Sekvenování plné délky transkriptomu založené na nanoporech
Sekvenování nanoporů se odlišuje od jiných sekvenačních platforem tím, že nukleotidy jsou čteny přímo bez syntézy DNA a generují dlouhá čtení v desítkách kilobází. To umožňuje přímé čtení přepisů v plné délce a řešení problémů v transkriptomických studiích.
√ Nízké zkreslení specifické pro sekvenci
√ Kompletní čtení cDNA pro studie genové struktury
√ K pokrytí stejného počtu přepisů je potřeba méně dat
√ Identifikace více izoforem na gen
√ Kvantifikace exprese na úrovni izoforem
Typický bioinformatický kanál
Nejnovější úspěšné případy s technologiemi Biomarker
1. Srovnávací analýzy transkriptomů plné délky odhalují vývojovou dynamiku kmene Gnetum luofuense
Časopis: Frontiers in Genetics
Zveřejněno: březen 2021
Klíčová slova: MinION | Alternativní spojování | APA | lncRNA | Diferenciálně vyjádřené transkripty
Přečtěte si Fulltext
2. Jednosměrný pohyb malých RNA z výhonků ke kořenům v mezidruhových heterograftech
Časopis: Nature Plants
Zveřejněno: leden 2021
Klíčová slova: Nanopore | Illumina | detekce mobilní mRNA v plné délce
3. Kompletní transkriptomová analýza kořenů chřestu odhaluje molekulární mechanismus tolerance soli vyvolaný arbuskulárními mykorhizními houbami
Časopis: Environmentální a experimentální botanika
Zveřejněno: leden 2021
Klíčová slova: MinION | Diferenciálně vyjádřené přepisy | Transkripční faktory | Alternativní spojování
4. Fyziologické charakteristické změny a úplný transkriptom kořenů a listů růže (Rosa chinensis) v reakci na stres ze sucha
Časopis: Plant and Cell Physiology
Zveřejněno: říjen 2020
Klíčová slova: PromethION | Diferenciálně vyjádřené přepisy | Funkční předpověď | Sestřihané izoformy | TF a lncRNA
5. Analýza a komplexní srovnání PacBio a nanopórového sekvenování RNA transkriptomu Arabidopsis
Časopis: Plant Method
Zveřejněno: duben 2020
Klíčová slova: GridION | PromethION | Pokračování PacBio | Illumina NovaSeq | Zarovnání genomu | Identifikace přepisu | Alternativní spojování | SSR | LncRNA | Kvantifikace izoforem
Novinky a hlavní události si klade za cíl sdílet nejnovější úspěšné případy s Biomarker Technologies, zachycovat nové vědecké úspěchy i prominentní techniky použité během studie.
Čas odeslání: leden-08-2022