Eukaryotická analýza mRNA (dostupné referenční a de novo možnosti)
Tento potrubí používá jako vstupní data NGS RNA-Seq a produkuje výsledky z více následných analýz, včetně, ale nejen na: Sekvenování hodnocení kvality dat,de novoAnotace místa transkripce, analýza proměnného sestřihu, analýza diferenciální exprese, anotace funkce a analýza obohacení.
Dlouhá nekódující analýza RNA
Dlouhé nekódující RNA (lncRNA) jsou nekódující transkripty s délkami delší než 200 nt a je známo, že hrají roli v organizaci a regulaci chromatinu. Technologie sekvenování a bioinformatické sekvenování se sekvenováním zmocnily naše porozumění sekvencím lncRNA a informace o umístění k identifikaci lncRNA s klíčovými regulačními funkcemi. Tento potrubí poskytuje analýzu lncRNA kromě analýz uvedených v potrubí eukaryotické analýzy mRNA.
16s/18s/jeho amplikonové sekvenování
Potrubí pro analýzu mikrobiální diverzity amplikonu bylo vyvinuto na základě let zkušeností s analýzou projektu mikrobiální rozmanitosti. Potrubí obsahuje standardizovanou základní analýzu, která zahrnuje mainstreamovou analýzu obsahu současného mikrobiálního výzkumu a personalizované analýzy. Zpráva o analýze je bohatá a komplexní, s možností provést rozmanitou osobní analýzu. Kromě toho mohou být vzorky a skupiny modifikovány za běhu pro další přizpůsobení a kontrolu.
Analýza metagenomiky brokovnice
Potrubí metagenomické analýzy brokovnice používá data NGS ze smíšených genomických materiálů extrahovaných z environmentálních vzorků. Zahrnuté analýzy poskytují podrobné informace o druhové rozmanitosti a hojnosti, struktuře populace, fylogenetickém vztahu, funkčních genech a korelačních sítích s environmentálními faktory.
Analýza variant NGS-WGS
Analýza varianty NGS-WGS je integrovaný detekční potrubí varianty, který provádí kontrolu kvality dat, vyrovnání sekvence, anotaci a analýzu mutace genu. Potrubí sleduje osvědčené postupy GATK pro detekci SNP a indelu a používá Manta pro volání strukturální varianty.
Asociační studie Genome Wide Association (GWAS)
Potrubí GWAS je downstream analýza, která bere dříve generované soubory VCF a odpovídající data fenotypu pro kohortu jednotlivců jako vstupu. S využitím specifických statistických metodik je GWAS za cíl odhalit změny nukleotidů v celém genomu korelované s fenotypovými rozdíly. Hraje klíčovou roli při zkoumání funkčních genů spojených s komplexními lidskými chorobami a složitými rysy u rostlin a zvířat.
Analýza hromadné segregace (BSA)
Analýza BSA zahrnuje sdružování jedinců s extrémními fenotypovými rysy od segregační populace. Porovnáním diferenciálních lokusů mezi sdruženými vzorky tento přístup rychle identifikuje úzce propojené molekulární markery spojené s cílovými geny. Je široce používán při genetickém mapování rostlin a zvířat, je to cenný nástroj pro chov s podporou markerů.
Evoluční genetická analýza
Evoluční genetická analýza pracovního postupu využívá rozsáhlé zkušenosti BMKGene v projektech genetické evoluce a zahrnuje konstrukci fylogenetického stromu, analýzu nerovnováhy propojení, hodnocení genetické rozmanitosti, identifikaci selektivního zametání, analýzu příbuznosti, analýzu hlavních složek a charakterizaci struktury populace.
