● Sekvenování na Illumina Novaseq s PE150.
● Služba vyžaduje, aby vzorky tkáně namísto extrahovaných nukleových kyselin zesílily formaldehyd a šetřily interakce DNA-protein.
● Experiment Hi-C zahrnuje omezení a koncovou opravu lepkavých konců biotinem, následovanou cirkularizací výsledných tupých konce při zachování interakcí. DNA je poté stažena korálky streptavidinu a čištěna pro následnou přípravu knihovny.
●Návrh optimálního restrikčního enzymu: Zajistit vysokou účinnost HI-C na různých druzích s až 93% platnými páry interakce.
●Rozsáhlé odborné znalosti a záznamy o publikacích:BMKGENE má obrovské zkušenosti s> 2000 Hi-C sekvenčními projekty od 800 různých druhů a různých patentů. Více než 100 publikovaných případů s akumulativním dopadovým faktorem více než 900.
●Vysoce kvalifikovaný tým bioinformatiky:s interními patenty a softwarovými autorskými právy pro experimenty s HI-C a analýzou dat a samostatným vizualizačním datovým softwarem.
●Podpora po prodeji:Náš závazek přesahuje dokončení projektu s 3měsíční obdobím servisního období. Během této doby nabízíme sledování projektů, pomoc při řešení problémů a sezení otázek a odpovědí k řešení jakýchkoli dotazů souvisejících s výsledky.
●Komplexní anotace: Používáme více databází k funkčně anotaci genů s identifikovanými variacemi a provedení odpovídající analýzy obohacení a poskytuje informace o více výzkumných projektech.
Knihovna | Sekvenční strategie | Doporučený výstup dat | Rozlišení signálu Hi-C |
Knihovna Hi-C | Illumina PE150 | Chromatinová smyčka: 150x TAD: 50x | Chromatinová smyčka: 10 kB TAD: 40 kB |
Typ vzorku | Požadovaná částka |
Zvířecí tkáň | ≥ 2g |
Plná krev | ≥ 2 ml |
Houby | ≥1g |
Rostlina- mladá tkáň | 1G/Alikvot, doporučené 2-4 alikvoty |
Kultivované buňky | ≥1x107 |
Zahrnuje následující analýzu:
● Raw Data QC;
● Mapování a knihovna HI-C QC: Platné páry interakce a exponenty rozpadu interakce (IDES);
● Profilování interakce v celém genomu: CIS/Trans Analýza a mapa interakce HI-C;
● Analýza distribuce kompartmentu A/B;
● Identifikace smyček TAD a chromatinu;
● Diferenciální analýza prvků struktury 3D chromatinu mezi vzorky a odpovídající funkční anotace přidružených genů.
Distribuce CIS a transformace poměr
Tepelná mapa chromozomálních interakcí mezi vzorky
Distribuce A/B kompartmentů celého genomu
Distribuce smyček chromatinu v celém genomu
Vizualizace Tads
Prozkoumejte výzkumné pokroky usnadněné službami sekvencí HI-C BMKGene prostřednictvím kurátorské sbírky publikací.
Meng, T. a kol. (2021) „Srovnávací integrovaná multi-omiksová analýza identifikuje CA2 jako nový cíl pro Chordoma“,Neuro-onkologie, 23 (10), str. 1709–1722. doi: 10.1093/Neuonc/NOAB156.
Xu, L. a kol. (2021) „3D desorganizace a přeskupení genomu poskytují vhled do patogeneze NAFLD integrovaným sekvenováním Hi-C, Nanopore a RNA“, “,Acta Pharmaceutica Sinica b, 11 (10), str. 3150–3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.