Sequencing Genome De Novo Plant/Animal
De Novosequencing si riferisce à a custruzzione di u genoma sanu di una spezia utilizendu tecnulugii di sequenza in l'absenza di un genoma di riferimentu. L'introduzione è l'adopzione generalizata di a sequenza di terza generazione, cù letture più lunghe, anu rinfurzatu significativamente l'assemblea di u genoma aumentendu a sovrapposizione trà e letture. Questa rinfurzà hè particularmente pertinente quandu si tratta di genomi sfidanti, cum'è quelli chì mostranu alta eterozigosità, un altu rapportu di regioni ripetitive, poliploidi è regioni cù elementi ripetitivi, cuntenutu anormali di GC, o alta cumplessità chì sò tipicamente assemblati pocu cù sequenza di lettura corta. solu.
A nostra soluzione one-stop furnisce servizii di sequencing integrati è analisi bioinformatiche chì furniscenu un genoma assemblatu de novo di alta qualità. Una indagine iniziale di u genoma cù Illumina furnisce stima di a dimensione è a cumplessità di u genoma, è questa informazione hè aduprata per guidà u prossimu passu di a sequenza longa di lettura cù PacBio HiFi, seguita dade novoassemblea di cunti. L'usu sussegwente di l'assemblea HiC permette l'ancorazione di i contigs à u genoma, ottenendu un assemblea à livellu di cromusomu. Infine, u genoma hè annotatu da a prediczione di geni è da a sequenza di i geni espressi, ricorrendu à transcriptomi cù letture brevi è longu.
Funzioni di serviziu
● Integrazione di più servizii di sequenza è bioinformatica in una soluzione unica:
Indagine di u genoma cù Illumina per stimà a dimensione di u genoma è guidà i passi successivi;
Sequenza di lettura longa perde novoassemblea di cunti;
Sequenza Hi-C per l'ancorazione di cromusomi;
sequenza di mRNA per l'annotazione di geni;
Validazione di l'assemblea.
● Serviziu adattatu per a custruzzione di genomi novi o per migliurà i genomi di riferimentu esistenti per e spezie d'interessu.
Vantaghji di serviziu
Sviluppu di piattaforme di sequenza è bioinformatica inde novoassemblea di genoma
(Amarasinghe SL et al.,Biologia di u genoma, 2020)
●Ampia Competenza è Publicazione Record: BMKGene hà accumulatu una sperienza massiva in l'assemblea di genoma di alta qualità di diverse spezie, cumprese genomi diploidi è genomi altamente cumplessi di spezie poliploidi è allopoliploidi. Dapoi u 2018, avemu cuntribuitu à più300 publicazioni di altu impattu, è 20+ di elli sò publicati in Nature Genetics.
● Soluzione One-stop: u nostru approcciu integratu combina tecnulugia di sequenza multipli è analisi bioinformatiche in un flussu di travagliu coesiu, offrendu un genoma assemblatu di alta qualità.
●Adatta à i vostri bisogni: U nostru flussu di travagliu di serviziu hè persunalizabile, chì permette l'adattazione per i genomi cù diverse caratteristiche è bisogni di ricerca specifichi. Questu include genomi giganti accolti, genomi poliploidi, genomi altamente eterozigoti, è più.
●Squadra di Laboratoriu è Bioinformatica altamente qualificata: cù una grande sperienza in u fronte sperimentale è bioinformaticu di l'assemblee di genoma cumplessu è una serie di brevetti è copyright di software.
●Assistenza post-vendita:U nostru impegnu si estende oltre u cumpletu di u prughjettu cù un periodu di serviziu dopu a vendita di 3 mesi. Duranti stu tempu, offremu seguitu di u prughjettu, assistenza per a risoluzione di prublemi, è sessioni di Q&A per affruntà tutte e dumande relative à i risultati.
Specificazioni di serviziu
| Sonda di u genoma | Assemblea Genome | Livellu di cromosomi | Annotation Genome |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X PacBio CCS HiFi leghje | 100X Hi-C | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (opcional) PacBio RNA-seq pleine longueur 40 Gb ou Nanopore 12 Gb |
Requisiti di serviziu
Per l'Indagine di Genome, l'Assemblea Genome è l'Assemblea Hi-C:
| Acidi nucleici tissuti o estratti | Indagine di Genoma | Assemblea Genome cù PacBio | Assemblea Hi-C |
| Viscera animale | 0,5-1 g
| ≥ 3,5 g | ≥ 2 g |
| Musculu animale | ≥ 5 g | ||
| Sangue di mammiferu | 1,5 ml
| ≥ 5 ml | ≥ 2 ml |
| Sangue di pollame/pesce | ≥ 0,5 mL | ||
| Pianta - Foglia fresca | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Cellule in coltura |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Insetti | 0,5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| DNA estratto | Concentrazione: ≥1 ng/µL A quantità ≥ 30 ng Limitata o nulla degradazione o contaminazione | Concentrazione: ≥ 50 ng/µL Quantité : 10 µg/cellule à flux/échantillon OD260/280 = 1,7-2,2 OD260/230 = 1,8-2,5 Limitata o nulla degradazione o contaminazione |
-
|
Per l'annotazione di u genoma cù transcriptomica:
| Acidi nucleici tissuti o estratti | Illumina Transcriptome | PacBio Transcriptome | Nanopore Transcriptome |
| Pianta - Root / Stem / Petal | 450 mg | 600 mg | |
| Pianta - Leaf / Seed | 300 mg | 300 mg | |
| Pianta - Frutta | 1,2 g | 1,2 g | |
| Cori d'animali / Intestine | 300 mg | 300 mg | |
| Viscera animale / Cervellu | 240 mg | 240 mg | |
| Musculu animale | 450 mg | 450 mg | |
| Osse d'animali / Capelli / Pelle | 1 g | 1 g | |
| Artropodu - Insetti | 6 | 6 | |
| Arthropode - Crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Sangue sanu | 1 tubu | 1 tubu | |
| RNA estratto | Concentrazione: ≥ 20 ng/µL Quantità ≥ 0,3 µg OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Concentrazione: ≥ 100 ng/µL Quantità ≥ 0,75 µg OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Concentrazione: ≥ 100 ng/µL Quantità ≥ 0,75 µg OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 RIN≥ 7,5 5≥28S/18S≥1 |
Cunsigliu Cunsigliu di Campione
Contenitore: Tubu da centrifuga da 2 ml (Un fogliu di stagno ùn hè micca cunsigliatu)
(Per a maiò parte di i campioni, ricumandemu micca di priservà in etanolu).
