16s/18s/jeho amplikonové sekvenování-ngs
Funkce služby
● Sekvenční platforma: Illumina Novaseq.
● Amplifikace krátkých oblastí 16S, 18s a jeho, mimo jiné cíle zesílení.
● Flexibilní volby amplikonu.
● Předchozí zkušenosti s projektem s více cílů zesílení.
Výhody služeb
●Bez izolace:Rychlá identifikace mikrobiálního složení ve vzorcích prostředí.
●Vysoké rozlišení: U nízko-sebevědomých složek ve vzorcích prostředí.
●Široce použitelné: Rozmanité studie mikrobiální komunity.
●Komplexní bioinformatická analýza: Nejnovější balíček Qiime2 (kvantitativní vhled do mikrobiální ekologie) s různými analýzami z hlediska databáze, anotace, otu/asv.
●Rozsáhlé odborné znalosti: S 150 tisíci projektů sekvenování amplikonu prováděných každoročně přináší BMKGENE více než desetiletí zkušeností, vysoce kvalifikovaný analytický tým, komplexní obsah a vynikající poprodejní podporu.
Specifikace služeb
| Knihovna | Sekvenční strategie | Doporučená data |
| Amplikon | Illumina PE250 | 50/100/300K Štítky (čtení párů) |
Požadavky na služby
| Koncentrace (ng/µl) | Celková částka (ng) | Svazek (µl) |
| ≥1 | ≥ 200 | ≥ 20 |
● Půda/kala: 1-2G
● Střevní obsah-zvíře: 0,5-2G
● In-insekt obsahu střeva: 0,1-0,25g
● Povrch rostlin (obohacený sediment): 0,1-0,5g
● Fermentační vývar obohacený sediment): 0,1-0,5g
● Sazba (velká zvířata): 0,5-2G
● Sazba (myš): 3-5GRAINS
● Tekutina plicního alveolárního výplavového: filtrační papír
● Vaginální výtěr: 5-6 výtěrů
● Skin/genitální tampon/sliny/perorální měkká tkáň/faryngeální tampon/rektální tampon: 2-3 výtěry
● Povrchové mikroorganismy: filtrační papír
● Waterbody/Air/Biofilm: filtrační papír
● Endophytes: 1-2G
● Dental Plaque: 0,5-1G
Tok servisní práce
Ukázka doručení
Knihovna konstrukce
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Zahrnuje následující analýzu:
- Nezpracovaná kontrola kvality dat
- OTU Clustering /De-Noise (ASV)
- OTU anotace
- Analýza diverzity Alpha: Více indexů, včetně Shannon, Simpson a Ace.
- Analýza rozmanitosti beta
- Analýza meziskupiny
- Korelační analýza: Mezi faktory prostředí a složením a rozmanitostí
- 16S Funkční predikce genu
Histogram taxonomického rozdělení
Taxonomická hojnost shlukování tepelné mapy
Analýza diverzity alfa: křivka vzácnosti
Analýza rozmanitosti beta: NMD
Analýza meziskupin: objev LEFSE Biomarker
Prozkoumejte pokroky usnadněné službami BMKGene's Amplicon sekvenční služby s Illuminou prostřednictvím kurátorské sbírky publikací.
Dong, C. a kol. (2022) „Sestava, jádro mikrobiota a funkce půdy a mikrobioty rhizosféry v Eucommia ulmoides“, hranice v mikrobiologii, 13. doi: 10,3389/fmicb.2022.855317/plné.
Li, Y. a kol. (2023) „Transplantace syntetické bakteriální konsorcie pro léčbu bakteriální vaginózy indukované Gardnerella vaginalis u myší“, mikrobiomu, 11 (1), s. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. a Liu, H. (2022) „Mikrobiomy vzduchového prachu shromážděného během experimentu s podpůrným bioregenerativním životem na základě pozemního stavu„ Lunar Palace 365 “, Environmentální mikrobiomy, 17 (1), str. 1–20. doi: 10.1186/s40793-022-00399-0/obrázky/8.
Yin, S. a kol. (2022) „Hodnocení funkčních genů souvisejících s transformací dusíku kontrolovanou ztrátou dusíku v kompostování“, Bioresource Technology, 361, s. 127678. Doi: 10.1016/j.biortech.2022.127678.
