Amplikonové sekvenování (16s/18s/jeho)

Sekvenování amplikonu (16S/18s/ITS) s Illumina je metoda analýzy mikrobiální rozmanitosti identifikací mikrobiálních profilů podle jejich sekvencí a poté se pokouší dešifrovat bohatost komunity a rozmanitost v každém vzorku a mezi vzorky. Potrubí BMKCloud Amplicon (NGS) umožňuje analýzu 16S, 18s, jeho a více funkčních genů. Začíná to ořezáváním čtení, sestavením párového čtení a hodnocením kvality, následované shlukováním podobných čtení pro generování operačních taxonomických jednotek (OTU) používaných v šesti různých analytických sekcích. Taxonomická anotace poskytuje informace o relativní hojnosti a složení každého vzorku, zatímco analýzy diverzity alfa a beta se zaměřují na mikrobiální rozmanitost uvnitř a mezi vzorky. Diferenciální analýza mezi skupinami nachází OTU, které se liší pomocí parametrických i neparametrických testů, zatímco korelační analýza souvisí s těmito rozdíly s faktory prostředí. Konečně, funkční hojnost genů je předpovídána na základě hojnosti markerového genu, což poskytuje vhled do funkce a ekologie v každém vzorku ..