Metagenomica (NGS)

A metagenomica di Shotgun cù Illumina hè un strumentu populari per studià i microbiomi sequenzendu direttamente DNA da campioni cumplessi, chì permette u studiu di a diversità tassonomica è funzionale. A pipeline metagenomica BMKCloud (NGS) principia cù u cuntrollu di qualità è l'assemblea di metagenoma, da quale i geni sò previsti è raggruppati in datasets non redundante chì sò annotati per a funzione è a tassonomia utilizendu più basa di dati. Questa informazione hè aduprata per analizà a diversità tassonomica in u campione (diversità alfa) è a diversità trà i campioni (diversità beta). L'analisi differenziale trà i gruppi trova l'OTU è e funzioni biologiche chì differenu trà i dui gruppi utilizendu teste parametriche è non parametriche, mentre chì l'analisi di correlazione mette in relazione sti differenzi à i fatturi ambientali.