De novo plísňové genomové sestavení
BMKGENE nabízí všestranná řešení pro plísňové genomy, uspokojí různé potřeby výzkumu a požadovanou úplnost genomu. Využití samotného sekvenování Illumina s krátkým číslem umožňuje generování návrhu genomu. Krátké čtení a sekvenování s dlouhým čtením pomocí Nanopore nebo Pacbio se kombinují pro rafinovanější fungální genom s delšími kontigy. Integrace sekvenování Hi-C navíc dále zvyšuje schopnosti, což umožňuje dosažení úplného genomu na úrovni chromozomů.
Funkce služby
Se třemi možnými možnostmi, z nichž si můžete vybrat v závislosti na požadované míře úplnosti genomu:
● Návrh genomu: Krátkodobé sekvenování s Illumina Novaseq PE150.
● Možnost plísňového jemného genomu:
Průzkum genomu: Illumina Novaseq PE150.
Sestava genomu: Pacbio Revio (přečte HIFI) nebo nanopore Promethion 48.
● Fungální genom na úrovni chromozomů:
Průzkum genomu: Illumina Novaseq PE150.
Sestava genomu: Pacbio Revio (přečte HIFI) nebo nanopore Promethion 48.
Kontig ukotvení se sestavou Hi-C.
Výhody služeb
●Dostupné více sekvenčních strategií: Pro různé výzkumné cíle a požadavky úplnosti genomu
●Kompletní pracovní postup bioinformatiky:To zahrnuje sestavení genomu a predikci více genomických prvků, funkční anotaci genu a kontigova ukotvení.
●Rozsáhlé odborné znalosti: S shromážděným více než 12 000 mikrobiálních genomů přinášíme desetiletí zkušeností, vysoce kvalifikovaný analytický tým, komplexní obsah a vynikající poprodejní podporu.
●Podpora po prodeji:Náš závazek přesahuje dokončení projektu s 3měsíční obdobím servisního období. Během této doby nabízíme sledování projektů, pomoc při řešení problémů a sezení otázek a odpovědí k řešení jakýchkoli dotazů souvisejících s výsledky.
Specifikace služeb
| Servis | Sekvenční strategie | Kontrola kvality |
| Návrh genomu | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Jemný genom | Průzkum genomu: Illumina PE150 50 x Shromáždění: Pacbio Hifi 30x nebo nanopore 100x | contig n50 ≥1 MB （pacbio jednobuněčný） contig n50 ≥2MB （ont jednobuněčný） contig n50 ≥ 500 kB （ostatní） |
| Genom na úrovni chromozomů | Průzkum genomu: Illumina PE150 50 x Shromáždění: Pacbio Hifi 30x nebo nanopore 100x HI-C MONTÁŽ 100X | Poměr ukotvení contig> 90%
|
Požadavky na služby
| Koncentrace (ng/µl) | Celková částka (µg) | Svazek (µl) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥ 20 | ≥2 | ≥ 20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥ 40 | ≥2 | ≥ 20 | 1.7-2.2 | 1,0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥ 20 | - | - |
Jednobuněčná houba: ≥3,5x1010 buňky
Makro houba: ≥ 10 g
Tok servisní práce
Ukázka doručení
Knihovna konstrukce
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Zahrnuje následující analýzu:
Průzkum genomu:
- Sekvenování kontroly kvality dat
- Odhad genomu: Velikost, heterozygotnost, opakující se prvky
Schránka jemná genomová sestava:
- Sekvenování kontroly kvality dat
- De novoShromáždění
- Analýza složek genomu: Predikce CD a více genomických prvků
- Funkční anotace s více obecnými databázemi (GO, KEGG atd.) A Pokročilé databáze (karta, VFDB atd.)
HI-C MONTÁŽ:
- Hodnocení knihovny Hi-C.
- Kontigy ukotvení shluku, objednávání a orientace
- Vyhodnocení sestavy Hi-C: Na základě referenčního genomu a tepelného mapy
Průzkum genomu: K-Mer distribuce
Sestava genomu: genová homologní anotace (NR databáze)
Sestava genomu: funkční anotace genu (GO)
Prozkoumejte pokroky usnadněné službami montáže plísňových genomu BMKGENE prostřednictvím kurátorské sbírky publikací.
Hao, J. a kol. (2023) „Integrované OMIC profilování léčivých hub inonotus obliquus za ponořených podmínek“, “,BMC genomika, 24 (1), str. 1–12. doi: 10.1186/s12864-023-09656-Z/obrázky/3.
Lu, L. a kol. (2023) „Sekvenování genomu odhaluje vývoj a patogenní mechanismy pšenice ostrého očí patogen patogen rhizoctonia cerealis“,The Crop Journal, 11 (2), str. 405–416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. a kol. (2023) „Zdroje genomu pro čtyři druhy Clarireedia způsobující dolarové místo na rozmanitých trávníku“,Onemocnění rostlin, 107 (3), str. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) „Genetický a molekulární důkaz tetrapolárního páření v jedlé houbové frondose“, “,Journal of Fungi, 9 (10), str. 959. Doi: 10,3390/jof9100959/s1.
