PacBio 2+3 Full-Length mRNA Solution
Vlastnosti
● Návrh studie:
Sdružený vzorek sekvenovaný pomocí PacBio k identifikaci transkriptových izoforem
Samostatné vzorky (replikáty a podmínky, které mají být testovány) sekvenoványNGS pro kvantifikaci exprese transkriptu
● Sekvenování PacBio v režimu CCS, generování HiFi čtení
● Sekvenování celovečerních přepisů
● Analýza nevyžaduje referenční genom; lze jej však použít
● Bioinformatická analýza zahrnuje nejen expresi na úrovni genů a izoforem, ale také analýzu lncRNA, genové fúze, polyadenylaci a genovou strukturu
Výhody
● Vysoká přesnost: HiFi čtení s přesností >99,9 % (Q30), srovnatelné s NGS
● Analýza alternativního spojování: sekvenování všech transkriptů umožňuje identifikaci a charakterizaci izoforem.
● Kombinace silných stránek PacBio a NGS: umožnění kvantifikace exprese na úrovni izoforem, odhalení změny, kterou lze maskovat při analýze exprese celého genu
● Rozsáhlá odbornost: díky záznamům o dokončení více než 1100 celovečerních transkriptomových projektů PacBio a zpracování více než 2300 vzorků přináší náš tým do každého projektu bohaté zkušenosti.
● Poprodejní podpora: náš závazek přesahuje dokončení projektu s 3měsíčním poprodejním servisem. Během této doby nabízíme sledování projektu, pomoc při řešení problémů a schůzky s otázkami a odpověďmi, abychom mohli odpovědět na jakékoli dotazy související s výsledky.
Vzorové požadavky a dodání
| Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučené údaje | Kontrola kvality |
| Knihovna mRNA CCS obohacená o PolyA | Pokračování PacBio II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85 % |
| Obohaceno o Poly A | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85 % |
Nukleotidy
|
| Konc. (ng/μl) | množství (μg) | Čistota | Integrita |
| Knihovna Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA na gelu. | Pro rostliny: RIN≥4,0; Pro zvířata: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná základní elevace |
| Knihovna PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA na gelu. | Rostliny: RIN≥7,5 Zvířata: RIN ≥ 8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná základní elevace |
Doporučené doručení vzorku
Nádoba: 2 ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Označení vzorků: Skupina+replikace např. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásilka:
1. Suchý led:Vzorky je třeba zabalit do sáčků a zahrabat do suchého ledu.
2. Zkumavky RNAstable: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.
Zahrnuje následující analýzu:
Kontrola kvality nezpracovaných dat
Alternativní polyadenylační analýza (APA)
Analýza fúzního transkriptu
Analýza alternativního spojování
Srovnávací analýza Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).
Nová transkriptová analýza: predikce kódujících sekvencí (CDS) a funkční anotace
Analýza lncRNA: predikce lncRNA a cílů
MicroSatelite Identification (SSR)
Analýza diferenciálně vyjádřených transkriptů (DET).
Analýza diferenciálně exprimovaných genů (DEGs).
Funkční anotace DEG a DET
BUSCO analýza
Analýza alternativního spojování
Alternativní polyadenylační analýza (APA)
Diferenciálně vyjádřené geny (DEGs) a transkripty (analýza DETs9
Interakční sítě protein-protein DET a DEG
Prozkoumejte pokroky, které umožňuje sekvenování mRNA plné délky PacBio 2+3 od BMKGene prostřednictvím kurátorské sbírky publikací.
Chao, Q. a kol. (2019) 'Vývojová dynamika transkriptomu kmene Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), s. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. a kol. (2022) „Dynamické změny obsahu kyseliny askorbové během vývoje ovoce a dozrávání Actinidia latifolia (ovoce bohaté na askorbát) a souvisejících molekulárních mechanismů“, International Journal of Molecular Sciences, 23(10), s. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. a kol. (2022) 'Efektivní predikce genů biosyntetických drah zapojených do bioaktivních polyfylinů v Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), s. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. a kol. (2023) 'Kombinovaná PacBio Iso-Seq a Illumina RNA-Seq analýza transkriptomu Tuta absoluta (Meyrick) a genů cytochromu P450', Insects, 14(4), str. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun a kol. (2019) „Průzkum komplexnosti transkriptomu pomocí analýzy jedné molekuly PacBio v reálném čase v kombinaci se sekvenováním Illumina RNA pro lepší pochopení biosyntézy kyseliny ricinolejové v Ricinus communis“, BMC Genomics, 20(1), str. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
