Sekvenování eukaryotické mRNA-NGS
Vlastnosti
● Zachycení poly mRNA před přípravou knihovny
● Volitelná příprava směrové knihovny mRNA umožňující získání sekvenačních dat specifických pro vlákno
● Bioinformatická analýza genové exprese a struktury transkriptu
Výhody
●Rozsáhlá odbornost: Náš tým zpracoval v BMKgene přes 600 000 vzorků zahrnujících různé typy vzorků, jako jsou buněčné kultury, tkáně a tělesné tekutiny. Do každého projektu přinášíme bohaté zkušenosti a úspěšně jsme dokončili více než 100 000 projektů mRNA-Seq v různých oblastech výzkumu.
●Přísná kontrola kvality: Implementujeme základní kontrolní body ve všech fázích, od přípravy vzorků a knihoven až po sekvenování a bioinformatiku. Toto pečlivé monitorování zajišťuje poskytování trvale vysoce kvalitních výsledků a zajišťuje vám, že váš projekt je ve spolehlivých rukou.
●Obsáhlá anotace: Používáme více databází k funkční anotaci diferenciálně vyjádřených genů (DEG) a provádění odpovídajících obohacovacích analýz. Tento komplexní přístup poskytuje vhled do buněčných a molekulárních procesů, které jsou základem transkriptomové reakce, a zajišťuje, že budete plně informováni o výsledcích svého projektu.
●Poprodejní podpora: Náš závazek přesahuje dokončení projektu s 3měsíčním poprodejním servisem. Během této doby nabízíme sledování projektu, pomoc při odstraňování problémů a schůzky s otázkami a odpověďmi, abychom mohli odpovědět na jakékoli dotazy související s výsledky.
Vzorové požadavky a dodání
| Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučené údaje | Kontrola kvality |
| Obohaceno o Poly A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85 % |
Vzorové požadavky:
Nukleotidy:
| Konc. (ng/μl) | množství (μg) | Čistota | Integrita | |
| Standardní knihovna | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA na gelu. | Pro rostliny: RIN≥4,0; Pro zvířata: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná základní elevace |
| Směrová knihovna | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA na gelu. | Pro rostliny: RIN≥4,0; Pro zvířata: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná základní elevace |
● Rostliny:
Kořen, stonek nebo okvětní lístek: 450 mg
List nebo semena: 300 mg
Ovoce: 1,2 g
●Zvíře:
Srdce nebo střevo: 300 mg
Vnitřnosti nebo mozek: 240 mg
Sval: 450 mg
Kosti, vlasy nebo kůže: 1 g
● Členovci:
Hmyz: 6 g
Korýš: 300 mg
● Plná krev: 1 trubka
● Buňky: 106 buňky
Doporučené doručení vzorku
Nádoba: 2 ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Označení vzorků: Skupina+replikace např. A1, A2, A3; B1, B2, B3......
Zásilka:
1. Suchý led: Vzorky je třeba zabalit do sáčků a zahrabat do suchého ledu.
2. Stolní zkumavky RNA: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.
Tok servisní práce
Návrh experimentu
Vzorová dodávka
Extrakce RNA
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Bioinformatika
Eukaryotické Pracovní postup analýzy sekvenování mRNA
Bioinformatika
ØKontrola kvality nezpracovaných dat
ØReferenční zarovnání genomu
ØAnalýza struktury přepisu
ØKvantifikace exprese
ØDiferenciální expresní analýza
ØAnotace a obohacení funkcí
Referenční zarovnání genomu
Sytost dat
Korelace vzorků a hodnocení biologických replikátů
Diferenciálně vyjádřené geny (DEGs)
Funkční anotace stupňů
Funkční obohacení stupňů
Prozkoumejte pokroky, které umožňují eukaryotické služby sekvenování mRNA NGS BMKGene prostřednictvím kurátorské sbírky publikací.
Huang, L. a kol. (2023) „Triclosan a triclocarban oslabují čichovou kapacitu zlatých rybek tím, že omezují rozpoznávání pachů, narušují transdukci čichového signálu a ruší zpracování čichových informací“, Water Research, 233, str. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ a kol. (2023) 'Aspergillus fumigatus unese lidský p11, aby přesměroval fagozomy obsahující houby do nedegradativní dráhy', Cell Host & Microbe, 31(3), str. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. a kol. (2022) 'TCP transkripční faktory zapojené do vývoje výhonků Ma Bamboo (Dendrocalamus latiflorus Munro)', Frontiers in Plant Science, 13, s. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. a kol. (2022) 'Genom Chrysanthemum lavandulifolium a molekulární mechanismus, který je základem různých typů capitulum', Horticulture Research, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie a kol. (2023) „Kaskádový nanoreaktor pro posílení sonodynamické terapie kolorektálního karcinomu prostřednictvím synergického rozšíření ROS a autofagické blokády“, Nano Today, 49, str. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
