CircRNA Sequencing-Illumina
Vlastnosti
● Deplece rRNA následovaná přímou přípravou knihovny umožňující sekvenování dat specifických pro vlákno.
● Bioinformatický pracovní postup umožňuje predikci circRNA a kvantifikaci exprese
Výhody služby
●Komplexnější knihovny RNA:V naší předknihovní přípravě používáme depleci rRNA namísto lineární deplece RNA, což zajišťuje, že sekvenační data zahrnují nejen circRNA, ale také mRNA a lncRNA, což umožňuje společnou analýzu těchto souborů dat.
●Volitelná analýza sítí kompetitivní endogenní RNA (ceRNA).: Poskytuje hlubší vhled do buněčných regulačních mechanismů
●Rozsáhlá odbornost: Se záznamem zpracování více než 20 000 vzorků v BMKGENE, zahrnujících různé typy vzorků a projekty lncRNA, přináší náš tým do každého projektu bohaté zkušenosti.
●Přísná kontrola kvality: Implementujeme základní kontrolní body ve všech fázích, od přípravy vzorků a knihoven až po sekvenování a bioinformatiku. Toto pečlivé monitorování zajišťuje poskytování trvale vysoce kvalitních výsledků.
● Poprodejní podpora: Náš závazek přesahuje dokončení projektu s 3měsíčním poprodejním servisem. Během této doby nabízíme sledování projektu, pomoc při odstraňování problémů a schůzky s otázkami a odpověďmi, abychom mohli odpovědět na jakékoli dotazy související s výsledky.
Vzorové požadavky a dodání
| Knihovna | Platforma | Doporučené údaje | Data QC |
| směrová knihovna s vyčerpanou rRNA | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85 % |
Vzorové požadavky:
Nukleotidy:
| Konc. (ng/μl) | množství (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA na gelu. | RIN > 6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná základní elevace |
● Rostliny:
Kořen, stonek nebo okvětní lístek: 450 mg
List nebo semena: 300 mg
Ovoce: 1,2 g
● Zvíře:
Srdce nebo střevo: 450 mg
Vnitřnosti nebo mozek: 240 mg
Sval: 600 mg
Kosti, vlasy nebo kůže: 1,5 g
● Členovci:
Hmyz: 9 g
Korýš: 450 mg
● Plná krev:2 trubky
● Buňky: 106 buňky
● Sérum a plazma: 6 ml
Doporučené doručení vzorku
Nádoba: 2 ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Označení vzorků: Skupina+replikace např. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásilka:
1. Suchý led: Vzorky je třeba zabalit do sáčků a zahrabat do suchého ledu.
2. Zkumavky RNAstable: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.
Tok servisní práce
Návrh experimentu
Vzorová dodávka
Extrakce RNA
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Bioinformatika
predikce circRNA: chromozomální distribuce
Diferenciálně vyjádřené circRNAs – graf sopky
Diferenciálně vyjádřené circRNA – hierarchické shlukování
Funkční obohacení hostitelských genů circRNA
Prozkoumejte pokroky ve výzkumu, které umožňují sekvenační služby circRNA BMKGene prostřednictvím kurátorské sbírky publikací.
Wang, X. a kol. (2021) „CPSF4 reguluje tvorbu circRNA a umlčování genů zprostředkované mikroRNA u hepatocelulárního karcinomu“, Oncogene 2021 40:25, 40(25), str. 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. a kol. (2023) 'X oo-responzivní transkriptom odhaluje roli cirkulární RNA133 v odolnosti vůči chorobám regulací exprese OsARAB v rýži', Phytopathology Research, 5(1), str. 1–14. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. a kol. (2023) „CPSF3 moduluje rovnováhu cirkulárních a lineárních transkriptů u hepatocelulárního karcinomu“. doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. a kol. (2023) „Komplexní hodnocení cirRNA u cirhotické kardiomyopatie před a po transplantaci jater“, International Immunopharmacology, 114, s. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
