Sekvencer sekvencer DNA/RNA sekvencer
Funkce
Dva režimy sekvenování na sekvenceru PacBio: nepřetržité dlouhé čtení (CLR) a Circular Consensus Read (CCS)
| Sekvenční režim | Velikost knihovny | Teoretické údajeVýnos (na buňku) | Jednorázová základnaPřesnost | Aplikace |
| CLR | 20 kB, 30 kB atd. | 80 GB až 130 GB | Cca. 85% | De novo, SV volání atd. |
| CCS | 15-20 KB | 14 až 40 GB/buňka (pokračování II) 70 až 110 GB/buňka (Revio) Závisí na vzorcích | Cca. 99% | De novo, SNP/Indel/SV volání, iso-seq, |
Porovnání výkonu a vlastností Revio a pokračování II
| Podmínky | Systém pokračování II | Revio System | Zvýšení |
| Vyšší hustota | 8 milionů ZMWS | 25 milionů ZMW | 3x |
| Nezávislé fáze | 1 | 4 | 4x |
| Kratší doby běhu | 30 hodin | 24 hodin | 1,25x |
| 30x HIFI Human Genomy / rok | 88 | 1300 | 15x celkově |
Výhody služeb
● Více než 8 let zkušeností na sekvenční platformě Pacbio s tisíci uzavřených projektů s různými druhy.
● Revio, která je plně vybavena nejnovějšími sekvenčními platformami Pacbio, zaručuje dostatečný propustnost sekvenování.
● Rychlejší doba obratu, vyšší výnos dat a přesnější data.
● Přispěl do stovek publikací založených na Pacbiu s vysokým dopadem.
Vzorkové požadavky
| Typ vzorku | Množství | Koncentrace （Qubit®） | Objem | Čistota | Ostatní |
| Genomická DNA | Závisí na požadavcích na data | ≥ 50 ng/μl | ≥ 15 μl | OD260/280 = 1,7-2,2; OD260/230 = 1,8-2,5 ； Čistý vrchol při 260 nm ，Žádné kontaminace | Koncentrace je třeba měřit qubit a qubit/nanopore = 0,8-2,5 |
| Celková RNA | ≥1,2 μg | ≥120 ng/μl | ≥ 15 μl | OD260/280 = 1,7-2,5; OD260/230 = 0,5-2,5 ；Žádné kontaminace | Hodnota RIN ≥ 7,5 5≥28s/18S≥1 |
Pracovní postup služeb
Příprava vzorku
Knihovna konstrukce
Sekvenování
Analýza dat
Dodávka projektu
1. Výnos dat v domácnosti
Data generovaná ze 63 CCS buněk (z 26 druhů)
| DATA-Pacbio-CCS-15 KB | Průměrný | Max | Min | Medián |
| Výnos - subreads (GB) | 421.12 | 544,27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS (GB) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polymeráza N50 | 145 651 | 175 430 | 118,118 | 144 689 |
| Subreads N50 | 17,509 | 23 924 | 12 485 | 17 584 |
| CCS N50 | 14 490 | 19 034 | 9 876 | 14 747 |
| Průměrná délka-polymeráza | 67 995 | 89 379 | 49 664 | 66 433 |
| Průměrná délka doručení | 15 866 | 21 036 | 11 657 | 16 012 |
| Průměrná délka-ccs | 14 489 | 19 074 | 8 575 | 14 655 |
Data generovaná ze 16 CLR buněk (ze 76 druhů)
| Data-Pacbio-CLR-30KB | Průměrný | Max | Min | Medián |
| Výnos - subreads (GB) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Polymeráza N50 | 39 456 | 121 191 | 15 389 | 35 231 |
| Subreads N50 | 28 490 | 41 012 | 14 430 | 29 063 |
| Průměrná délka-polymeráza | 22 063 | 48 886 | 8 747 | 21 555 |
| Průměrná délka doručení | 17 720 | 27 225 | 8 293 | 17 779 |
2.Data QC - DemoStatistiky výnosu dat
| Ochutnat | CCS čte num | Celkové základny CCS (BP) | CCS čte N50 (BP) | Průměrná délka CCS (BP) | CCS nejdelší čtení (BP) | Základny subreads (BP) | Míra CCS (%) |
| PB_BMKXXX | 3 444,159 | 54,164,122,586 | 15 728 | 15 726 | 36110 | 863 326,330 465 | 6.27 |
