Metagenomics (NGS)

Metagenomika brokovnice s Illumina je oblíbeným nástrojem pro studium mikrobiomů přímo sekvenováním DNA z komplexních vzorků, což umožňuje studium taxonomické i funkční rozmanitosti. Potrubí BMKCloud Metagenomic (NGS) začíná kontrolou kvality a sestavením metagenomu, ze kterého jsou geny predikovány a seskupeny do neredundantních datových sad, které jsou anotovány pro funkci a taxonomii pomocí více databází. Tyto informace se používají k analýze taxonomické rozmanitosti v rámci vzorku (diverzita alfa) a rozmanitosti mezi vzorkem (beta rozmanitost). Diferenciální analýza mezi skupinami nachází OTU a biologické funkce, které se liší mezi oběma skupinami pomocí parametrických i neparametrických testů, zatímco korelační analýza souvisí s faktory prostředí.