-
Hi-C založená chromatinová interakce
Hi-C je metoda navržená pro zachycení genomové konfigurace kombinací sondování interakcí na základě blízkosti a vysoce výkonného sekvenování. Metoda je založena na zesíťování chromatinu s formaldehydem, následovaném štěpením a opětovnou ligací tak, že pouze fragmenty, které jsou kovalentně spojeny, vytvoří ligační produkty. Sekvenováním těchto ligačních produktů je možné studovat 3D organizaci genomu. Hi-C umožňuje studovat distribuci částí genomu, které jsou lehce sbalené (kompartmenty A, euchromatin) a pravděpodobněji jsou transkripčně aktivní, a oblastí, které jsou těsněji zabaleny (kompartmenty B, heterochromatin). Hi-C lze také použít k určení topologicky asociovaných domén (TAD), oblastí genomu, které mají složené struktury a pravděpodobně mají podobné vzorce exprese, a k identifikaci chromatinových smyček, oblastí DNA, které jsou ukotveny dohromady proteiny a které jsou často obohacené o regulační prvky. Služba sekvenování Hi-C společnosti BMKGene umožňuje výzkumníkům prozkoumat prostorové dimenze genomiky, což otevírá nové cesty pro pochopení regulace genomu a jejích důsledků pro zdraví a nemoci.
-
Chromatinové imunoprecipitační sekvenování (ChIP-seq)
Chromatinová imunoprecipitace (CHIP) je technika, která využívá protilátky k selektivnímu obohacení DNA-vazebných proteinů a jejich odpovídajících genomických cílů. Jeho integrace s NGS umožňuje celogenomové profilování DNA cílů spojených s modifikací histonů, transkripčními faktory a dalšími proteiny vázajícími DNA. Tento dynamický přístup umožňuje srovnání vazebných míst napříč různými buněčnými typy, tkáněmi nebo podmínkami. Aplikace ChIP-Seq sahají od studia transkripční regulace a vývojových cest až po objasnění mechanismů onemocnění, což z něj činí nepostradatelný nástroj pro pochopení oblastí genomické regulace a pokrok v terapeutických poznatcích.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Bisulfitové sekvenování celého genomu (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) představuje metodu zlatého standardu pro hloubkový průzkum methylace DNA, konkrétně páté pozice v cytosinu (5-mC), klíčovém regulátoru genové exprese a buněčné aktivity. Princip WGBS zahrnuje bisulfitové ošetření, indukující konverzi nemethylovaných cytosinů na uracil (C na U), přičemž methylované cytosiny zůstávají nezměněny. Tato technika nabízí rozlišení na jedné bázi, což umožňuje výzkumníkům komplexně prozkoumat methylom a odhalit abnormální metylační vzorce spojené s různými stavy, zejména rakovinou. Využitím WGBS mohou vědci získat bezkonkurenční vhled do methylačních krajin v celém genomu a poskytnout nuancované pochopení epigenetických mechanismů, které jsou základem různých biologických procesů a nemocí.
-
Test na chromatin přístupný transposáze s vysoce výkonným sekvenováním (ATAC-seq)
ATAC-seq je vysoce výkonná sekvenační technika používaná pro analýzu dostupnosti chromatinu v celém genomu. Jeho použití poskytuje hlubší pochopení komplexních mechanismů globální epigenetické kontroly nad genovou expresí. Metoda využívá hyperaktivní Tn5 transpozázu k současné fragmentaci a značení otevřených chromatinových oblastí vložením sekvenačních adaptérů. Následná PCR amplifikace vede k vytvoření sekvenační knihovny, která umožňuje komplexní identifikaci otevřených oblastí chromatinu za specifických časoprostorových podmínek. ATAC-seq poskytuje holistický pohled na dostupné chromatinové krajiny, na rozdíl od metod, které se zaměřují pouze na vazebná místa transkripčních faktorů nebo specifické histonem modifikované oblasti. Sekvenováním těchto otevřených chromatinových oblastí ATAC-seq odhaluje oblasti s vyšší pravděpodobností aktivních regulačních sekvencí a potenciálních vazebných míst transkripčního faktoru, což nabízí cenné poznatky o dynamické modulaci genové exprese napříč genomem.
-
Snížené zastoupení bisulfitového sekvenování (RRBS)
Bisulfitové sekvenování se sníženým zastoupením (RRBS) se ukázalo jako nákladově efektivní a efektivní alternativa k celogenomovému bisulfitovému sekvenování (WGBS) ve výzkumu metylace DNA. Zatímco WGBS poskytuje komplexní pohled na zkoumání celého genomu v rozlišení jedné báze, jeho vysoká cena může být omezujícím faktorem. RRBS strategicky zmírňuje tento problém selektivní analýzou reprezentativní části genomu. Tato metodologie se opírá o obohacení oblastí bohatých na CpG ostrovy štěpením MspI následovaným selekcí velikosti 200-500/600 bps fragmentů. V důsledku toho jsou sekvenovány pouze oblasti proximální k ostrovům CpG, zatímco oblasti se vzdálenými ostrovy CpG jsou z analýzy vyloučeny. Tento proces v kombinaci s bisulfitovým sekvenováním umožňuje detekci methylace DNA s vysokým rozlišením a sekvenační přístup PE150 se zaměřuje spíše na konce inzertů než na střed, čímž se zvyšuje účinnost profilování metylace. RRBS je neocenitelný nástroj, který umožňuje nákladově efektivní výzkum metylace DNA a rozšiřuje znalosti o epigenetických mechanismech.
