Genomová asociační studie (GWAS) se zaměřuje na identifikaci genetických variant (genotypů), které jsou spojeny se specifickými vlastnostmi (fenotyp). Studie GWA zkoumá genetické markery napříč celým genomem velkého počtu jedinců a předpovídá asociace genotyp-fenotyp statistickou analýzou na úrovni populace. Resekvenování celého genomu může potenciálně objevit všechny genetické varianty. Ve spojení s fenotypovými daty může být GWAS zpracován k identifikaci SNP, QTL a kandidátních genů souvisejících s fenotypem, což silně podporuje moderní šlechtění zvířat/rostlin. SLAF je samostatně vyvinutá strategie zjednodušeného sekvenování genomu, která objevuje markery distribuované v celém genomu, SNP. Tyto SNP, jako molekulárně genetické markery, mohou být zpracovány pro asociační studie s cílenými znaky. Je to nákladově efektivní strategie při identifikaci komplexních vlastností souvisejících s genetickými variacemi.
