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Sequenza metagenomica -NGS
Un metagenome hè una cullizzioni di u materiale geneticu tutale di una cumunità mista d'organisimi, cum'è metagenomi ambientali è umani. Contene genomi di i microorganisimi cultivabili è incultivabili. A sequenza metagenomica di Shotgun cù NGS permette u studiu di sti paisaghji genomici intricati incrustati in campioni ambientali furnisce più cà prufilu tassonomichi, dendu ancu insights granulari in a diversità di e spezie, a dinamica di abbundanza è e strutture cumplesse di pupulazioni. Al di là di i studii tassonomichi, a metagenomica di fucile offre ancu una perspettiva di genomica funzionale, chì permette l'esplorazione di geni codificati è i so roli putativi in i prucessi ecologichi. Infine, a creazione di rete di correlazione trà elementi genetichi è fatturi ambientali cuntribuisci à una cunniscenza olistica di l'intricata interazione trà e cumunità microbiche è u so fondu ecologicu. In cunclusione, a sequenza metagenomica hè un strumentu pivotale per svelà l'intricacies genomiche di diverse comunità microbiche, illuminando e relazioni multifacciali trà genetica è ecologia in questi ecosistemi cumplessi.
Piattaforme: Illumina NovaSeq è DNBSEQ-T7
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Sequenza metagenomica-TGS
Un metagenome hè una cullizzioni di u materiale geneticu di una cumunità mista d'organisimi, cum'è metagenomi ambientali è umani. Contene genomi di i microorganisimi cultivabili è incultivabili. A sequenza metagenomica permette u studiu di sti paisaghji genomici intricati incrustati in campioni ecologichi fornendu più di prufilu tassonomichi. Offre ancu una perspettiva di genomica funzionale esplorendu i geni codificati è i so roli putativi in i prucessi ambientali. Mentre chì l'avvicinamenti tradiziunali di fucile cù sequencing Illumina sò stati largamente utilizati in studii metagenomici, l'avventu di Nanopore è PacBio sequencing longu di leghje anu cambiatu u campu. A tecnulugia Nanopore è PacBio migliora l'analisi bioinformatiche in a valle, in particulare l'assemblea di metagenoma, assicurendu assemblei più cuntinui. I rapporti indicanu chì a metagenomica basata in Nanopore è PacBio hà generatu cun successu genomi batterichi cumpleti è chjusi da microbiomi cumplessi (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). L'integrazione di letture Nanopore cù letture Illumina furnisce un approcciu strategicu per a correzione di l'errore, mitigendu a bassa precisione inerente di Nanopore. Questa cumminazione sinergica sfrutta i punti di forza di ogni piattaforma di sequenza, offre una soluzione robusta per superà e limitazioni potenziali è avanzendu a precisione è l'affidabilità di l'analisi metagenomiche.
Piattaforma: Nanopore PromethION 48, Illumia è PacBio Revio
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Sequenza di bisulfite di u genoma tutale (WGBS)
A Sequenza di Bisulfite Genome Interu (WGBS) hè a metodulugia standard d'oru per l'esplorazione approfondita di a metilazione di DNA, in particulare a quinta pusizione in a citosina (5-mC), un regulatore pivotale di l'espressione genica è l'attività cellulare. U principiu sottostante WGBS implica u trattamentu di bisulfite, inducendu a cunversione di citosine unmethylated in uracile (C à U), mentre chì lascianu citosine metilate inalterate. Questa tecnica offre una risoluzione di una sola basa, chì permette à i circadori di investigà in modu cumpletu u metiloma è scopre mudelli di metilazione anormali assuciati à diverse cundizioni, in particulare u cancer. Impieghendu WGBS, i scientifichi ponu acquistà insights senza precedenti in i paisaghji di metilazione in tuttu u genoma, furnisce una comprensione sfumata di i meccanismi epigenetici chì sò sottumessi à diversi prucessi biologichi è e malatie.
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Assai per a cromatina accessibile à a transposasi cù sequenziamentu à altu rendimentu (ATAC-seq)
ATAC-seq hè una tecnica di sequencing high-throughput aduprata per l'analisi di l'accessibilità di cromatina in tuttu u genoma. U so usu furnisce una cunniscenza più profonda di i meccanismi cumplessi di u cuntrollu epigeneticu globale di l'espressione genica. U metudu usa una transposase iperattiva di Tn5 per frammentà simultaneamente è taggà e regioni di cromatina aperte inserendu adattatori di sequenza. L'amplificazione PCR successiva si traduce in a creazione di una biblioteca di sequenza, chì permette l'identificazione cumpleta di e regioni di cromatina aperte in cundizioni spazii-temporali specifiche. ATAC-seq furnisce una vista olistica di i paisaghji di cromatina accessibili, à u cuntrariu di i metudi chì si concentranu solu nantu à i siti di ubligatoriu di fattore di trascrizione o regioni specifiche modificate da l'histone. Sequenziendu queste regioni di cromatina aperte, ATAC-seq rivela e regioni più probabili di sequenze regulatori attive è siti potenziali di legame di fattore di trascrizione, offrendu insights preziosi nantu à a modulazione dinamica di l'espressione genica in tuttu u genoma.
