mRNA-seq (NGS) - De novo

A sequenza di mRNA permette u prufilu di tutte e trascrizioni di mRNA in e cellule in cundizioni specifiche è hè una tecnulugia largamente usata in diverse aree di ricerca. U pipeline BMKCloud De novo mRNA-seq hè pensatu per analizà e biblioteche di sequenziazione arricchita in poli-A quandu ùn hè micca dispunibule un genoma di riferimentu. U pipeline principia cù u cuntrollu di qualità, seguitu dade novoassemblea di trascrizione è selezzione di set unigene. L'analisi di a struttura unigene predice a sequenza di codificazione (CDS) è a ripetizione di sequenza simplice (SSR). In seguitu, l'analisi di l'espressione differenziale trova geni espressi di manera differenziale (DEG) trà e cundizioni testate, seguitu da annotazione funzionale è arricchimentu di DEG per estrae insights biologichi.