Sestava genomu T2T, genom bez mezery
1stDva genomy rýže1
Název: Sestavení a validace dvou referenčních genomů bez mezer pro Xian/Indica Rice odhaluje vhled do architektury rostlin Centromere
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Zveřejněný čas: 1. ledna 2021.
Institut: Huazhong Agricultural University, Čína
Materiály
O. Sativa Xian/IndicaOdrůdy rýže „Zhenshan 97 (ZS97)“ a „Minghui 63 (MH63)
Sekvenční strategie
NGS čtení + HIFI čtení + CLR čtení + Bionano + Hi-C
Data:
ZS97: 8,34 GB （~ 23x） HIFI čte + 48,39 GB (~ 131x) CLR čtení + 25 GB (~ 69x) NGS + 2 Bionano Irys buňky
MH63: 37,88 GB (~ 103x) HIFI čte + 48,97 GB (~ 132X) CLR čtení + 28 GB (~ 76x) NGS + 2 Bionano Irys buňky
Obrázek 1 Dva genomy rýže bez mezer (MH63 a ZS97)
2ndBanánový genom2
Název: Telomere-to-telomere mezera bez mezery banánu pomocí nanopore sekvenování
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Zveřejněný čas: 17. dubna 2021.
Institut: Université Paris-Saclay, Francie
Materiály
Double HaploidMusa acuminatasppmalaccessis(DH-Pahang)
Sekvenční strategie a data:
HISEQ2500 režim PE250+ Minion/ Promethion (93 GB, ~ 200x)+ Optická mapa (DLE-1+ BSPQ1)
Tabulka 1 Srovnání sestav genomu Musa Acuminata (DH-Pahang)
Obrázek 2 Porovnání architektury Musa Genomes
3rdPhaeodactylum Tricornutum genom3
Název: Sestava genomu Telomere-TolomereP
Haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Zveřejněný čas: 4. května 2021
Institut: Western University, Kanada
Materiály
Phaeodactylum tricornutum(Sbírka kultury řas a protozoa CCAP 1055/1)
Sekvenční strategie a data:
1 Cell Flow Cell Oxford Nanopore Minion + A 2 × 75 Střední vývar nextSeq 550 Run
Obrázek 3 Pracovní postup pro sestavu genomu telomeru telomeru
4thLidský genom CHM134
Název: Kompletní sekvence lidského genomu
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Zveřejněný čas: 27. května 2021
Institut: Národní ústavy zdraví (NIH), USA
Materiály: buněčná linie CHM13
Sekvenční strategie a data:
Kruhové konsenzuální sekvenování 30 × PACBIO (HIFI), 120 × Oxford Nanopore Ultra dlouhé čtení sekvenování, 100 x Illumina PCR bez sekvenování (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), Bionano optické mapy, a Strand-Seq
Tabulka 2 Porovnání sestav lidských genomu GRCH38 a T2T-CHM13
Odkaz
1.Sergey Nurk et al. Kompletní sekvence lidského genomu. Biorxiv 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. Karoline Belser et al. Telomer-to-telomerové chromozomy banánů pomocí nanoporového sekvenování. Biorxiv 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al. Telomer-to-telomerní genomová sestava phaeodactylum tricornutum. Biorxiv 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al. Sestavení a validace dvou referenčních genomů bez mezer pro rýži Xian/Indica odhaluje vhled do architektury centromerových rostlin. Biorxiv 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Čas příspěvku: leden-06-2022