Sekvenování mRNA plné délky - PacBio
Vlastnosti
● syntéza cDNA z poly-A mRNA následovaná přípravou knihovny
● Sekvenování v režimu CCS, generování HiFi čtení
● Sekvenování celovečerních přepisů
● Analýza nevyžaduje referenční genom; lze jej však použít
● Bioinformatická analýza umožňuje analýzu transkriptů izoformy lncRNA, genových fúzí, polyadenylaci a genové struktury
Výhody služby
●Vysoká přesnost: HiFi čtení s přesností >99,9 % (Q30), srovnatelné s NGS
● Analýza alternativního spojování: sekvenování celých transkriptů umožňuje identifikaci a charakterizaci izoforem
●Rozsáhlá odbornost: díky záznamům o dokončení více než 1100 celovečerních transkriptomových projektů PacBio a zpracování více než 2300 vzorků přináší náš tým do každého projektu bohaté zkušenosti.
●Poprodejní podpora: náš závazek přesahuje dokončení projektu s 3měsíčním poprodejním servisem. Během této doby nabízíme sledování projektu, pomoc při odstraňování problémů a schůzky s otázkami a odpověďmi, abychom mohli odpovědět na jakékoli dotazy související s výsledky.
Vzorové požadavky a dodání
| Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučené údaje | Kontrola kvality |
| Knihovna mRNA CCS obohacená o PolyA | Pokračování PacBio II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85 % |
Vzorové požadavky:
Nukleotidy:
● Rostliny:
Kořen, stonek nebo okvětní lístek: 450 mg
List nebo semena: 300 mg
Ovoce: 1,2 g
● Zvíře:
Srdce nebo střevo: 300 mg
Vnitřnosti nebo mozek: 240 mg
Sval: 450 mg
Kosti, vlasy nebo kůže: 1 g
● Členovci:
Hmyz: 6 g
Korýš: 300 mg
● Plná krev: 1 trubka
● Buňky: 106 buňky
| Konc. (ng/μl) | množství (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA na gelu. | Pro rostliny: RIN≥7,5; Pro zvířata: RIN≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná základní elevace |
Doporučené doručení vzorku
Kontejner: 2 ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Označení vzorků: Skupina+replikace např. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásilka:
1. Suchý led: Vzorky je třeba zabalit do sáčků a zahrabat do suchého ledu.
2. Zkumavky RNAstable: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.
Tok servisní práce
Návrh experimentu
Vzorová dodávka
Extrakce RNA
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Zahrnuje následující analýzu:
● Kontrola kvality nezpracovaných dat
● Alternativní polyadenylační analýza (APA)
● Analýza fúzních transkriptů
● Analýza alternativního spojování
● Srovnávací analýza Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).
● Nová transkriptová analýza: predikce kódujících sekvencí (CDS) a funkční anotace
● Analýza lncRNA: predikce lncRNA a cílů
● MicroSatelite Identification (SSR)
BUSCO analýza
Analýza alternativního spojování
Alternativní polyadenylační analýza (APA)
Funkční anotace nových přepisů
Prozkoumejte pokroky, které usnadňují služby sekvenování mRNA plné délky BMKGene Nanopore v této doporučené publikaci.
Ma, Y. a kol. (2023) 'Srovnávací analýza metod sekvenování PacBio a ONT RNA pro identifikaci jedu Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), s. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. a kol. (2019) 'Vývojová dynamika transkriptomu kmene Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), s. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. a kol. (2022) „Dynamické změny obsahu kyseliny askorbové během vývoje ovoce a dozrávání Actinidia latifolia (ovoce bohaté na askorbát) a souvisejících molekulárních mechanismů“, International Journal of Molecular Sciences, 23(10), s. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. a kol. (2022) 'Efektivní predikce genů biosyntetických drah zapojených do bioaktivních polyfylinů v Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), s. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. a kol. (2023) 'Kombinovaná PacBio Iso-Seq a Illumina RNA-Seq analýza transkriptomu Tuta absoluta (Meyrick) a genů cytochromu P450', Insects, 14(4), str. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun a kol. (2019) „Průzkum komplexnosti transkriptomu pomocí analýzy jedné molekuly PacBio v reálném čase v kombinaci se sekvenováním Illumina RNA pro lepší pochopení biosyntézy kyseliny ricinolejové v Ricinus communis“, BMC Genomics, 20(1), str. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
