10x genomický vidinový prostorový transkriptor
Technické schéma
Funkce
● Rozlišení: 100 µm
● Průměr spotu: 55 µm
● Počet míst: 4992
● Oblast zachycení: 6,5 x 6,5 mm
● Každé místo čárové kódy je naloženo primery složenými ze 4 sekcí:
- Poly (DT) ocas pro mRNA priming a syntézu cDNA
- Unikátní molekulární identifikátor (UMI) pro opravu zkreslení zesílení
- Prostorový čárový kód
- Vazebná posloupnost částečného čtení 1 sekvenční základní nátěr
● Barvení sekcí H&E
Výhody
●Jednorázová služba: integruje všechny zkušenosti a kroky založené na dovednostech, včetně kryo-sekce, barvení, optimalizace tkání, prostorového čárového kódování, přípravy knihovny, sekvenování a bioinformatiky.
● Vysoce kvalifikovaný technický tým: se zkušenostmi s více než 250 typy tkání a 100+ druhů včetně lidských, myší, savců, ryb a rostlin.
●Aktualizace v reálném čase na celém projektu: S plnou kontrolou experimentálního pokroku.
●Komplexní standardní bioinformatika:Balíček obsahuje 29 analýz a 100+ vysoce kvalitních čísel.
●Přizpůsobená analýza a vizualizace dat: K dispozici pro různé požadavky na výzkum.
●Volitelná kloubní analýza se sekvenováním mRNA s jedním buňkami
Specifikace
| Vzorkové požadavky | Knihovna | Sekvenční strategie | Doporučená data | Kontrola kvality |
| OCT-EMBEDDED CRYO Vzorky (Optimální průměr: Přibližně 6x6x6 mm³) 2 bloky na vzorek | 10x knihovna cDNA visionu | Illumina PE150 | 50k PE čtení na místo (60 GB) | Rin> 7 |
Pro více informací o pokynu pro přípravu a pracovní postup v oblasti přípravy vzoru, neváhejte a promluvte si s aBMKGENE Expert
Pracovní postup služeb
Ve fázi přípravy vzorku je provedena počáteční zkouška extrakce hromady RNA, aby se zajistilo, že lze získat vysoce kvalitní RNA. Ve fázi optimalizace tkáně jsou řezy obarveny a vizualizovány a podmínky permeabilizace pro uvolňování mRNA z tkáně jsou optimalizovány. Optimalizovaný protokol se poté aplikuje během konstrukce knihovny a následuje sekvenování a analýza dat.
Kompletní pracovní postup služeb zahrnuje aktualizace v reálném čase a potvrzení klientů, aby se udržovala responzivní zpětná vazba a zajistila hladké provádění projektu.
Zahrnuje následující analýzu:
Kontrola kvality dat:
o Distribuce skóre skóre dat a kvality
o Detekce genů na místo
o Pokrytí tkáně
Analýza vnitřního vzorku:
Ó bohatost genu
o Clustering Spot, včetně analýzy snížené dimenze
o Analýza diferenciální exprese mezi klastry: Identifikace markerových genů
o Funkční anotace a obohacení markerových genů
Analýza meziskupiny
o Opětovné kombinaci skvrn z obou vzorků (např. Nemocnice a kontrola) a opětovného zabránění
o Identifikace markerových genů pro každý klastr
o Funkční anotace a obohacení markerových genů
o Diferenciální vyjádření stejného klastru mezi skupinami
Analýza vnitřního vzorku
Shlukování spotu
Identifikace markerových genů a prostorová distribuce
Analýza meziskupiny
Kombinace dat z obou skupin a opětovného shluku
Markerové geny nových shluků
Prozkoumejte pokroky usnadněné společností BMKGene's Spatial Transcriptomics Service 10x Visium v těchto doporučených publikacích:
Chen, D. a kol. (2023) 'MTHL1, potenciální homolog Drosophila savčích adhezních GPCR, se podílí na protinádorových reakcích na injikované onkogenní buňky v mouchách,', ',', “,“Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických, 120 (30), str. E2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. a kol. (2023) „Ocel umožňuje vymezení prostorových transkriptomických dat s vysokým rozlišením“, “,Briefingy v bioinformatice, 24 (2), s. 1–10. doi: 10.1093/bib/bbad068.
Liu, C. a kol. (2022) „Spatiotemporální atlas organogeneze ve vývoji orchidejových květin“,Výzkum nukleových kyselin, 50 (17), str. 9724–9737. doi: 10.1093/nar/gkac773.
Wang, J. a kol. (2023) „Integrace prostorové transkriptomiky a sekvenování RNA s jedním nukleusem odhaluje potenciální terapeutické strategie pro děložní leiomyom“,International Journal of Biological Sciences, 19 (8), s. 2515–2530. doi: 10,7150/ijbs.83510.
