BMKMANU S3000_Prostorový přepis
Technické schéma prostorového transkriptomu BMKMANU S3000
Vlastnosti
- Rozlišení: 3,5 uM
- Průměr bodu: 2,5 uM
- Počet míst: přibližně 4 miliony
- 3 možné formáty snímané oblasti: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm nebo 15 mm * 20 mm
- Každá kulička s čárovým kódem je naplněna primery složenými ze 4 částí:
• poly(dT) konec pro priming mRNA a syntézu cDNA,
• Jedinečný molekulární identifikátor (UMI) pro korekci zkreslení zesílení
• Prostorový čárový kód
• Vazebná sekvence sekvenačního primeru částečného čtení 1
- H&E a fluorescenční barvení řezů
- Možnost využití technologie buněčné segmentace: integrace barvení H&E, fluorescenční barvení a sekvenování RNA pro určení hranic každé buňky a správné přiřazení genové exprese každé buňce. Zpracování po proudu Analýza prostorového profilování založená na zásobníku buněk.
- Možné dosáhnout víceúrovňové analýzy rozlišení: Flexibilní víceúrovňová analýza v rozsahu od 100 um do 3,5 um k vyřešení různých vlastností tkáně při optimálním rozlišení.
Výhody BMKMANU S3000
-Zdvojnásobení zachycených míst na 4 miliony: se zlepšeným rozlišením 3,5 uM, což vede k vyšší detekci genů a UMI na buňku. Výsledkem je zlepšené shlukování buněk na základě transkripčních profilů s jemnějšími detaily, které odpovídají struktuře tkání.
- Subcelulární rozlišení:Každá zachycená oblast obsahovala >2 miliony prostorových čárových kódů o průměru 2,5 µm a rozestupem 5 µm mezi středy skvrn, což umožnilo analýzu prostorového transkriptomu se subcelulárním rozlišením (5 µm).
-Víceúrovňová analýza rozlišení:Flexibilní víceúrovňová analýza v rozsahu od 100 μm do 5 μm pro rozlišení různých tkáňových vlastností při optimálním rozlišení.
-Možnost použití technologie segmentace buněk „Tři v jednom snímku“:Kombinací fluorescenčního barvení, H&E barvení a sekvenování RNA na jednom sklíčku umožňuje náš analytický algoritmus „tři v jednom“ identifikaci buněčných hranic pro následnou transkriptomiku založenou na buňkách.
-Kompatibilní s více sekvenačními platformami: k dispozici jak NGS, tak dlouhé čtení sekvence.
-Flexibilní design 1-8 aktivních snímacích oblastí: velikost snímací oblasti je flexibilní, lze použít 3 formáty (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm a 15 mm * 20 mm)
-Služba na jednom místě: integruje všechny kroky založené na zkušenostech a dovednostech, včetně kryořezů, barvení, optimalizace tkání, prostorového čárového kódování, přípravy knihovny, sekvenování a bioinformatiky.
-Komplexní bioinformatika a uživatelsky přívětivá vizualizace výsledků:Balíček obsahuje 29 analýz a více než 100 vysoce kvalitních čísel v kombinaci s použitím vlastního softwaru vyvinutého pro vizualizaci a přizpůsobení dělení buněk a shlukování bodů.
-Vlastní analýza a vizualizace dat: k dispozici pro různé žádosti o výzkum
-Vysoce kvalifikovaný technický tým: se zkušenostmi s více než 250 typy tkání a více než 100 druhy včetně lidí, myší, savců, ryb a rostlin.
-Aktualizace celého projektu v reálném čase: s plnou kontrolou průběhu experimentu.
