Nereferenční sekvenování mRNA-NGS
Vlastnosti
● Zachycení poly mRNA před přípravou knihovny
● Nezávislé na jakémkoli referenčním genomu: založené na de novo sestavování transkriptů, generování seznamu unigenů, které jsou anotovány s více databázemi (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Komplexní bioinformatická analýza genové exprese a struktury transkriptu
Výhody služby
●Rozsáhlá odbornost: se záznamem zpracování více než 600 000 vzorků v BMKGENE, zahrnujících různé typy vzorků, jako jsou buněčné kultury, tkáně a tělesné tekutiny, přináší náš tým do každého projektu bohaté zkušenosti. Úspěšně jsme uzavřeli více než 100 000 projektů mRNA-Seq v různých oblastech výzkumu.
●Přísná kontrola kvality: implementujeme základní kontrolní body ve všech fázích, od přípravy vzorků a knihoven až po sekvenování a bioinformatiku. Toto pečlivé monitorování zajišťuje poskytování trvale vysoce kvalitních výsledků.
● Komplexní anotace: používáme několik databází k funkčně anotaci diferenciálně vyjádřených genů (DEG) a provádění odpovídající analýzy obohacení, která poskytuje pohled na buněčné a molekulární procesy, které jsou základem transkriptomové odpovědi.
●Poprodejní podpora: náš závazek přesahuje dokončení projektu s 3měsíčním poprodejním servisem. Během této doby nabízíme sledování projektu, pomoc při odstraňování problémů a schůzky s otázkami a odpověďmi, abychom mohli odpovědět na jakékoli dotazy související s výsledky.
Vzorové požadavky a dodání
| Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučené údaje | Kontrola kvality |
| Obohaceno o Poly A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85 % |
Vzorové požadavky:
Nukleotidy:
| Konc. (ng/μl) | množství (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA na gelu. | Pro rostliny: RIN≥4,0; Pro zvířata: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná základní elevace |
● Rostliny:
Kořen, stonek nebo okvětní lístek: 450 mg
List nebo semena: 300 mg
Ovoce: 1,2 g
● Zvíře:
Srdce nebo střevo: 300 mg
Vnitřnosti nebo mozek: 240 mg
Sval: 450 mg
Kosti, vlasy nebo kůže: 1 g
● Členovci:
Hmyz: 6 g
Korýš: 300 mg
● Plná krev: 1 trubka
● Buňky: 106 buňky
Doporučené doručení vzorku
Nádoba: 2 ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Označení vzorků: Skupina+replikace např. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásilka:
1. Suchý led: Vzorky je třeba zabalit do sáčků a zahrabat do suchého ledu.
2. Zkumavky RNAstable: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.
Tok servisní práce
Návrh experimentu
Vzorová dodávka
Extrakce RNA
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Bioinformatika
Sestavení transkriptomu a unigenní výběr
Unigenní anotace
Korelace vzorků a hodnocení biologických replikátů
Diferenciálně vyjádřené geny (DEGs)
Funkční anotace stupňů
Funkční obohacení stupňů
Prozkoumejte pokroky, které umožňují eukaryotické služby sekvenování mRNA NGS BMKGene prostřednictvím kurátorské sbírky publikací.
Shen, F. a kol. (2020) 'De novo sestavení transkriptomu a pohlavně zaujatá genová exprese v gonádách sumce amurského (Silurus asotus)', Genomics, 112 (3), str. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. a kol. (2016) „Analýza transkriptomu metabolismu sacharózy během bobtnání a vývoje cibule u cibule (Allium cepa L.)“, Frontiers in Plant Science, 7 (září), s. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. a kol. (2017) 'De novo sestavení, charakterizace a anotace pro transkriptom Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. a kol. (2021) „De novo transkriptomová analýza poskytuje pohled na toleranci soli Podocarpus macrophyllus při stresu ze slanosti“, BMC Plant Biology, 21(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
