mRNA-seq (NGS) s referenčním genomem

mRNA-seq (NGS) s referenčním genomem

RNA-seq je standardní nástroj napříč vědami o životě a plodinách, který překlenuje mezeru mezi genomy a proteomy. Jeho síla spočívá v objevování nových transkriptů a kvantifikace jejich exprese v jednom testu. Obecně se používá pro srovnávací transkriptomické studie, uvolňuje světlo na geny související s různými rysy nebo fenotypy, jako je porovnání mutantů s divokými typy nebo odhalení genové exprese za specifických podmínek. Aplikace BMKCloud mRNA (reference) integruje kvantifikaci exprese, analýzu diferenciální exprese (DEG) a sekvenční strukturu analýzy do bioinformatického potrubí mRNA-seq (NGS) a sloučí silné stránky podobného softwaru, což zajišťuje pohodlí a uživatelsky přátelství. Uživatelé mohou nahrát svá data RNA-Seq do cloudu, kde aplikace nabízí komplexní řešení bioinformatické analýzy na jednom místě. Kromě toho upřednostňuje zkušenosti se zákazníky a nabízí personalizované operace přizpůsobené specifickým potřebám uživatelů. Uživatelé mohou nastavit parametry a odeslat misi potrubí sami, zkontrolovat interaktivní zprávu, zobrazit data/diagramy a úplnou těžbu dat, například: Výběr cílového genu, funkční shlukování, diagramování atd.

Demo výsledky

Dolování dat

Požadavek na dovoz

Hlavní analýza

Odkaz

Demo výsledky

Dolování dat

Požadavek na dovoz

Platforma:Illumina, MGI
Strategie:RNA-seq
Rozložení: Paid, čisté dat.
Typ knihovny:fr-unstranded, fr-firststrand nebo fr-secondstrand
Čtení délky:150 bp
Typ souboru:*.FastQ, *.fq, *.Fastq.gz nebo *.fq.gz. Systém budeAutomaticky spárujte soubory .Fastq podle názvů jejich souborů,Eg *_1.FastQ spárováno s *._ 2. rychlostí.
Počet vzorků:Neexistují žádná omezení číslavzorků, ale doba analýzy se zvětší s počtemvzorky rostou.
Doporučená částka dat:6G na vzorek

Hlavní analýza

Hlavní analýza a bioinformatické nástroje mRNA-seq (reference)potrubí je následující:

1. Řízení kvality RawData:

• Odstranění sekvencí nízké kvality, sekvence adaptérů,atd;

• Nástroje: In-house vyvinutý potrubí;

2. Sladění dat s referenčním genomem:

• Zarovnání čtení s algoritmem Splice Awar protiReferenční genom.

• Nástroje:Himat2, Samtools

3. analýza kvality knihovny:

• Analýza délky vložení, analýza nasycení sekvence atd.;

• Nástroje:Samtools;

4. Analýza struktury sekvencí:

• Alternativní analýza sestřih, optimalizace genové struktury,Nová predikce genu atd.;

• Nástroje:Stringtie, GffCompare, Gatk,DIAMANT, Interproscan, aHmmer.

5. Analýza diferenciálního výrazu:

• Screening DEG, analýza společných vztahů, funkčníobohacení;

• •Různé výsledky vizualizace;

• •RsSegseq, Deseq2, ggplot2, Dexseq

Odkaz

1. Kim, Daehwan et al. „Sladění genomu založeného na grafu agenotypizace s Hismat2 a HITAT-genotypem. “PřírodaBiotechnologie37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Aaron a kol. „Sada nástrojů pro analýzu genomu: aRámec MapReduce pro analýzu DNA nové generaceSekvenování dat. “Výzkum genomu20 9 (2010): 1297-303.

3. Li, Heng et al. „Formát zarovnání/mapy sekvence aSamtools. “Bioinformatika25 (2009): 2078 - 2079.

4. Perțea, Mihaela et al. „Stringtie umožňuje vylepšenéRekonstrukce transkriptu z RNA-seq čte. “PřírodaBiotechnologie33 (2015): 290-295.

5. Láska, Michael I. et al. „Moderovaný odhad změny záhybu aDisperze pro data RNA-seq s DESEQ2. “GenomBiologie15 (2014): n. Pag.

6. Eddy, Sean R .. „Zrychlený profil hmm vyhledávání.“PLOS Výpočetní biologie7 (2011): n. Pag.

mRNA-seq (NGS) s referenčním genomem

mRNA-seq (NGS) s referenčním genomem

Získejte citát

Zašlete nám svou zprávu: