Soluzione di mRNA PacBio 2+3 Full-Length
Features
● Studiu disignu:
Campione cumulatu sequenziatu cù PacBio per identificà isoforme di trascrizione
Campioni separati (repliche è cundizioni per esse pruvatu) sequenziati cùNGS per quantificà l'espressione di trascrizione
● PacBio sequencing in modu CCS, generando letture HiFi
● Sequenza di e trascrizioni full-length
● L'analisi ùn deve micca bisognu di un genoma di riferimentu; in ogni modu, pò esse impiegatu
● L'analisi bioinformatica include micca solu l'espressione à u livellu di u genu è l'isoforma, ma ancu l'analisi di lncRNA, fusioni di geni, poliadenilazione è struttura di geni.
Vantaghji
● High Accuracy: HiFi leghje cun precisione> 99.9% (Q30), cumparabile à NGS
● Analisi di Splicing Alternative: a sequenza di tutte e trascrizioni permette l'identificazione è a carattarizazione isoforme.
● Cumminazione di PacBio è NGS Strengths: permette a quantificazione di l'espressione à u livellu di l'isoforma, svelendu u cambiamentu chì pò esse mascheratu quandu si analizza tutta l'espressione genica
● Competenza estensiva: cù una storia di cumpiimentu di più di 1100 prughjetti di transcriptome di PacBio è di trasfurmazioni di più di 2300 campioni, a nostra squadra porta una ricchezza di sperienza à ogni prughjettu.
● Support post-vendita: u nostru impegnu si estende oltre u cumpletu di u prugettu cù un periodu di serviziu dopu a vendita di 3 mesi. Duranti stu tempu, offremu seguitu di u prughjettu, assistenza per a risoluzione di prublemi, è sessioni di Q&A per affruntà tutte e dumande relative à i risultati.
Requisiti di mostra è consegna
| Biblioteca | Strategia di sequenza | Dati cunsigliatu | Controlu di qualità |
| Biblioteca CCS mRNA arricchita PolyA | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A arricchitu | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nucleotidi
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| Conc. (ng/μl) | Quantità (μg) | Purità | Integrità |
| Biblioteca Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Cuntaminazione limitata o micca di proteine o DNA mostrata nantu à u gel. | Per i pianti: RIN≥4.0; Per l'animali: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitazione o senza elevazione di basa |
| Biblioteca PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Cuntaminazione limitata o micca di proteine o DNA mostrata nantu à u gel. | Piante: RIN≥7.5 Animali: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; limitazione o senza elevazione di basa |
Cunsigliu Cunsigliu di Campione
Contenitore: Tubu da centrifuga da 2 ml (Un fogliu di stagno ùn hè micca cunsigliatu)
Esempiu di etichettatura: Gruppu + replicate per esempiu A1, A2, A3; B1, B2, B3.
spedizione:
1. Ghiacciu seccu:I campioni devenu esse imballati in sacchetti è intarrati in ghiaccio seccu.
2. Tubi RNAstable: i campioni di RNA ponu esse secchi in un tubu di stabilizazione di RNA (per esempiu, RNAstable®) è spedite in a temperatura di l'ambienti.
Include l'analisi seguente:
Controlu di qualità di dati crudi
Analisi Alternativa di Poliadenilazione (APA)
Analisi di trascrizione di fusione
Analisi di Splicing Alternativu
Analisi di Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).
Analisi di trascrizione novella: predizione di sequenze di codificazione (CDS) è annotazione funzionale
Analisi di lncRNA: prediczione di lncRNA è target
Identificazione MicroSatellite (SSR)
Analisi di Transcripts Differentially Expressed (DETs).
Analisi di Genes Differentially Expressed (DEG).
Annotazione funzionale di DEG e DET
analisi BUSCO
Analisi di Splicing Alternativu
Analisi Alternativa di Poliadenilazione (APA)
Genes Differentially Expressed (DEGs) è Trascrizioni (DETs9 analisi
Reti di interazione Protein-Protein di DET è DEG
Esplora l'avanzamenti facilitati da a sequenza di mRNA di PacBio 2+3 di BMKGene à traversu una cullizzioni curata di publicazioni.
Chao, Q. et al. (2019) "A dinamica di u sviluppu di u Populus stem transcriptome", Plant Biotechnology Journal, 17 (1), pp 206-219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) "Cambiamenti dinamichi in u cuntenutu di l'acidu ascorbicu durante u sviluppu di u fruttu è a maturazione di Actinidia latifolia (una cultura di frutti ricchi d'ascorbate) è i meccanismi moleculari assuciati", International Journal of Molecular Sciences, 23 (10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) "Predizione efficace di i geni di via biosintetica implicati in polyphyllins bioattivi in Paris polyphylla", Communications Biology 2022 5: 1, 5 (1), pp 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) "PacBio Iso-Seq combinata è Illumina RNA-Seq Analysis of the Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome and Cytochrome P450 Genes", Insetti, 14 (4), p. 363. doi : 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) "Una indagine di a cumplessità di u transcriptome usendu l'analisi in tempu reale di PacBio una sola molécula cumminata cù a sequenza di RNA Illumina per una megliu comprensione di a biosintesi di l'acidu ricinoleic in Ricinus communis", BMC Genomics, 20 (1), pp. 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
