Exclusive Agency for Korea

条形 Banner-03

Produkty

Interakce chromatinu na bázi HI-C

Hi-C je metoda určená k zachycení genomické konfigurace kombinací sondových interakcí založených na blízkosti a vysoce výkonné sekvenování. Metoda je založena na zesíťování chromatinu s formaldehydem, následovaná trávením a re-ligací způsobem, který vytvoří pouze fragmenty, které jsou kovalentně spojeny. Sekvenováním těchto ligačních produktů je možné studovat 3D organizaci genomu. Hi-C umožňuje studium distribuce částí genomu, které jsou lehce zabaleny (kompartmenty, euchromatin) a častěji jsou transkripčně aktivní a oblasti, které jsou pevněji zabalené (B kompartmenty, heterochromatin). Hi-C lze také použít k určení topologicky přidružených domén (TAD), oblastí genomu, které mají složené struktury a pravděpodobně budou mít podobné expresní vzorce, a pro identifikaci smyček chromatinu, oblastí DNA, které jsou ukotveny proteiny a které jsou, které jsou a které jsou ukotveny proteiny a které jsou, které jsou a které jsou a které jsou ukotveny proteiny a které jsou ukotveny proteiny a které jsou a které jsou a které jsou ukotveny proteiny a které jsou a které jsou a které jsou a které jsou a které často obohacené v regulačních prvcích. Služba sekvenování HI-C BMKGene zmocňuje výzkumné pracovníky, aby prozkoumali prostorové dimenze genomiky a otevírali nové cesty pro pochopení regulace genomu a její důsledky ve zdraví a nemoci.


Podrobnosti o službě

Bioinformatika

Demo výsledky

Představené publikace

Funkce služby

● Sekvenování na Illumina Novaseq s PE150.

● Služba vyžaduje, aby vzorky tkáně namísto extrahovaných nukleových kyselin zesílily formaldehyd a šetřily interakce DNA-protein.

● Experiment Hi-C zahrnuje omezení a koncovou opravu lepkavých konců biotinem, následovanou cirkularizací výsledných tupých konce při zachování interakcí. DNA je poté stažena korálky streptavidinu a čištěna pro následnou přípravu knihovny.

Výhody služeb

Návrh optimálního restrikčního enzymu: Zajistit vysokou účinnost HI-C na různých druzích s až 93% platnými páry interakce.

Rozsáhlé odborné znalosti a záznamy o publikacích:BMKGENE má obrovské zkušenosti s> 2000 Hi-C sekvenčními projekty od 800 různých druhů a různých patentů. Více než 100 publikovaných případů s akumulativním dopadovým faktorem více než 900.

Vysoce kvalifikovaný tým bioinformatiky:s interními patenty a softwarovými autorskými právy pro experimenty s HI-C a analýzou dat a samostatným vizualizačním datovým softwarem.

Podpora po prodeji:Náš závazek přesahuje dokončení projektu s 3měsíční obdobím servisního období. Během této doby nabízíme sledování projektů, pomoc při řešení problémů a sezení otázek a odpovědí k řešení jakýchkoli dotazů souvisejících s výsledky.

Komplexní anotace: Používáme více databází k funkčně anotaci genů s identifikovanými variacemi a provedení odpovídající analýzy obohacení a poskytuje informace o více výzkumných projektech.

Specifikace služeb

Knihovna

Sekvenční strategie

Doporučený výstup dat

Rozlišení signálu Hi-C

Knihovna Hi-C

Illumina PE150

Chromatinová smyčka: 150x

TAD: 50x

Chromatinová smyčka: 10 kB

TAD: 40 kB

Požadavky na služby

Typ vzorku

Požadovaná částka

Zvířecí tkáň

≥ 2g

Plná krev

≥ 2 ml

Houby

≥1g

Rostlina- mladá tkáň

1G/Alikvot, doporučené 2-4 alikvoty

Kultivované buňky

≥1x107


  • Předchozí:
  • Další:

  • 图片 98

    Zahrnuje následující analýzu:

    ● Raw Data QC;

    ● Mapování a knihovna HI-C QC: Platné páry interakce a exponenty rozpadu interakce (IDES);

    ● Profilování interakce v celém genomu: CIS/Trans Analýza a mapa interakce HI-C;

    ● Analýza distribuce kompartmentu A/B;

    ● Identifikace smyček TAD a chromatinu;

    ● Diferenciální analýza prvků struktury 3D chromatinu mezi vzorky a odpovídající funkční anotace přidružených genů.

    Distribuce CIS a transformace poměr

    图片 99

     

    Tepelná mapa chromozomálních interakcí mezi vzorky

    图片 100

     

    Distribuce A/B kompartmentů celého genomu图片 23

     

    Distribuce smyček chromatinu v celém genomu

     

    图片 102

     

    Vizualizace Tads

    图片 103

     

    Prozkoumejte výzkumné pokroky usnadněné službami sekvencí HI-C BMKGene prostřednictvím kurátorské sbírky publikací.

     

     

    Meng, T. a kol. (2021) „Srovnávací integrovaná multi-omiksová analýza identifikuje CA2 jako nový cíl pro Chordoma“,Neuro-onkologie, 23 (10), str. 1709–1722. doi: 10.1093/Neuonc/NOAB156.

    Xu, L. a kol. (2021) „3D desorganizace a přeskupení genomu poskytují vhled do patogeneze NAFLD integrovaným sekvenováním Hi-C, Nanopore a RNA“, “,Acta Pharmaceutica Sinica b, 11 (10), str. 3150–3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.

    Získejte citát

    Napište zde svou zprávu a pošlete nám ji

    Zašlete nám svou zprávu: