CircRNA

Cirkulární RNA (circRNA) jsou nekódující RNA, které tvoří kruhové struktury a mají více regulačních rolí, včetně soutěží s miRNA o cílové geny a vazbu na proteiny. BMKCloud circRNA pipeline je navržen pro analýzu rRNA depletovaných knihoven s dobře anotovaným a vysoce kvalitním referenčním genomem. Analýza začíná ořezáváním a kontrolou kvality, po které následuje zarovnání čtení s referenčním genomem a predikce nových circRNA, spojená s identifikací známých circRNA z databází. Následně jsou identifikovány odpovídající miRNA cíle a circRNA hostitelé. Analýza diferenciální exprese odhaluje odlišně exprimované circRNA a odpovídající hostitelé jsou funkčně označeni pro extrakci obohacených biologických funkcí.