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16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
I geni 16S è 18S rRNA, inseme cù a regione Internal Transcribed Spacer (ITS), servenu cum'è marcatori di impronte molekulari pivotali per via di a so cumminazione di regioni altamente conservate è ipervariabili, chì li facenu strumenti preziosi per caratterizà l'organismi procarioti è eucarioti. L'amplificazione è a sequenza di queste regioni offrenu un approcciu senza isolamentu per investigà a cumpusizioni microbica è a diversità in diversi ecosistemi. Mentre chì a sequenza di Illumina tipicamente mira à e regioni ipervariabili brevi cum'è V3-V4 di 16S è ITS1, hè statu dimustratu chì l'annotazione tassonomica superiore hè ottenibile sequenzendu a lunghezza completa di 16S, 18S è ITS. Stu approcciu cumpletu si traduce in percentualità più altu di sequenze classificate accuratamente, ottenendu un livellu di risuluzione chì si estende à l'identificazione di e spezie. A piattaforma di sequencing Single-Molecule Real-Time (SMRT) di PacBio si distingue per furnisce letture lunghe (HiFi) altamente precise chì coprenu l'ampliconi à tutta a lunghezza, rivalitendu cù a precisione di sequencing Illumina. Sta capacità permette à i circadori di ottene un vantaghju senza pari - una vista panoramica di u paisaghju geneticu. A cobertura estesa eleva significativamente a risoluzione in l'annotazione di spezie, in particulare in e cumunità batteriche o fungine, chì permette una cunniscenza più profonda di e intricacies di e pupulazioni microbiche.
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16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
A sequenza di Amplicon cù a tecnulugia Illumina, specificamente destinata à i marcatori genetichi 16S, 18S è ITS, hè un metudu putente per svelà a filogenesia, a tassonomia è l'abbundanza di spezie in e cumunità microbiche. Stu approcciu implica a sequenza di e regioni ipervariabili di i marcatori genetichi di a casa. Originariamente introduttu cum'è una impronta digitale moleculare daWoeses et alin u 1977, sta tecnica hà rivoluzionatu u prufilu di u microbioma permettendu analisi senza isolamentu. Attraversu u sequencing di 16S (bacteria), 18S (fungi), è Internal Transcribed Spacer (ITS, fungi), circadori ponu identificà micca solu spezie abbundanti, ma ancu raru è micca identificatu. Ampiamente aduttatu cum'è un strumentu pivotale, a sequenza di l'ampliconu hè diventata strumentale per discernisce cumpusizioni microbiche differenziali in diversi ambienti, cumprese a bocca umana, l'intestini, e feci, è oltre.
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Re-Sequencing di u genoma tutale di batteri è fungi
I prughjetti di re-sequenza di u genoma sanu di batteri è fungi sò pivotali per l'avanzamentu di a genomica microbica, permettendu a cumpiimentu è a comparazione di genomi microbiali. Questu facilita l'ingegneria di fermentazione, l'ottimisazione di i prucessi industriali è l'esplorazione di camini di metabolismu secundariu. Inoltre, a re-sequenza di fungi è batterichi hè cruciale per capiscenu l'adattazione ambientale, ottimizendu i ceppi, è revelà a dinamica di l'evoluzione genetica, cù ampie implicazioni in medicina, agricultura è scienza ambientale.
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PacBio-Sequence d'amplicons 16S/18S/ITS à pleine longueur
A piattaforma Amplicon (16S/18S/ITS) hè sviluppata cù anni di sperienza in l'analisi di prughjetti di diversità microbica, chì cuntene analisi basi standardizzate è analisi persunalizate: l'analisi basica copre u cuntenutu di l'analisi mainstream di a ricerca microbiana attuale, u cuntenutu di l'analisi hè riccu è cumpletu, è i risultati di l'analisi sò presentati in forma di rapporti di prughjettu; U cuntenutu di l'analisi persunalizata hè diversu. I campioni ponu esse selezziunati è i paràmetri ponu esse stabiliti in modu flessibile secondu u rapportu di analisi di basa è u scopu di ricerca, per rializà esigenze persunalizate. Sistema upirativu Windows, simplice è veloce.
