Evoluzione Genome, Poangenome
Chì ghjè u pan-genome?
L'evidenza accumulate mostranu quella varianza trà sfarenti ceppi di una spezia pò esse enormi. Un solu genome hè luntanu da ottene tutta a stampa di l'infurmazioni genetichi di una sola spezia. U scopu di u studiu Panor-Genome hè di ottene un graficu genomicu di una spezia è decode e rilazioni micca da u capu o chì permettenu di una minatura più profonda di e variazione.
Tendenzi di studiu di pann-genome
Figura 1 i tendenzi di documenti di ricerca publicati di pan-genome.
Nota: A figura mostra u risultatu di piglià "Pan-Genome" cum'è a parolla chjave per circà i tituli di l'articuli publicate in a natura, i ghjurnali di a cellula
à. Leghje da parechje campioni sò allinjati à una riferenza è irilizati sò assemblati in conti di rumanzi. Agghiuncennu sti conti di rumore à a sequenza di riferimentu originale, un riferimentu pangenome pò esse custruitu. E regioni dispensabili sò determinate basate nantu à a cartografia di tutte e leghje à u pangenome.
b. Di l'assemble di u genomi di i genomi di parechje accessioni permette à l'avvicinamentu di genoma in generale per identificà e regioni genomiche dispensabili.
c. Un caffè Pan-Genome pò esse custruitu da alignamenti di genome in pienu o da di nove grazie di grande
Cumu custruisce un pan-genome?
Figura 2 paraguni di avvicinamenti di u genome1
à. Leghje da parechje campioni sò allinjati à una riferenza è irilizati sò assemblati in conti di rumanzi. Agghiuncennu sti conti di rumore à a sequenza di riferimentu originale, un riferimentu pangenome pò esse custruitu. E regioni dispensabili sò determinate basate nantu à a cartografia di tutte e leghje à u pangenome.
b. Di l'assemble di u genomi di i genomi di parechje accessioni permette à l'avvicinamentu di genoma in generale per identificà e regioni genomiche dispensabili.
c. Un caffè Pan-Genome pò esse custruitu da alignamenti di genome in pienu o da di nove grazie di grande
Hà publicatu di i genomi di pan-genomi
● I genomi di pan-genomi2
● PANT-genomi 3
● u risu pan -genome4
● Chjave Panor-Genome5
● Soybean Pan-Genome 6
● Rice Pan-Genomeatu7
● Borley Pan-Genome8
● U granu pann-genome9
● Sorghum Pan-Genome10
● PhyToplankon Pan-Genome11
Riferimentu
1. Bayer PE, GOLICZ aa, Scheben a, Batley J, Edwards D. Pianta a Pan-Genomi sò a nova riferimentu. Nat piante nat. 2020; 6 (8): 914-920. DOI: 10.1038 / S41477-020-0733-0
2. Song jm, guan z, hu j, et al. Ottu genomi di alta qualità revelanu architettura pan-genome è diferinzia ecottiva di brassica napus. Nat piante nat. 2020; 6 (1): 34-45. DOI: 10.1038 / S41477-019-0577-7
3. GAO L, GONDA I, Sun H, et al. U tomato pansom boímu sfrutta e gees novi è una Allele Classémor Frutta Flury Nat Genet. 2019; 51 (6): 1044-1051. DOI: 10.1038 / S41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, lu h, et al. L'analisi di i Genomi Genomi l'estensione di a variazione genomica in a correzione cultivata è salvatica [a correzione publicata appare in u geneto di NAT. 2018 Aug; 50 (8): 1196]. Nat Genet. 2018; 50 (2): 278-284. DOI: 10.1038 / S41588-018-0041-Z
5. Hübner S, Bercesco n, neboescesco m, et al. L'analisi di u giroghju di u giromu mostra chì ibridizazione di u cuntenutu di u cuntenutu di genu è a malatia di a malatia altered. Nat piante nat. 2019; 5 (1): 54-62. DOI: 10.1038 / S41477-018-0329-0
6. Liu y, du h, li p, et al. Pan-genome di soia salvatica è cultivata. Cellula. 2020; 182 (1): 162-176.e13. DOI: 10.1016 / J.CELL.2020.05.023
7. Qin P, lu h, du h, et al. L'analisi di u geniu di 33 prestimenti di u risu rivetenu revenues nomi di genomici ammoscen [publicatu in linea di stampa, 2021 may 25]. Cellula. 2021; S0092-8674 (21) 00581-X. DOI: 10.1016 / J.CELL.20211.04.046
8. Jayakodi m, padmarasu s, haberer g, et al. U Barley Pan-Genome revela u legatu di a sutta di mutazione. Natura. 2020; 588 (7837): 284-289. DOI: 10.1038 / S41586-020-2947-8
9. Walkowiak s, gao l, monat c, et al. I genomi di granu di granu revelanu a variazione glubale in a crescita muderna. Natura. 2020; 588 (7837): 277-283. DOI: 10.1038 / S41586-020-2961-X
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al. Variazione estera in u pan-genome di Sugghum Cultivatu [publicatu in linea di stampa, 2021 Maghju 20]. Nat piante nat. 2021; 10.1038 / S41477-021-00925-X. DOI: 10.1038 / S41477-021-00925-X
11. FAN X, Qiu H, Han W, et al. Phytoplankton Pangenome revela estensiva gene gene di gene protariu di diverse funzioni. Sci adv. 2020; 6 (18): EABA0111. Publicatu 2020 Apr 29. DOI: 10.1126 / SCAADV.ABA01111
Tempu post: Jan-04-2022