16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Funkce služby
● Platforma sekvenování: PacBio Revio
● Sekvenční režim: CCS (HiFi čtení)
● Amplifikace cílové oblasti následovaná tandemovým spojením amplikonů před přípravou HiFi SMRT zvonkové knihovny
Výhody služby
●Vyšší taxonomické rozlišení: Than krátké amplikonové sekvenování,umožňující vyšší míru klasifikace OTU na úrovni druhů.
●Vysoce přesné volání základny: Sekvenční režim PacBio CCS (čtení HiFi).
●Bez izolace: Rychlá identifikace mikrobiálního složení ve vzorcích životního prostředí.
●Široce použitelné: Studie rozmanitých mikrobiálních komunit.
●Komplexní bioinformatická analýza: Nejnovější balíček QIIME2 (kvantitativní vhled do mikrobiální ekologie) s různými analýzami z hlediska databáze, anotace, OTU/ASV.
●Rozsáhlá odbornost: S tisíci projekty sekvenování amplikonů ročně přináší BMKGENE více než deset let zkušeností, vysoce kvalifikovaný analytický tým, komplexní obsah a vynikající poprodejní podporu.
Specifikace služby
| Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučené údaje |
| Amplikon | PacBio Revio | 10/30/50 K tagy (CCS) |
Vzorové požadavky
| Koncentrace (ng/µL) | Celkové množství (µg) | Objem (µL) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Doporučené doručení vzorku
Zmrazte vzorky v kapalném dusíku na 3-4 hodiny a skladujte v kapalném dusíku nebo -80 stupňů pro dlouhodobou rezervaci. Vyžaduje se odeslání vzorku se suchým ledem.
Tok servisní práce
Vzorová dodávka
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Zahrnuje následující analýzu:
●Kontrola kvality nezpracovaných dat
●OTU clustering/De-noise (ASV)
●Anotace OTU
●Alfa analýza rozmanitosti: více indexů, včetně Shannon, Simpson a ACE.
●Beta analýza diverzity
●Meziskupinová analýza
●Korelační analýza: mezi faktory prostředí a složením a diverzitou OUT
●Předpověď funkčního genu 16S
Histogram taxonomického rozdělení
Komunitní distribuční fylogenetický strom
Analýza diverzity alfa: ACE
index
Analýza diverzity beta: PCoA
Meziskupinová analýza: ANOVA
Prozkoumejte pokrok, který usnadňují služby sekvenování amplikonů BMKGene s PacBio prostřednictvím kurátorské sbírky publikací.
Gao, X. a Wang, H. (2023) 'Srovnávací analýza bachorových bakteriálních profilů a funkcí během adaptace na různé fenologie (Regreen vs. Trassy) u alpských merino ovcí se dvěma růstovými stádii na alpské louce', Fermentace, 9( 1), str. 16. doi: 10.3390/FERMENTACE9010016/S1.
Li, S. a kol. (2023) „Zachycování mikrobiální temné hmoty v pouštních půdách pomocí metagenomiky založené na kulturomice a analýzy s vysokým rozlišením“, npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), s. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. a kol. (2022) „Vliv solí mastných kyselin na fermentační charakteristiky, bakteriální diverzitu a aerobní stabilitu směsné siláže připravené z vojtěšky, rýžové slámy a pšeničných otrub“, Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), str. 1475– 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. a kol. (2023) 'Interakce mezi biomarkery oxidačního stresu a střevní mikrobiotou v antioxidačních účincích extraktů z Sonchus brachyotus DC. v Oxazolone-induced Intestinal Oxidative Stress in Adult Zebrafish', Antioxidants 2023, sv. 12, strana 192, 12(1), str. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
