Pacbio Celovečerní přepis

PacBio Full-Length Transscriptome Sequencing, Isoseq, umožňuje přesnou identifikaci transkriptových izoforem, vrhá světlo na alternativní polyadenylaci a sestřih a vede k přesnější analýze genové exprese. Potrubí BMKCloud PacBio Full-Length Transscriptome je navrženo k analýze knihoven cDNA sekvenovaných v režimu Circular Consensus Sequencing (CCS) a identifikuje sekvence FLNC (Full-Length Non-Chimeric), které jsou pak seskupeny do neredundantních transkriptů. Následná BUSCO analýza hodnotí úplnost sestavení transkriptomu. Ze sestaveného transkriptomu se provádí vícenásobné analýzy: alternativní sestřih, opakování jednoduché sekvence (SSR), predikce lncRNA a odpovídajících cílových genů, predikce nových genů, analýza genové rodiny, analýza transkripčních faktorů a funkční anotace transkriptů.