Teplotní mapa
Nástroj Heatmap přijímá jako vstup maticový datový soubor a umožňuje uživatelům filtrovat, normalizovat a shlukovat data. Primárním případem použití teplotních map je shluková analýza úrovně genové exprese mezi různými vzorky.
Genová anotace
Nástroj Gene Annotation provádí genovou anotaci na základě sekvenčního zarovnání vstupních souborů FASTA vůči různým databázím.
Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)
Nástroj BLAST je integrovaná verze BMKCloud NCBI BLAST a lze jej použít k provádění stejných funkcí pomocí dat nahraných na účet BMKCloud.
Předpověď CDS_UTR
Nástroj CDS_UTR Prediction je navržen k predikci kódujících oblastí (CDS) a nekódujících oblastí (UTR) v daných transkriptových sekvencích na základě výsledků BLAST proti známým databázím proteinů a výsledkům predikce ORF.
Spiknutí na Manhattanu
Nástroj Manhattan Plot umožňuje zobrazení experimentů s velkým množstvím vzorků a běžně se používá v celogenomových asociačních studiích (GWAS).
Circos Diagram
Nástroj CIRCOS Diagram poskytuje efektivní vizualizaci toho, jak jsou genomické rysy distribuovány v genomu. Společné znaky zahrnují kvantitativní lokusy, SNP, InDels, strukturální varianty a varianty počtu kopií.
Obohacení genové ontologie (GO).
Nástroj GO Enrichment poskytuje funkční analýzu obohacení. Primárním softwarem v tomto nástroji je balíček TopGO-Bioconductor, který zahrnuje diferenciální expresní analýzu, analýzu obohacení GO a vizualizaci výsledků.
Síťová analýza vážené genové koexprese (WGCNA)
WGCNA je široce používaná metoda dolování dat pro objevování modulů pro koexpresi genů. Je použitelný pro různé expresní datové sady včetně microarray a NGS genových expresních dat.
InterProScan
Nástroj InterProScan poskytuje analýzu a klasifikaci proteinové sekvence InterPro.
Obohacení GO KEGG
Nástroj GO KEGG Enrichment je navržen tak, aby generoval histogram obohacení GO, histogram obohacení KEGG a dráhu obohacení KEGG na základě poskytnuté sady genů a odpovídající anotace.