De novo shromáždění bakteriálního genomu
Poskytujeme kompletní službu sestavení bakteriálního genomu se zárukou 0 mezer. To je možné díky integraci technologií sekvenování dlouhého čtení, jako jsou Nanopore a PacBio pro sestavení a sekvenování krátkého čtení s Illumina pro ověření sestavení a opravu chyb čtení ONT. Naše služba poskytuje kompletní bioinformatický pracovní postup od sestavení, funkční anotace a pokročilé bioinformatické analýzy, splňující specifické výzkumné cíle. Tato služba umožňuje vývoj přesných referenčních genomů pro různé genetické a genomické studie. Kromě toho tvoří základ pro aplikace, jako je optimalizace kmenů, genetické inženýrství a vývoj mikrobiálních technologií, zajišťující spolehlivá genomická data bez mezer, která jsou klíčová pro pokrok vědeckých poznatků a biotechnologické inovace.
Funkce služby
● Se dvěma možnými možnostmi výběru v závislosti na požadovaném stupni úplnosti genomu.
● Možnost návrhu genomu: Sekvenování pro krátké čtení pomocí Illumina NovaSeq PE150.
● Dokončete genom 0 mezer.
● Dlouhé čtení sekvenování na Nanopore PromethION 48 nebo PacBio Revio pro sestavení genomu.
● Sekvenování krátkého čtení na Illumina NovaSeq pro ověření genomu a opravu chyb (Nanopore) nebo pro vytvoření návrhu genomu.
Výhody služby
●Zaručený genom s nulovou mezerou: To je způsobeno integrací sekvenování Illumina se sekvenováním dlouhého čtení (Nanopore nebo PacBio).
●Kompletní bioinformatický pracovní postup:To zahrnuje sestavení genomu a predikci více genomových prvků, funkční genovou anotaci a vizualizace genomu, jako je Circos plot.
●Rozsáhlá odbornost: S více než 20 000 shromážděnými mikrobiálními genomy přináší BMKGENE více než deset let zkušeností, vysoce kvalifikovaný analytický tým, komplexní obsah a vynikající poprodejní podporu.
●Poprodejní podpora:Náš závazek přesahuje dokončení projektu s 3měsíčním poprodejním servisem. Během této doby nabízíme sledování projektu, pomoc při odstraňování problémů a schůzky s otázkami a odpověďmi, abychom mohli odpovědět na jakékoli dotazy související s výsledky.
●K dispozici několik strategií sekvenování:Pro různé výzkumné cíle a požadavky na úplnost genomu.
Specifikace služby
| Servis | Strategie sekvenování |
| Návrh genomu | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap genom | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (volitelně) |
Vzorové požadavky:
| Koncentrace (ng/µL) | Celkové množství (µg) | Objem (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bakterie: ≥3,5x1010 buňky
Tok servisní práce
Vzorová dodávka
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Zahrnuje následující analýzu:
● Řízení kvality sekvenačních dat
● Shromáždění genomu
● Analýza komponent genomu: Predikce CDS a více genomových prvků
● Funkční anotace s více obecnými databázemi (GO, KEGG atd.) a pokročilými databázemi (CARD, VFDB atd.)
● Vizualizace genomu
Poskytujeme genom ve snadno dostupném formátu fasta a soubor s anotací genomu (gff).
Anotace genu – GO
Genová anotace – CAZY sacharidy
Vizualizace genomu – Circos plot
Prozkoumejte pokroky, které usnadňují služby sestavování bakteriálního genomu BMKGene prostřednictvím kurátorské sbírky publikací.
Dai, W. a kol. (2023) „Objev Bacteroides uniformis F18-22 jako bezpečné a nové probiotické bakterie pro léčbu ulcerózní kolitidy ze zdravého lidského tlustého střeva“,International Journal of Molecular Sciences, 24(19), str. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. a kol. (2021) „Multidrug-rezistentní izoláty Proteus mirabilis nesoucí blaOXA-1 a blaNDM-1 z volně žijících živočichů v Číně: zvyšující se riziko pro veřejné zdraví“,Integrativní zoologie, 16(6), s. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT a kol. (2017) 'Kompletní genomová sekvence endofytu Bacillus flexus KLBMP 4941 odhaluje jeho mechanismus podpory růstu rostlin a genetický základ pro toleranci soli',Journal of Biotechnology, 260, s. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. a kol. (2021) 'Multiple-Replicon Resistance Plasmids of Klebsiella mediate Extensive Dissemination of Antimicrobial Genes',Hranice v mikrobiologii, 12, str. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
