Transcriptom nanopore plné délky

Sekvenování transkriptomu nanopore je výkonná metoda pro sekvenování cDNA plné délky, přesně identifikace a kvantifikaci izoforem transkriptu. Transcriptomový potrubí BMKCLOUD nanopore je navržen tak, aby analyzoval data RNA-Seq generovaná na nanopore platformě proti vysoce kvalitnímu dobře anotovanému referenčnímu genomu, což poskytuje kvalitativní a kvantitativní analýzu jak na úrovni genu, tak na úrovni transkriptu. Po kontrole kvality jsou získány ne-chimérické (FLNC) sekvence plné délky a sekvence konsensu jsou mapovány na referenční genom, aby se odstranily redundantní transkripty. Z této sady transkriptu je exprese kvantifikována a odlišně exprimované geny a transkripty jsou identifikovány a funkčně anotovány. Potrubí také zahrnuje analýzu alternativní polyadenylace (APA), analýzu alternativní sestřihování, analýzu jednoduché sekvence (SSR), predikce lncRNA a odpovídající cíle, predikce kódovacích sekvencí (CD), analýza genových rodin, analýza transkripčního faktoru, transkripční faktory, analýza transkripčního faktoru, transkripční faktor, analýza transkripčního faktoru, predikce nových genů a funkční anotace transkriptů.