Etichettatura di campioni: I campioni devenu esse chjaramente etichettati è identici à a forma d'infurmazione di mostra presentata.
Spedizione: Ghiaccio secco: I campioni anu da esse imballati in sacchetti prima è intarrati in ghiaccio seccu.
U flussu di travagliu
Flussu di travagliu di serviziu
Prughjettu di cuncepimentu
Consegna di mostra
estrazione di DNA
Custruzzione di biblioteca
Sequencing
Analisi di dati
Servizi post-vendita
Analisi bioinformatica cumpleta, separata in 4 passi:
1) L'indagine di u genoma, basatu annantu à l'analisi k-mer cù NGS leghje:
Stima di a dimensione di u genoma
Stima di l'eterozigosità
Stima di e regioni ripetitive
2) Assemblea Genome cù PacBio HiFi:
De novoassemblea
Valutazione di l'assemblea: cumpresa l'analisi BUSCO per a completezza di u genoma è a mappatura di e letture NGS è PacBio HiFi
3) Assemblea Hi-C:
QC libreria Hi-C: stima di interazzioni Hi-C valide
Assemblea Hi-C: clustering di contigs in gruppi, seguitu da l'ordine contig in ogni gruppu è l'assignazione di l'orientazione contig
Valutazione Hi-C
4) Annotazione di u genoma:
Predizione di RNA non codificante
Identificazione di sequenze ripetitive (trasposoni è ripetizioni in tandem)
Previsione di geni
§De novo: algoritmi ab initio
§ Basatu nantu à l'omulugia
§ Basatu nantu à u transcriptome, cù leghje longu è brevi : leghje sòde novoassemblati o mappati à u genoma di draft
§ Annotazione di geni previsti cù parechje basa di dati
1) Genome Survey- analisi k-mer
2) Assemblea Genome
2) Assemblea Genome - PacBio HiFi leghje a mappatura à l'assemblea di draft
2) Assemblea Hi-C - stima di coppie d'interazione valide Hi-C
3) Hi-C Valutazione Post-assemblea
4) Genome Annotation - integrazione di geni previsti
4) Annotazione di genoma - annotazione di geni prediche
Esplora i progressi facilitati da i servizii di assemblea di genoma de novo di BMKGene attraversu una cullizzioni curata di publicazioni:
Li, C. et al. (2021) "Sequenze di genoma rivelanu rotte di dispersione globale è suggerenu adattazioni genetiche convergenti in l'evoluzione di i cavallucci marini", Nature Communications, 12 (1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) "I cambiamenti cromosomiali à grande scala portanu à l'alterazioni di l'espressione di u livellu di u genoma, l'adattazione ambientale è a speciazione in u Gayal (Bos frontalis)", Biologia Molecular è Evoluzione, 40 (1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) "Genome assembly and genetic dissection of a prominente maze resistant germplasm", Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), pp. 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) "Revealing evolution of tropane alkaloid biosynthesis by analising two genomes in the Solanaceae family", Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), pp. 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Studii di casu sfida:
Assemblage telomère à telomère :Fu, A. et al. (2023) "Telomere-to-telomere genome assembly of bitter melon (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) Revela u sviluppu di u fruttu, a cumpusizioni è a maturazione di e caratteristiche genetiche", Horticulture Research, 10 (1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Assemblea aplotipu:Hu, W. et al. (2021) "Allele-defined genome revela biallelic differentiation during cassava evolution", Molecular Plant, 14 (6), pp. 851-854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Assemblea di genoma gigante:Yuan, J. et al. (2022) "Base genomica di i giga-cromusomi è giga-genomu di peonia d'arburu Paeonia ostii", Nature Communications 2022 13: 1, 13 (1), pp 1-16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Assemblea di genoma poliploide:Zhang, Q. et al. (2022) "Insights genomicu in a riduzzione cromusomica recente di a canna di zuccheru autopolyploid Saccharum spontaneum", Nature Genetics 2022 54: 6, 54 (6), pp 885-896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
