Illumina předem připravené knihovny
Vlastnosti
●Platformy:Illumina NovaSeq 6000 a NovaSeq X Plus
●Režimy sekvenování:PE150 a PE250
●Kontrola kvality knihoven před sekvenováním
●Sekvenační data QC a doručení:dodání zprávy o kontrole kvality a nezpracovaných dat ve formátu fastq po demultiplexování a filtrování čtení Q30
Výhody služby
●Všestrannost sekvenačních služeb:zákazník si může zvolit řazení podle pruhu, průtokové buňky nebo podle množství požadovaných dat (částečné řazení pruhů).
●Rozsáhlé zkušenosti se sekvenační platformou Illumina:s tisíci uzavřenými projekty s různými druhy.
●Doručení zprávy o sekvenování kontroly kvality:s metrikami kvality, přesností dat a celkovou výkonností projektu sekvenování.
●Zralý proces sekvenování:s krátkou dobou obratu.
●Přísná kontrola kvality: zavádíme přísné požadavky na kontrolu kvality, abychom zaručili poskytování trvale vysoce kvalitních výsledků.
Ukázkové platformy
| Platforma | Průtoková buňka | Režim sekvenování | Jednotka | Odhadovaný výkon |
| NovaSeq X | 10B (8 drah) | PE150 | Single Lane Částečný jízdní pruh | 375 Gb/pruh |
| 25B (8 drah) | PE150 | Single Lane Částečný jízdní pruh | 1000 Gb/pruh | |
| NovaSeq 6000 | SP Flow buňka (2 pruhy) | PE250 | Průtoková buňka Single Lane Částečný jízdní pruh | 325-400 M čtení / pruh |
| S4 průtoková buňka (4 pruhy) | PE150 | Průtoková buňka Single Lane Částečný jízdní pruh | ~800 Gb/pruh |
Vzorové požadavky
| Množství dat (X) | Koncentrace (qPCR/nM) | Objem | |
| Částečné řazení jízdních pruhů
| X ≤ 10 Gb | > 1 nM | ≥ 25 μl |
| 10 Gb < X ≤ 50 Gb | > 2 nM | ≥ 25 μl | |
| 50 Gb < X ≤ 100 Gb | > 3 nM | ≥ 25 μl | |
| X > 100 Gb | > 4 nM | ≥ 25 μl | |
| Sekvence jízdních pruhů | Per Lane | ≥ 1,5 nM / fond knihovny | ≥ 25 μl / fond knihovny |
Kromě koncentrace a celkového množství je také vyžadován vhodný vzor píku.
Poznámka: Sekvenování pruhů knihoven s nízkou diverzitou vyžaduje připojení PhiX k zajištění robustního volání báze.
Doporučujeme odeslat předem sdružené knihovny jako vzorky. Pokud požadujete, aby BMKGENE provedla sdružování knihoven, viz
požadavky knihovny na částečné řazení jízdních pruhů.
Velikost knihovny (mapa vrcholu)
Hlavní vrchol by měl být v rozmezí 300-450 bp.
Knihovny by měly mít jeden hlavní pík, žádnou kontaminaci adaptéru a žádné dimery primerů.
Pokud vaše vzorky nesplňují požadavky na výchozí materiál, kontaktujte nás.
Pracovní postup služby
Kontrola kvality knihovny
Sekvenování
Kontrola kvality dat
Dodání projektu
Zpráva QC knihovny
Zpráva o kvalitě knihovny je poskytnuta před sekvenováním, posouzením množství knihovny a fragmentací.
Sekvenční QC zpráva
Tabulka 1. Statistika údajů o sekvenování.
| ID vzorku | BMKID | Syrové čtení | Nezpracovaná data (bp) | Čisté čtení (%) | Q20 (%) | Q30 (%) | GC (%) |
| C_01 | BMK_01 | 22,870,120 | 6,861,036,000 | 96,48 | 99,14 | 94,85 | 36,67 |
| C_02 | BMK_02 | 14,717,867 | 4,415,360,100 | 96,00 | 98,95 | 93,89 | 37.08 |
Obrázek 1. Distribuce kvality podél odečtů v každém vzorku
Obrázek 2. Základní distribuce obsahu
Obrázek 3. Rozložení čteného obsahu v sekvenčních datech
