MRNA-Seq (ngs) cù u genoma di riferimentu

MRNA-Seq (ngs) cù u genoma di riferimentu

Rna-seq hè un strumentu standard in a vita è e scienze di cultivazione, puntate u distaccu trà i genomi è i proteomi. A so forza si trova in scopre e trascrizioni novi è quantificà a so espressione in un accordu. Hè assai usatu per i studi transcritomichi comparativi, lucidiunali nantu à i genenu ligati à diversi soruzioni o espressione gene di salvatichi o repari. App BMKCLOUD MRNA (riferimentu) integra a quantificazione di espressione, analisi di espressione di differenziali (deg), è sequenza analizà anale, ngs) bioinformatici, ngs) di i software simili. L'utilizatori ponu carricà e so dati rna-seq à a nuvola, induve l'app offre una suluzione di l'analisi d'un-stop bioinformaticu. Inoltre, priorità sperimentà, offre operazioni persunalizati a misura per i bisogni specifiche à l'utilizatori. Utenti ponu metterati i paràmetri è sottumette a missione pipeline di sè stessu, verificate u rapportu interattivu, vede e dati di dati è cumpletu di Gene, selezzione funziunale, etagnumica, etagnisu, diagramming, etc.

IMOBOUSI DEMO

Minatura di dati

Esigenza d'importazione

Analisi principale

Riferimentu

IMOBOUSI DEMO

Minatura di dati

Esigenza d'importazione

Piattaforma:Illumina, Mgi
Strategia:Rna-seq
LEYOUT: Partiu, dati puliti.
Tipu di biblioteca:fr'DRANDATU, fr-PINNTRL ORR SPE SecondScrand
LEGGI DI LEGGI:150 bp
Tipu di fugliale:* .fontq, * .fq, * .fontq.gz o * .fq.gz. U sistema saràUn paru automaticamente i fugliali .Fontq secondu i scherzi di i schedariper esempiu * _1.fastq paired cun * ._ 2.fastq.
Numeru di campioni:Ùn ci sò micca restrizzioni nantu à u numerudi mostri, ma u tempu di l'analisi l'aumenterà cum'è u numeru diI campioni cresce.
Ammontu di dati cunsigliatu:6g per mostra

Analisi principale

L'analisi principali è i strumenti bioinformatici di mrna-seq (riferimentu)Pipeline hè a seguente:

1. U cuntrollu di qualità Rawdata:

• Eliminazione di sequenzi di bassa qualità, sequenze adattatore,ecc;

• strumenti: Pipeline sviluppata in casa;

2. L'allinamentu di e dati à un Genoma di Riferimentu:

• allinjendu leghje cù un algoritmu di splice-awari contr'à uGenoma di Riferimentu.

• strumenti:Hisat2, Samtools

3. L'analisi di qualità di a biblioteca:

• inserisce l'analisi lunghezza, analisi di Saturadia Sequenza, ecc;

• strumenti:Samtools;

4. Analisi di struttura di sequenza:

• L'analisi di splicing alternativa, l'ottimisazione di struttura di Gene,rumore gene di rumore, ecc;

• strumenti:Stringtie, gffompare, Gatk,Diamante, Interprocitu, èHmmer.

5. Analisi di espressione differenziali:

• Deg Screening, Analisi Co-Relazione, Funziunalearricchimentu;

•Diversi risultati visualizazione;

•RcùSegseq, Desq2, ggplot2, Dexseq

Riferimentu

1. Kim, DAEHWAN et al. "L'allinamentu di u genoma di u graficu ègenotipendu cù Hisot2 è Hisotype ".NaturaBiotecnologia37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Aaron et al. "U genome analisi Toolkit: aU Framework mapping per analizà l'DNA di a generazione di a generazionedati di sequenza ".Ricerca generale20 9 (2010): 1297-303.

3. Li, heng et al. "A sequenza di l'allinjamentu / furmatu Map èSamtools ".BIOINFORTICA25 (2009): 2078 - 2079.

4. Peronea, mihaela et al. "Stringtie chì permette di migliuràRecónstruczione di a trascritaru da RNA-Seq Leads ".NaturaBiotecnologia33 (2015): 290-295.

5. Amore, Michael I. et al. "Stima moderata di u cambiamentu di plegazione èdispersione per i dati RNA-SEQ cù DESTQQ2. "GennuBiologia15 (2014): n. paga.

6. Eddd, Sean R. "Profil accelerate Scopri hmm cerca".Plos Biologia computazionale7 (2011): n. paga.

MRNA-Seq (ngs) cù u genoma di riferimentu

MRNA-Seq (ngs) cù u genoma di riferimentu

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