Sestavení genomu založeného na Hi-C
Hi-C je metoda určená k zachycení konfigurace chromozomu kombinací sondových interakcí založených na blízkosti a vysoce výkonné sekvenování. Předpokládá se, že intenzita těchto interakcí je negativně korelována s fyzickou vzdáleností na chromozomech. Proto se data Hi-C používají k vedení shlukování, objednávání a orientace sestavených sekvencí v návrhu genomu a jejich ukotvení na určitý počet chromozomů. Tato technologie zmocňuje sestavu genomu na úrovni chromozomů v nepřítomnosti genetické mapy založené na populaci. Každý genom potřebuje Hi-C.
Funkce služby
● Sekvenování na Illumina Novaseq s PE150.
● Služba vyžaduje, aby vzorky tkáně namísto extrahovaných nukleových kyselin zesílily formaldehyd a šetřily interakce DNA-protein.
● Experiment Hi-C zahrnuje omezení a koncovou opravu lepkavých konců biotinem, následovanou cirkularizací výsledných tupých konce při zachování interakcí. DNA je poté stažena korálky streptavidinu a čištěna pro následnou přípravu knihovny.
Výhody služeb
Přehled Hi-C
(Lieberman-Aiden E a kol.,Věda, 2009)
●Eliminovat potřebu genetických údajů o populaci:Hi-C nahrazuje základní informace potřebné pro kontig ukotvení.
●Vysoká hustota značky:což vede k vysokému ukotvení kontig nad 90%.
●Rozsáhlé odborné znalosti a záznamy o publikacích:BMKGENE má obrovské zkušenosti s více než 2000 případy sestavy genomu HI-C od 1000 různých druhů a různých patentů. Více než 200 publikovaných případů má akumulativní dopadový faktor více než 2000.
●Vysoce kvalifikovaný tým bioinformatiky:S interními patenty a softwarovými autorskými právy pro experimenty s HI-C a analýzou dat umožňuje software pro vizualizaci samostatně vyvinutého vizualizace manuálního bloku, obrácení, odvolání a opakování.
●Podpora po prodeji:Náš závazek přesahuje dokončení projektu s 3měsíční obdobím servisního období. Během této doby nabízíme sledování projektů, pomoc při řešení problémů a sezení otázek a odpovědí k řešení jakýchkoli dotazů souvisejících s výsledky.
●Komplexní anotace: Používáme více databází k funkčně anotaci genů s identifikovanými variacemi a provedení odpovídající analýzy obohacení a poskytuje informace o více výzkumných projektech.
Specifikace služeb
| Příprava knihovny | Sekvenční strategie | Doporučený výstup dat | Kontrola kvality |
| Knihovna Hi-C | Illumina Novaseq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Vzorkové požadavky
| Tkáň | Požadovaná částka |
| Zvířecí vnitřnost | ≥ 2 g |
| Zvířecí svaly | |
| Savská krev | ≥ 2 ml |
| Drůbež/rybí krev | |
| Rostlina- čerstvý list | ≥ 3 g |
| Kultivované buňky | ≥ 1x107 |
| Hmyz | ≥ 2 g |
Tok servisní práce
Návrh experimentu
Ukázka doručení
Knihovna konstrukce
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
1) Nezpracovaná data QC
2) HI-C Knihovna QC: Odhad platných interakcí Hi-C
3) Shromáždění HI-C: Shlukování kontigů ve skupinách, následované kontigetovým uspořádáním v každé skupině a přiřazením Orientace kontig
4) Hodnocení HI-C
HI-C Knihovna QC-Odhad platných párů interakce Hi-C
HI-C MONTÁŽ-STATISTIKY
Vyhodnocení po sestavení-Tepelná mapa intenzity signálu mezi zásobníky
Prozkoumejte pokroky usnadněné společností BMKGENE HI-C MONTRY SERVICE prostřednictvím kurátorské sbírky publikací.
Tian, T. a kol. (2023) „Sestava genomu a genetická disekce prominentní kukuřiční zárody odolné vůči suchu“, Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), s. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) „Chromozomová sestava asijského včela apis apis cerana genome“, hranice v genetice, 11, s. 2020, s. 524140. Doi: 10,3389/fgene.2020.00279/bibtex.
Zhang, F. a kol. (2023) „Odhalení vývoje biosyntézy alkaloidů tropane analýzou dvou genomů v rodině Solanaceae“, Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), s. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. a kol. (2020) „Genomy vosy Banyan Tree a opylovače poskytují vhled do koevoluce FIG-WASP“, Cell, 183 (4), s. 875-889.e17. doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
