lncrna

Dlouhé nekódující RNA (lncRNA) jsou RNA delší než 200 nukleotidů s nízkým kódovacím potenciálem, ale s kritickými regulačními funkcemi. BMKCloud lncRNA pipeline je navržen tak, aby analyzoval knihovny zbavené rRNA s vysoce kvalitním, dobře anotovaným referenčním genomem, pomocí společné analýzy exprese lncRNA a mRNA. Po oříznutí čtení a kontrole kvality jsou čtení zarovnána s referenčním genomem pro sestavení transkriptů a následná analýza genové struktury odhalí alternativní sestřih a nové geny. Transkripty jsou identifikovány jako mRNA nebo lncRNA a diferenciální expresní analýza identifikuje odlišně exprimované lncRNA, jejich cíle a odlišně exprimované geny (DEGS). Jak DEG, tak odlišně exprimované lncRNA cíle jsou funkčně anotovány, aby se našly obohacené funkční kategorie.