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PacBio-Trascriptome à piena lunghezza (Non-Reference)
Pigliendu Pacific Biosciences (PacBio) Isoform sequencing data cum'è input, sta App hè capaci di identificà sequenze di trascrizione full-length (senza assemblea). Cartografiandu sequenze full-length contr'à u genoma di riferimentu, i trascrizioni ponu esse ottimisati da geni cunnisciuti, trascrizioni, regioni codificanti, etc. In questu casu, l'identificazione più precisa di strutture mRNA, cum'è splicing alternativu, etc. L'analisi cumuna cù i dati di sequenza di trascrittomi NGS permette una annotazione più cumpleta è una quantificazione più precisa in l'espressione à u livellu di trascrizione, chì benefiziu largamente l'espressione differenziale downstream è l'analisi funzionale.
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Sequenza di bisulfite à rappresentazione ridotta (RRBS)
A Sequenza di Bisulfite di Rappresentazione Ridutta (RRBS) hè emersa cum'è una alternativa efficace è efficiente à u costu di Sequencing Bisulfite Genome Whole (WGBS) in a ricerca di metilazione di DNA. Mentre WGBS furnisce una visione cumpleta esaminendu tuttu u genoma à una risoluzione di basa unica, u so altu costu pò esse un fattore limitante. RRBS mitiga strategicamente sta sfida analizendu selettivamente una parte rappresentativa di u genoma. Questa metodulugia si basa nantu à l'arricchimentu di e regioni ricche in l'isula CpG da a scissione MspI seguita da a selezzione di taglia di frammenti 200-500/600 bps. In cunseguenza, solu e regioni prossimi à l'isule CpG sò sequenziate, mentre chì quelli cù isule CpG distanti sò escluse da l'analisi. Stu prucessu, cumminatu cù a sequenza di bisulfite, permette una deteczione d'alta risoluzione di a metilazione di l'ADN, è l'approcciu di sequenza, PE150, si focalizeghja specificamente nantu à l'estremità di l'inserti piuttostu chè à a mità, aumentendu l'efficienza di u prufilu di metilazione. U RRBS hè un strumentu inestimabile chì permette una ricerca di metilazione di l'ADN cun un costu efficace è avanza a cunniscenza di i miccanismi epigenetici.
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Sequenza di RNA procariota
A sequenza di l'RNA permette a profilazione cumpleta di tutte e trascrizioni di RNA in e cellule in cundizioni specifiche. Sta tecnulugia d'avanguardia serve cum'è un strumentu putente, svelendu profili intricati di espressione genica, strutture genetiche è meccanismi molecolari assuciati à diversi prucessi biologichi. Ampiamente aduttatu in a ricerca fundamentale, a diagnostica clinica è u sviluppu di droghe, a sequenza di RNA offre una visione di l'intricacies di a dinamica cellulare è a regulazione genetica. A nostra elaborazione di campioni di RNA procarioticu hè adattatu per i trascrittomi procarioti, chì implica l'esaurimentu di l'rRNA è a preparazione di libreria direzionale.
Piattaforma: Illumina NovaSeq
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Sequenza di metatrascriptome
Sfruttandu a tecnulugia di sequenza Illumina, u serviziu di sequencing metatrascriptome di BMKGENE rivela l'espressione genica dinamica di una varietà diversa di microbi, da eucarioti à procarioti è virus, in ambienti naturali cum'è terra, acqua, mare, feci è intestini. U nostru serviziu cumpletu permette à i ricercatori di sfondà in i profili cumpleti di l'espressione genica di e cumunità microbiche cumplette. Al di là di l'analisi tassonomica, u nostru serviziu di sequencing metatrascriptome facilita l'esplorazione in l'arricchimentu funzionale, mettendu luce nantu à i geni espressi di manera differenziale è i so roli. Scopre una ricchezza di insights biologichi mentre navighi in i paisaghji cumplessi di l'espressione genica, a diversità tassonomica è a dinamica funzionale in queste diverse nicchie ambientali.
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Assemblea de novo di u genoma fungicu
BMKGENE offre soluzioni versatili per i genomi fungi, rispondendo a diverse esigenze di ricerca e completezza desiderata del genoma. L'usu di a sequenza di Illumina di lettura corta permette solu a generazione di un genoma di draft. Lecture brevi è sequenza di lettura longa cù Nanopore o Pacbio sò cumminati per un genoma fungicu più raffinatu cù contigs più longu. Inoltre, l'integrazione di a sequenza Hi-C aumenta ancu e capacità, chì permette di ottene un genoma cumpletu à livellu di cromosomi.
