Analýza asociace celého genomu
Pracovní postup
Výhody služeb
●Rozsáhlé odborné znalosti a záznamy o publikacích: S akumulovanými zkušenostmi s GWAS dokončil BMKGENE stovky druhových projektů v populačním výzkumu GWAS, asistovaným vědcům publikoval více než 100 článků a kumulativní dopadový faktor dosáhl 500.
● Komplexní analýza bioinformatiky: Workflow zahrnuje analýzu asociace SNP-Trait Association, doručení sady kandidátních genů a jejich odpovídající funkční anotaci.
●Vysoce kvalifikovaný tým bioinformatiky a krátký analytický cyklus: S velkými zkušenostmi s pokročilou analýzou genomiky poskytuje tým BMKGene komplexní analýzy s časem rychlého obratu.
●Podpora po prodeji:Náš závazek přesahuje dokončení projektu s 3měsíční obdobím servisního období. Během této doby nabízíme sledování projektů, pomoc při řešení problémů a sezení otázek a odpovědí k řešení jakýchkoli dotazů souvisejících s výsledky.
Specifikace a požadavky služby
| Typ sekvenování | Doporučená měřítko populace | Sekvenční strategie | Požadavky na nukleotidy |
| Sekvenování celého genomu | 200 vzorků | 10x | Koncentrace: ≥ 1 ng/ µl Celková částka pláanta 30ng Omezená nebo žádná degradace nebo kontaminace |
| Amplifikovaný fragment specifický lokus (SLAF) | Hloubka značky: 10x Počet značek: <400 MB: Doporučuje se WGS <1GB: 100k značky 1 GB > 2 GB: 300k značky Max 500k Tags | Koncentrace ≥ 5 ng/µl Celková částka ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5 Agarózový gel: Ne nebo omezená degradace nebo kontaminace
|
Výběr materiálu
Různé odrůdy, poddruhy, Landraces/GeneBanks/Mixed Families/Wild Resources
Různé odrůdy, poddruhy, Landraces
Rodina napůl sibů/Full-SIB rodina/divoké zdroje
Tok servisní práce
Návrh experimentu
Ukázka doručení
Extrakce RNA
Knihovna konstrukce
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Zahrnuje následující analýzu:
- Asociační analýza celého genomu: LM, LMM, Emmax, model Fastlmm
- Funkční anotace kandidátních genů
Analýza asociace SNP-Trait-na Manhattanu
Analýza asociace SNP-TRAIT-graf QQ
Prozkoumejte pokroky usnadněné službami BMKGene DE GWAS prostřednictvím kurátorské sbírky publikací:
LV, L. a kol. (2023) „Nahlédnutí do genetického základu tolerance amoniaku v břitvě škeble sinonovacula constricta podle studie asociace genomu“, “,Akvakultura, 569, str. 739351. Doi: 10.1016/j.aquaculture.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) „Multimics analýzy 398 přístupů pro proso FOXTAIL odhalují genomické oblasti spojené s domestikací, metabolitovým rysy a protizánětlivými účinky“,,,Molekulární rostlina, 15 (8), str. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. a kol. (2022) „Mapování asociace genomu celého asociačního asociace sotva fenotypů v prostředí sucha“, “,Hranice ve vědě o rostlinách, 13, str. 924892. Doi: 10,3389/fpls.2022.924892/bibtex.
Zhao, X. a kol. (2021) 'GMST1, který kóduje sulfotransferázu, propůjčuje odolnost vůči kmenům mozaiky sójových mozaiků G2 a G3',Rostlinné, buňky a životní prostředí, 44 (8), str. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
