mRNA-seq (NGS) – De novo

Sekvenování mRNA umožňuje profilování všech transkriptů mRNA v buňkách za specifických podmínek a je široce používanou technologií v různých oblastech výzkumu. Potrubí BMKCloud De novo mRNA-seq je navrženo pro analýzu sekvenačních knihoven obohacených poly-A, když není k dispozici žádný referenční genom. Potrubí začíná kontrolou kvality, po které následujede novosestavení přepisu a výběr unigenní sady. Unigenní strukturní analýza předpovídá kódující sekvenci (CDS) a opakování jednoduchých sekvencí (SSR). Následně analýza diferenciální exprese najde odlišně exprimované geny (DEG) mezi testovanými podmínkami, následuje funkční anotace a obohacení DEG za účelem získání biologických poznatků.