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Interazione cromatina basata in Hi-C
Hi-C hè un metudu cuncepitu per catturà a cunfigurazione genomica cumminendu interazzione basata nantu à a vicinanza di sonda è sequencing high-throughput. U metudu hè basatu annantu à a cromatina crosslinking cù formaldehyde, seguita da a digestioni è a riligatura in una manera chì solu i frammenti chì sò ligati covalente formanu prudutti di ligazione. Per sequencing sti prudutti di ligature, hè pussibule studià l'urganizazione 3D di u genoma. Hi-C permette di studià a distribuzione di e porzioni di u genoma chì sò ligeramente imballati (scompartimenti A, eucromatina) è più probabili di esse attivi trascrizionale, è e regioni chì sò più strette (scompartimenti B, Heterochromatin). Hi-C pò ancu esse usatu per identificà i Domini Topologicamente Associati (TAD), regioni di u genoma chì anu strutture plegate è sò prubabilmente avè mudelli d'espressione simili, è per identificà i loops di cromatina, regioni di DNA chì sò ancorati inseme da proteine è chì sò spessu arricchitu in elementi regulatori. U serviziu di sequenza Hi-C di BMKGene permette à i circadori di spiegà e dimensioni spaziali di a genomica, aprendu novi strade per capiscenu a regulazione di u genoma è e so implicazioni in a salute è a malatia.
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Sequenza di l'immunoprecipitazione di cromatina (ChIP-seq)
L'immunoprecipitazione di cromatina (CHIP) hè una tecnica chì sfrutta l'anticorpi per arricchisce selettivamente e proteine di legame à l'ADN è i so obiettivi genomici currispondenti. A so integrazione cù NGS permette a profilazione in tuttu u genoma di i miri di DNA assuciati à a modificazione di l'histone, fattori di trascrizione è altre proteine di legame à l'ADN. Stu approcciu dinamicu permette paraguni di siti di legame in diversi tipi di cellule, tessuti o cundizioni. L'applicazioni di ChIP-Seq spazianu da u studiu di a regulazione trascrizionale è di i percorsi di sviluppu à l'elucidazione di i meccanismi di e malatie, facendu un strumentu indispensabile per capiscenu i paisaghji di regulazione genomica è avanzà insights terapeutici.
Piattaforma: Illumina NovaSeq
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Sequenza di bisulfite di u genoma tutale (WGBS)
A Sequenza di Bisulfite Genome Interu (WGBS) hè a metodulugia standard d'oru per l'esplorazione approfondita di a metilazione di DNA, in particulare a quinta pusizione in a citosina (5-mC), un regulatore pivotale di l'espressione genica è l'attività cellulare. U principiu sottostante WGBS implica u trattamentu di bisulfite, inducendu a cunversione di citosine unmethylated in uracile (C à U), mentre chì lascianu citosine metilate inalterate. Questa tecnica offre una risoluzione di una sola basa, chì permette à i circadori di investigà in modu cumpletu u metiloma è scopre mudelli di metilazione anormali assuciati à diverse cundizioni, in particulare u cancer. Impieghendu WGBS, i scientifichi ponu acquistà insights senza precedenti in i paisaghji di metilazione in tuttu u genoma, furnisce una comprensione sfumata di i meccanismi epigenetici chì sò sottumessi à diversi prucessi biologichi è e malatie.
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Assai per a cromatina accessibile à a transposasi cù sequenziamentu à altu rendimentu (ATAC-seq)
ATAC-seq hè una tecnica di sequencing high-throughput aduprata per l'analisi di l'accessibilità di cromatina in tuttu u genoma. U so usu furnisce una cunniscenza più profonda di i meccanismi cumplessi di u cuntrollu epigeneticu globale di l'espressione genica. U metudu usa una transposase iperattiva di Tn5 per frammentà simultaneamente è taggà e regioni di cromatina aperte inserendu adattatori di sequenza. L'amplificazione PCR successiva si traduce in a creazione di una biblioteca di sequenza, chì permette l'identificazione cumpleta di e regioni di cromatina aperte in cundizioni spazii-temporali specifiche. ATAC-seq furnisce una vista olistica di i paisaghji di cromatina accessibili, à u cuntrariu di i metudi chì si concentranu solu nantu à i siti di ubligatoriu di fattore di trascrizione o regioni specifiche modificate da l'histone. Sequenziendu queste regioni di cromatina aperte, ATAC-seq rivela e regioni più probabili di sequenze regulatori attive è siti potenziali di legame di fattore di trascrizione, offrendu insights preziosi nantu à a modulazione dinamica di l'espressione genica in tuttu u genoma.
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Sequenza di bisulfite à rappresentazione ridotta (RRBS)
A Sequenza di Bisulfite di Rappresentazione Ridutta (RRBS) hè emersa cum'è una alternativa efficace è efficiente à u costu di Sequencing Bisulfite Genome Whole (WGBS) in a ricerca di metilazione di DNA. Mentre WGBS furnisce una visione cumpleta esaminendu tuttu u genoma à una risoluzione di basa unica, u so altu costu pò esse un fattore limitante. RRBS mitiga strategicamente sta sfida analizendu selettivamente una parte rappresentativa di u genoma. Questa metodulugia si basa nantu à l'arricchimentu di e regioni ricche in l'isula CpG da a scissione MspI seguita da a selezzione di taglia di frammenti 200-500/600 bps. In cunseguenza, solu e regioni prossimi à l'isule CpG sò sequenziate, mentre chì quelli cù isule CpG distanti sò escluse da l'analisi. Stu prucessu, cumminatu cù a sequenza di bisulfite, permette una deteczione d'alta risoluzione di a metilazione di l'ADN, è l'approcciu di sequenza, PE150, si focalizeghja specificamente nantu à l'estremità di l'inserti piuttostu chè à a mità, aumentendu l'efficienza di u prufilu di metilazione. U RRBS hè un strumentu inestimabile chì permette una ricerca di metilazione di l'ADN cun un costu efficace è avanza a cunniscenza di i miccanismi epigenetici.
