Evoluční genetika
Výhody služeb
Takagi et al.,Plant Journal, 2013
●Komplexní bioinformatická analýza:Povolení odhadu genetické rozmanitosti, která odráží evoluční potenciál druhů a odhaluje spolehlivý fylogenetický vztah mezi druhy s minimalizovaným vlivem konvergentního vývoje a paralelním vývojem
●Volitelná přizpůsobená analýza: například odhad doby a rychlosti divergence na základě změn na úrovni nukleotidů a aminokyselin.
●Rozsáhlé odborné znalosti a záznamy o publikacích: BMKGENE nashromáždil masivní zkušenosti s populačními a evolučními genetickými projekty po více než 15 let, pokrýval tisíce druhů atd. A přispěl k více než 1 000 projektům na vysoké úrovni zveřejněných v přírodní komunikaci, molekulárních rostlinách, deníku rostlin biotechnologie atd.
● Vysoce kvalifikovaný tým bioinformatiky a krátký analytický cyklus: S velkými zkušenostmi s pokročilou analýzou genomiky poskytuje tým BMKGene komplexní analýzy s časem rychlého obratu.
● Podpora po prodeji:Náš závazek přesahuje dokončení projektu s 3měsíční obdobím servisního období. Během této doby nabízíme sledování projektů, pomoc při řešení problémů a sezení otázek a odpovědí k řešení jakýchkoli dotazů souvisejících s výsledky.
Specifikace a požadavky služby
| Typ sekvenování | Doporučená měřítko populace | Sekvenční strategie | Požadavky na nukleotidy |
| Sekvenování celého genomu | ≥ 30 jedinců, s ≥ 10 jednotlivců z každé podskupiny
| 10x | Koncentrace: ≥ 1 ng/ µl Celková částka pláanta 30ng Omezená nebo žádná degradace nebo kontaminace |
| Amplifikovaný fragment specifický lokus (SLAF) | Hloubka značek: 10x Počet značek: <400 MB: Doporučuje se WGS <1GB: 100k značky 1 GB > 2 GB: 300k Tags Max 500k Tags | Koncentrace ≥ 5 ng/µl Celková částka ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5 Agarózový gel: Ne nebo omezená degradace nebo kontaminace
|
Tok servisní práce
Návrh experimentu
Ukázka doručení
Knihovna konstrukce
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Služba zahrnuje analýzu struktury populace (fylogenetický strom, PCA, graf stratifikace populace), rozmanitost populace a výběr populace (vazebná nerovnováha, selektivní výběr zametání výhodných míst). Služba může také zahrnovat přizpůsobenou analýzu (např. Divergenční doba, tok genů).
*Zde uvedené demo výsledky jsou všechny z genomů publikovaných s bmkgene
1. Evoluční analýza obsahuje konstrukci fylogenetického stromu, struktury populace a PCA založené na genetických variacích.
Fylogenetický strom představuje taxonomické a evoluční vztahy mezi druhy s obyčejným předkem.
Cílem PCA je vizualizovat blízkost mezi subpopulacemi.
Struktura populace ukazuje přítomnost geneticky odlišné subpopulace z hlediska frekvencí alel.
Chen, et. al.,PNAS, 2020
2. Selektivní zametání
Selektivní zametání se týká procesu, kterým je vybíráno výhodné místo, a jsou zvýšeny frekvence propojených neutrálních míst a frekvence nespojených míst jsou snižovány, což vede ke snížení regionálního.
Detekce celého genomu v oblastech selektivního zametání se zpracovává výpočtem populačního genetického indexu （π ， fst, Tajima's d) všech SNP v posuvném okně (100 kb) v určitém kroku (10 kb).
Diverzita nukleotidů (π）
Tajima's d
Fixační index (FST)
Wu, et. al.,Molekulární rostlina, 2018
3. Geneční tok
Wu, et. al.,Molekulární rostlina, 2018
4.Memografická historie
Zhang, et. al.,Ekologie a evoluce přírody, 2021
5. DIVERGENCE ČAS
Zhang, et. al.,Ekologie a evoluce přírody, 2021
Prozkoumejte pokroky usnadněné evolučními genetickými službami BMKGENE prostřednictvím kurátorské sbírky publikací:
Hassanyar, Ak a kol. (2023) „Objev molekulárních markerů SNP a kandidátních genů spojených s rezistencí na viru sacbrood v larvách API cerana cerana rescengem celého genomu“, “,International Journal of Molecular Sciences, 24 (7). doi: 10,3390/ijms24076238.
Chai, J. a kol. (2022) „Objev divokého, geneticky čistého čínského obřího mloka vytváří nové příležitosti k zachování“,Zoologický výzkum, 2022, sv. 43, vydání 3, strany: 469-480, 43 (3), s. 469–480. doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2022.101.
Han, M. a kol. (2022) „Fylogeografický vzorec a vývoj populace historie domorodého Elymus Sibiricus L. na náhorní plošině Qinghai-Tibetan“,Hranice ve vědě o rostlinách, 13, str. 882601. Doi: 10,3389/fpls.2022.882601/bibtex.
Wang, J. a kol. (2022) „Genomické poznatky o vývoji Longan z montáže genomu na úrovni chromozomů a populační genomiky longanových přístupů“, “,Zahradnický výzkum, 9. doi: 10,1093/h/uhac021.
