Racomentazione di Genome in tuttu
Monitoring Genomics di SING-COV-2 Unbovasu una variante di eliminazione di nsp1 chì mudifica a risposta interferone
Nanopore | Illumina | Pinimentazione generale genome | metagenomica | Rna-seq | Sanger
I tecnulugii di Biomarker furnì u supportu tecnicu nantu à a Sample Sequenzione in stu studiu.
Casalidelli
1.sars-cov-2 genti di genoma è analisi Phylognetic identificate 35 mutazioni recurrenti cumprese 31 SNP è 4 indabelle.
2. Securità cù 117 fenotipi clinichi revelanu potenzalmente
mutazioni impurtanti.
Δ500-532 in a regione di codificazione NSP1 correla cù virali più bassi
3. Scaricate è serum ifn-β.
4.Vurali isolati cù Δ500-532 mutazione induce ifn-I
risposta in e cellule infettate.
Cuncepimentu sperimentale
Attenuti
1. COVID-19 EPIDEMIALIALIALE E GESENGALANZA
Dati cliniche sò stati cullati in pruvincia di Sichuan, Cina à traversu u periodu di l'uscite da u 22, 2020 à u totale di 538 Copricanu à Sichuan, 28,8% di a vostra pruvincia capitale. I casi cunfirmati in Sichuan aumentatu esponenzialmente, cakeking u 30 di Ghjennaghju. Ancu e dati supportate chì a distancia suciale pò esse un fattore chjave in prevenzione di virus sparghje.
Figura 1. Studiu epidemiologicu di Covid-19 in Pruvincia di Sichuan, Cina
2. SERS-COPORSO DI ORINOMI DI GENUTI
Cù a Amplificazione PCR Multiplex seguita da a sequenza nanopore, un totale di u 310 vicinu o di i genomi parziali da 248 sò stati generati cù circa. U 80% di i genomi coperto da 10 Leghje (Media Profundth: 0.39 m leghje per mostra).
Figura 2. A frequenza di ogni variante in u Sichuan Cohort
Un totale di 104 snips è 18 indaghjeri sò stati identificati da i genomi di Sals-Cov-2, in quale 31 SNP è 4 indabelle sò stati identificati cum'è varianti genetichi recurrenti. Comparendu cun 169 di mostri da Wuhan è cù 81,391 i sebbi di Genomicu di alta qualità d'alta qualità in Giaid, 29 di e5 varianti trovati prisentati in altri continenti. Notwillable, quattru varianti cumprese δ500-532, Acco18-8at, δ729-737 è t13243c, eranu trovu solu in Sichudi è sti varianti eranu micca improtate da Wuhan, chì si scontru u Registri di viaghju di i pazienti.
L'analisi evoluzione cù u metudu di l'evoluzione massima è l'approtti di l'anvive bayesianu era trasfurmulare hè statu trasferitu di 88 New Virus Sfrom Sichuan è 250 genomi curati da altre e regioni. Genomi cù Δ500-532 (Eleges in a regione di codificazione NSP1) sò stati truvati distribuiti in l'arbre phylogeneticu. Analisi Haplotype nantu à i varianti di nsp1 identificati 5 di elli da parechje cità. Questi risultati anu suggeritu chì l'Δ500-532 hè accadutu in parechje cità è pò esse impurtatu parechje volte da Wuhan.
Figura 2. Varianti Genetici recurrenti è analisi filogenetici in i Genomi di Sals-Cov-2
3. Associazione di varianti genetichi recurrenti cù implicazioni cliniche
117 fenotipi clinichi eranu assuciati cù a severità di Covid-19, induve 19 fenotivi rilativi sò stati classificati in tratti severu è micca severi. Relazione trà sti tratti è 35 varianti genetichi recurrenti sò stati violati in u calore bi-cluster. Un analisi di artivinamentu di GSEA, chì Δ500-532 hè correlatu negativamente cun ESR, serum secund-Β andcd3 + C cellularu in u sangue. Inoltre, i testi di QPRR mostrate chì i pazienti anu infettatu cù i virus Harbour Δ500-532 hà avutu u più altu valore CT, vale à dì u più bassu carica virali.
Figura 3. Associazioni di 35 varianti genetichi recurrenti cù fenotipi clinichi
4. Validazione nantu à a mutazione virale associata fenotipes cliniche
Per capisce i affetti di Δ500-532 nantu à e funzioni di NPS239t sò stati trasfetti da Plasmidi chì esprimenu pienu, wt nsp1 è forme mutanti cù eliminazione. I profili transcritnii di ogni cellule trattati HEK239t sò stati processati per l'analisi PCA, mostrendu chì i mutanti eliminati riguardanu relativamente più vicinu è eranu significativamente sfarenti di wt nsp1. I Ghjenti chì eranu significati significati significati in i Mutanti stati macchiati principalmente in "u prucessu metabolicu", "processu metabolicu", "ribonocleoprotein cunclex cumplessu da e duie antivi affissate un mudellu di spezia distinti, da WTE.
Figura 4. L'analisi trascritti nantu à i celluli di HEK239T trasfettati da WT NSP1 è chì cù e eliminazione
L'affetti di l'eliminazione nantu à a risposta IFN-1 hè stata pruvata ancu in studiu overexpressed. Tutte e eliminazione testate sò state dimustrate per riduce ifn-1 Reponse in Hek239t è A549 cellule à u livellu diritti è u livellu di proteina. Interessante, i genali significativamente regulati in eliminazione sò stati erminati tracciati ermicati in "risposta di difesa", "regulamentu di u tippu I interferon".
FIGURA 5. RISULA DI RISPETTA DI INTERFONGON SIGNALIZZARE IN Δ500-532 mutante
In questu studiu, l'impattu di queste eliminazione di i Virus hè statutu più cunfermessu da studii di infetti virali. I virus cù certu mutanti eranu isolati da mostri clinichi è infettati à i celluli di calu-3. I risultati detallati nantu à u studiu di l'infezzione virali pò esse lettu in a carta.
doi:10.1016 / j.chom.20211.0115
Riferimentu
Lin J, Tang C, Wei H, et à. Monitoring Genomic di SING-COV-2 Unbovasimu una variante di eliminazione di nsp1 chì mudifica a risposta interferone di u tippu [J]. Host è Microbe, 2021.
News è Highlights Scoppi di sparta l'Ultime casi chì sò cun tecnulugii di ghiomarker, catturare rumente novel scientifichi è e tecniche prominenti applicati durante u studiu.
Tempu post: Jan-06-2022