-Volitelná společná analýza s jednobuněčným sekvenováním mRNA
Specifikace služby
| Vzorové požadavky | Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučená data | Kontrola kvality |
| Kryo vzorky vložené pomocí OCT (Optimální průměr: cca. 6×6×6 mm³) 2 bloky na vzorek 1 pro experiment, 1 pro zálohování | Knihovna cDNA S3000 | Illumina PE150 | 160K PE čtení na 100υM (250 Gb) | RIN > 7 |
Chcete-li získat další podrobnosti o pokynech pro přípravu vzorků a pracovním postupu služeb, neváhejte se obrátit na aExpert BMKGENE
Tok servisní práce
Ve fázi přípravy vzorku je provedena počáteční zkouška hromadné extrakce RNA, aby bylo zajištěno, že lze získat vysoce kvalitní RNA. Ve fázi optimalizace tkáně jsou řezy obarveny a vizualizovány a jsou optimalizovány podmínky permeabilizace pro uvolňování mRNA z tkáně. Optimalizovaný protokol je pak aplikován při konstrukci knihovny, následuje sekvenování a analýza dat.
Kompletní pracovní postup služeb zahrnuje aktualizace v reálném čase a potvrzení klientů, aby byla zachována odezva zpětné vazby, což zajišťuje hladké provádění projektu.
Data generovaná BMKMANU S3000 jsou analyzována pomocí softwaru „BSTMatrix“, který je nezávisle navržen společností BMKGENE a generuje matici genové exprese na úrovni buněk a víceúrovňové rozlišení. Odtud se generuje standardní zpráva, která zahrnuje kontrolu kvality dat, analýzu vnitřních vzorků a analýzu mezi skupinami.
- Kontrola kvality dat:
- Výstup dat a distribuce skóre kvality
- Detekce genů na místě
- Pokrytí tkání
- Analýza vnitřního vzorku:
- Genová bohatost
- Bodové shlukování, včetně analýzy redukovaných rozměrů
- Analýza diferenciální exprese mezi shluky: identifikace markerových genů
- Funkční anotace a obohacení markerových genů
- Meziskupinová analýza
- Rekombinace skvrn z obou vzorků (např. nemocných a kontrolních) a reshlukování
- Identifikace markerových genů pro každý shluk
- Funkční anotace a obohacení markerových genů
- Diferenciální vyjádření stejného shluku mezi skupinami
Navíc BMKGene vyvinutý „BSTViewer“ je uživatelsky přívětivý nástroj, který umožňuje uživateli vizualizovat genovou expresi a shlukování bodů v různých rozlišeních.
BMKGene nabízí služby prostorového profilování s přesným jednobuněčným rozlišením (na základě přihrádky buněk nebo víceúrovňové čtvercové přihrádky od 100 um do 3,5 um).
Data prostorového profilování z tkáňových řezů na sklíčku S3000 fungovala dobře, jak je uvedeno níže.
Případová studie 1: Myší mozek
Analýza řezu myšího mozku pomocí S3000 vedla k identifikaci ~94 000 buněk se středním sekvenováním ~2000 genů na buňku. Zlepšené rozlišení 3,5 uM vedlo k velmi podrobnému shlukování buněk na základě transkripčních vzorců, přičemž shluky buněk napodobovaly mozkové diferencované struktury. To lze snadno pozorovat vizualizací distribuce buněk seskupených jako oligodendrocyty a buňky mikroglie, které jsou téměř výhradně umístěny v šedé a bílé hmotě.
Případová studie 2: Myší embryo
Analýza řezu myšího embrya pomocí S3000 vedla k identifikaci ~2200 000 buněk se středním sekvenováním ~1600 genů na buňku. Zlepšené rozlišení 3,5 uM vedlo k velmi podrobnému shlukování buněk na základě transkripčních vzorů, s 12 shluky v oblasti oka a 28 shluky v oblasti mozku.
Shlukování buněk analýzy vnitřního vzorku:
Identifikace markerových genů a prostorová distribuce:
- vyšší subcelulární rozlišení: Ve srovnání se snímkem S1000 obsahovala každá snímaná oblast S3000 >4 miliony prostorových čárových kódovaných bodů o průměru 2,5 µm a vzdálenosti 3,5 µm mezi středy skvrn, což umožňuje analýzu prostorového transkriptomu s vyšším subcelulárním rozlišením (čtvercová přihrádka: 3,5 um).
- Vyšší účinnost snímání: ve srovnání s S1000 slide, Medián_UMI nárůst z 30 % na 70 %, Medián_Gene nárůst z 30 % na 60 %
Schéma čipu S1000:
Schéma čipu S3000:
