Sekvenování celého genomu rostlin/zvířat
Funkce služby
● Příprava knihovny může být standardní nebo bez PCR
● K dispozici ve 4 sekvenčních platformách: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 nebo PacBio Revio.
● Bioinformatická analýza zaměřená na detekci variant: SNP, InDel, SV a CNV
Výhody služby
●Rozsáhlé odborné znalosti a záznamy o publikacích: Nashromážděné zkušenosti se sekvenováním genomu pro více než 1000 druhů vedly k více než 1000 publikovaným případům s kumulativním dopadovým faktorem více než 5000.
●Komplexní bioinformatická analýza: Včetně volání variace a anotace funkce.
● Poprodejní podpora:Náš závazek přesahuje dokončení projektu s 3měsíčním poprodejním servisem. Během této doby nabízíme sledování projektu, pomoc při odstraňování problémů a schůzky s otázkami a odpověďmi, abychom mohli odpovědět na jakékoli dotazy související s výsledky.
●Obsáhlá anotace: Používáme několik databází, abychom funkčně anotovali geny s identifikovanými variacemi a provedli odpovídající analýzu obohacení, která poskytuje pohled na různé výzkumné projekty.
Specifikace služby
| Varianty k identifikaci | Strategie sekvenování | Doporučená hloubka |
| SNP a InDel | Illumina NovaSeq PE150 nebo MGI T7 | 10x |
| SV a CNV (méně přesné) | 30x | |
| SV a CNV (přesnější) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indels, SV a CNV | PacBio Revio | 10x |
Vzorové požadavky
| Tkáňové nebo extrahované nukleové kyseliny | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Zvířecí vnitřnosti | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Zvířecí svaly | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Savčí krev | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Krev drůbeže/rybí | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Rostlina - čerstvý list | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Kultivované buňky |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Měkká tkáň hmyzu/jednotlivec | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Extrahovaná DNA
| Koncentrace: ≥ 1 ng/µL Množství: ≥ 30 ng Omezená nebo žádná degradace nebo kontaminace
| Koncentrace Množství
OD260/280
OD260/230
Omezená nebo žádná degradace nebo kontaminace
| ≥ 40 ng/ul 4 ug/průtoková kyveta/vzorek
1,7-2,2
≥1,5 | Koncentrace Množství
OD260/280
OD260/230
Omezená nebo žádná degradace nebo kontaminace | ≥ 50 ng/ul 10 ug/průtoková kyveta/vzorek
1,7-2,2
1,8-2,5 |
| Příprava knihovny bez PCR: Koncentrace≥ 40 ng/µL Množství≥ 500 ng | |||||
Tok servisní práce
Vzorová dodávka
Extrakce DNA
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Doručování dat
Zahrnuje následující analýzu:
- Kontrola kvality nezpracovaných dat
- Statistika přiřazení k referenčnímu genomu
- Identifikace varianty: SNP, InDel, SV a CNV
- Funkční anotace variant
Statistika zarovnání k referenčnímu genomu – distribuce hloubky sekvenování
Volání SNP mezi více vzorky
Identifikace InDel – statistika délky InDel v oblasti CDS a oblasti celého genomu
Distribuce variant napříč genomem – Circos plot
Funkční anotace genů s identifikovanými variantami – Gene Ontology
Chai, Q. a kol. (2023) „Glutathion S-transferáza GhTT19 určuje pigmentaci okvětních lístků prostřednictvím regulace akumulace antokyanů v bavlně“, Plant Biotechnology Journal, 21(2), s. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. a kol. (2023) „Divoký genom Hevea brasiliensis na úrovni chromozomů poskytuje nové nástroje pro šlechtění podporované genomem a cenné lokusy ke zvýšení výnosu kaučuku“, Plant Biotechnology Journal, 21(5), str. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. a kol. (2021) „Genom ústřice ústí poskytuje pohled na dopad klimatu a adaptivní plasticitu“, Communications Biology 2021 4:1, 4(1), s. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. a kol. (2022) „Analýza změn genomu a methylace u čínských domorodých kuřat v průběhu času poskytuje pohled na ochranu druhů“, Communications Biology, 5(1), s. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
