variací, včetně SNP, InDels, SV a CNV. Tato služba zahrnuje všechny základní analýzy potřebné k objasnění evolučních posunů a genetických charakteristik populací, včetně hodnocení struktury populace, genetické diverzity a fylogenetických vztahů. Kromě toho se ponoří do studií toku genů, což umožňuje odhady efektivní velikosti populace a doby divergence. Evoluční genetické studie poskytují cenné poznatky o původu a adaptacích druhů.
V BMKGENE nabízíme dva způsoby provádění evolučních genetických studií na velkých populacích: použití sekvenování celého genomu (WGS) nebo volbu metody sekvenování s omezeným zastoupením genomu, interně vyvinutého specifického lokusového amplifikovaného fragmentu (SLAF). Zatímco WGS vyhovuje menším genomům, SLAF se ukazuje jako nákladově efektivní alternativa pro studium větších populací s delšími genomy, což efektivně minimalizuje náklady na sekvenování.
-
Srovnávací genomika
Komparativní genomika zahrnuje zkoumání a srovnání celých genomových sekvencí a struktur mezi různými druhy. Tento obor se snaží odhalit evoluci druhů, dekódovat genové funkce a objasnit genetické regulační mechanismy identifikací konzervovaných nebo divergentních sekvenčních struktur a prvků napříč různými organismy. Komplexní srovnávací genomická studie zahrnuje analýzy, jako jsou genové rodiny, evoluční vývoj, události duplikace celého genomu a dopad selektivních tlaků.
-
Sestavení genomu založené na Hi-C
Hi-C je metoda navržená k zachycení konfigurace chromozomů kombinací sondování interakcí založených na blízkosti a vysoce výkonného sekvenování. Předpokládá se, že intenzita těchto interakcí negativně koreluje s fyzickou vzdáleností na chromozomech. Proto se data Hi-C používají k vedení shlukování, řazení a orientace sestavených sekvencí v návrhu genomu a jejich ukotvení na určitý počet chromozomů. Tato technologie umožňuje sestavení genomu na úrovni chromozomů v nepřítomnosti genetické mapy založené na populaci. Každý genom potřebuje Hi-C.
-
Rostlinné/zvířecí sekvenování genomu De Novo
De Novosekvenování odkazuje na konstrukci celého genomu druhu za použití sekvenačních technologií v nepřítomnosti referenčního genomu. Zavedení a rozšířené přijetí sekvenování třetí generace s delšími čteními výrazně zlepšilo sestavení genomu zvýšením překrývání mezi čteními. Toto vylepšení je zvláště vhodné při práci s náročnými genomy, jako jsou ty, které vykazují vysokou heterozygotnost, vysoký poměr repetitivních oblastí, polyploidů a oblastí s repetitivními prvky, abnormálním obsahem GC nebo vysokou složitostí, které jsou obvykle špatně sestaveny pomocí sekvenování pro krátké čtení. sám.
Naše komplexní řešení poskytuje integrované sekvenační služby a bioinformatickou analýzu, které poskytují vysoce kvalitní de novo sestavený genom. Počáteční průzkum genomu s Illumina poskytuje odhady velikosti a složitosti genomu a tyto informace se používají k vedení dalšího kroku dlouhého sekvenování pomocí PacBio HiFi, po kterém následujede novoshromáždění kontigů. Následné použití sestavy HiC umožňuje ukotvení kontigů do genomu a získání sestavy na úrovni chromozomu. Nakonec je genom anotován genovou predikcí a sekvenováním exprimovaných genů, přičemž se uchyluje k transkriptomům s krátkým a dlouhým čtením.
-
Sekvenování celého lidského exomu
Human Whole exome sekvenování (hWES) je široce uznáváno jako nákladově efektivní a výkonný sekvenační přístup pro určení mutací způsobujících onemocnění. Přestože exony tvoří pouze asi 1,7 % celého genomu, hrají klíčovou roli tím, že přímo odrážejí profil celkových funkcí proteinu. Je pozoruhodné, že v lidském genomu se více než 85 % mutací souvisejících s nemocemi projevuje v oblastech kódujících protein. BMKGENE nabízí komplexní a flexibilní službu sekvenování celého lidského exomu se dvěma různými strategiemi zachycování exonu, které jsou k dispozici pro splnění různých výzkumných cílů.
-
Sekvence zesíleného fragmentu specifického lokusu (SLAF-Seq)
Vysoce výkonné genotypování, zejména na velkých populacích, je základním krokem ve studiích genetických asociací a poskytuje genetický základ pro objev funkčních genů, evoluční analýzu atd. Místo hlubokého resekvenování celého genomu,Sekvenování genomu se sníženou reprezentací (RRGS)se v těchto studiích často používá k minimalizaci nákladů na sekvenování na vzorek při zachování přiměřené účinnosti při objevování genetických markerů. RRGS toho dosahuje štěpením DNA restrikčními enzymy a zaměřením na specifický rozsah velikosti fragmentů, čímž sekvenuje pouze část genomu. Mezi různými metodikami RRGS je přizpůsobitelný a vysoce kvalitní přístup Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF). Tato metoda, vyvinutá nezávisle BMKGene, optimalizuje sadu restrikčních enzymů pro každý projekt. To zajišťuje generování značného počtu značek SLAF (400-500 bps oblasti genomu, který je sekvenován), které jsou rovnoměrně distribuovány v genomu a zároveň účinně zabraňují opakujícím se oblastem, čímž je zajištěn nejlepší objev genetického markeru.
